Обсуждение потенциальных нововведений

Поиск в химических базах данных (Beilstein, SciFinder и др.)
Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8935
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Вт окт 02, 2012 10:05 am

Ага. Ща потренировался как раз на этом запросе. Сначала импортировал в Марвин, потом экспортировал в в два смайлс-файла, открыл их Ноутпадом и смайлсы поочередно вставил в Сайфайндер.
Может, указать, что для Реаксис - в виде .rdf, а для Сайфайндера - в виде пары смайлсов реакцию обозначать?
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1608
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Vanya Ivanov » Вс окт 07, 2012 5:43 pm

ну и что в сухом остатке?
реакцию в виде двух SMILES представлять для запросов?

Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8935
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Пн окт 08, 2012 10:13 am

Не знаю как насчет официального мнения админов, а мне было бы проще, если бы реакцию представляли в виде пары или тройки смайлсов.
.rdf буду обрабатывать только при наличии изрядного куска свободного времени. Но, может, другим удобнее из файла брать?
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 810
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение geizerr » Пт янв 22, 2016 7:58 am

предлагаю обновить правила раздела в соответствии с требованиями:

Код: Выделить всё

http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=65&t=115758#p887098
я о такой причуде реаксиса не знал, прочитал случайно, возможно поэтому мой запрос и висит без ответа несколько дней

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11028
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Гесс » Пт янв 22, 2016 11:50 am

geizerr писал(а):предлагаю обновить правила раздела в соответствии с требованиями:

Код: Выделить всё

http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=65&t=115758#p887098
я о такой причуде реаксиса не знал, прочитал случайно, возможно поэтому мой запрос и висит без ответа несколько дней
Кратко done.

Аватара пользователя
geizerr
Сообщения: 810
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 9:16 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение geizerr » Пт янв 22, 2016 4:37 pm

Гесс писал(а):
geizerr писал(а):предлагаю обновить правила раздела в соответствии с требованиями:

Код: Выделить всё

http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=65&t=115758#p887098
я о такой причуде реаксиса не знал, прочитал случайно, возможно поэтому мой запрос и висит без ответа несколько дней
Кратко done.
:up:

Cherep
Сообщения: 22577
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Вс янв 24, 2016 8:36 pm

а что за хрень "ароматические связи"?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11028
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Гесс » Вс янв 24, 2016 9:41 pm

насколько я понимаю это фича смайлсов - мелкие буквы - ароматические атомы.
Вероятно было придумано для расширения функциональности смайлсов, однако результат получился спорный - является ли кольцо ароматическим или нет часто непонятно. Реаксис как я понимаю решил голову не морочить и все делать заглавными. Опенбабель кстати тоже конвертирует все в заглавные смайлсы независимо от того что там в молекуле (возможно где то есть настройка делать и ароматику, но я не искал).

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4242
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение uchebnik fiziki » Сб апр 23, 2016 2:16 pm

Гесс писал(а):Кратко done.
Ароматические циклы в смайлсах обозначаются строчными буквами, а не прописными, исправьте.
Гесс писал(а):Реаксис как я понимаю решил голову не морочить и все делать заглавными. Опенбабель кстати тоже конвертирует все в заглавные смайлсы независимо от того что там в молекуле (возможно где то есть настройка делать и ароматику, но я не искал).
Не совсем так. Хороший тон в отрисовке структур -- кекулизация всех связей, то есть их отрисовка в виде чередования двойных и одинарных. Соответственно, при конвертации в смайлс всё так и сконвертируется. Структуры могут приходить из разных источников и быть с кружочками, но с кружочками работать неудобно, поэтому от них избавляются.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11028
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Гесс » Сб апр 23, 2016 5:09 pm

Исправил.

vasiliev
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вт май 26, 2015 3:16 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение vasiliev » Ср май 04, 2016 9:41 pm

Alex Muratoff писал(а):
Marxist писал(а): Я бы предложил добавить к списку разрешённых расширений для вложений основные молекулярные форматы -- .sdf, .smi, .mol, .mol2, .pdb, .xyz, .cdx (?).
А почему бы и нет! Я поддерживаю. Думаю удобство в этом будет неоспоримое.
и я поддержу

Ответить

Вернуться в «Химические базы данных»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя