Программное обеспечение для докинга
Программное обеспечение для докинга
Здравствуйте!
Стоит задача провести докинг молекулы с белком.
Начал делать ее через autodock vina, но молекула каждый раз садиться в разные места. Можно как-то улучшить точность? У меня есть верифицированная структура из статьи, результаты не совпадают. Какой софт самый лучший из бесплатных? Скорость пока стоит на втором месте.
И как учитывать среду с диэлектрической проницаемостью, хотя-бы потом?
С уважением ко всем.
Стоит задача провести докинг молекулы с белком.
Начал делать ее через autodock vina, но молекула каждый раз садиться в разные места. Можно как-то улучшить точность? У меня есть верифицированная структура из статьи, результаты не совпадают. Какой софт самый лучший из бесплатных? Скорость пока стоит на втором месте.
И как учитывать среду с диэлектрической проницаемостью, хотя-бы потом?
С уважением ко всем.
Re: Программное обеспечение для докинга
Я не понял, что означает фраза "молекула каждый раз садится в разные места". Вы с какой-то целью сделали серию докингов и обратили внимание, что результат вдрызг не воспроизводится? Это говорит о том, что, скорее всего, вы делаете что-то совсем неправильно. Или вы проанализировали те несколько структур, которые выдает vina, и увидели, что они все связываются по-разному? Это нормально.
А так, vina - хороший вариант. Если молекула не суперсложная/экзотическая, она должна давать правильный ответ.
Диэлектрическая проницаемость уже учтена. Не помню, можно ли ее менять через конфиг, а мануал посмотреть сейчас не получается.
Upd.: Посмотрел мануал. Есть способ, которым проницаемость изменить можно, но не нужно.
А так, vina - хороший вариант. Если молекула не суперсложная/экзотическая, она должна давать правильный ответ.
Диэлектрическая проницаемость уже учтена. Не помню, можно ли ее менять через конфиг, а мануал посмотреть сейчас не получается.
Upd.: Посмотрел мануал. Есть способ, которым проницаемость изменить можно, но не нужно.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Программное обеспечение для докинга
Спасибо.
Я сделал серию из трех докингоа для слегка отличающихся размеров ящика. 150 и 170 ангстрем. Мне не удалось воспроизвести результат(пока). И садятся в разные места. В чем может быть ошибка? Координаты центров я задал как среднее от всех. Размеры ящика тоже, больше характерных размеров. Насколько результат зависит от размера ящика? Лучше его делать больше или меньше?
Я сделал серию из трех докингоа для слегка отличающихся размеров ящика. 150 и 170 ангстрем. Мне не удалось воспроизвести результат(пока). И садятся в разные места. В чем может быть ошибка? Координаты центров я задал как среднее от всех. Размеры ящика тоже, больше характерных размеров. Насколько результат зависит от размера ящика? Лучше его делать больше или меньше?
Re: Программное обеспечение для докинга
Напишите как задавать диэлектрическую проницаемость, не нашел
Re: Программное обеспечение для докинга
Это о енно много. Умолчательная длина ребра куба, выставляемая prepare_dpf4 - 15 ангстрем. Иногда может быть нужно побольше, но не на порядок же!
От каких "всех"?
Если размер ящика в 10 или более раз превышает линейные размеры вашего лиганда - катастрофически зависит, что вы и наблюдаете.
Еще раз: она уже задана. Менять ее имеет смысл, только если вы очень хорошо понимаете, что и зачем вы делаете, иначе результаты могут оказать несопоставимыми с описанными в литературе.
То, что вы, по-видимому, пытаетесь провести (воспроизвести экспериментально известную моду связывания некой молекулы), делается примерно так: берется структура комплекса, оттуда удаляется всё лишнее*, замеряются координаты центра сайта связывания и на основании них делается докинг с человеческими размерами ящика. Если полученная в ходе докинга конформация отличается от экспериментальной по RMSD менее, чем на 2 ангстрема, то считается, что всё ОК. Если нет - надо думать.
*Как минимум лишним является лиганд. Дальше возможны варианты: какие-то молекулы воды или ионы металлов могут быть необходимы для связывания, надо изучать конкретный вопрос.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Программное обеспечение для докинга
Здравствуйте!
А это ничего, что у меня белок 100 ангстрем?
Я должен вписать в ящик не весь белок?
Или ящик это для лиганда?
А это ничего, что у меня белок 100 ангстрем?
Я должен вписать в ящик не весь белок?
Или ящик это для лиганда?
Re: Программное обеспечение для докинга
Для лиганда.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Программное обеспечение для докинга
И все равно я не понимаю. У меня есть пример для vina, там размеры ящика 50 ангстрем. И характерные размеры белка как раз под этот ящик.
Re: Программное обеспечение для докинга
Я не знаю, о каком примере идет речь (может, покажете или ссылку скинете? зуб не дам, но подозреваю, что пример не совсем для vina), но ящик таки нужен для лиганда. Инфа 100%. Смысл в чем: белок обычно существенно крупнее лиганда. Поэтому лиганд взаимодействует только с какой-то относительно небольшой его частью. Очень бы хотелось, чтобы расположение этой части (сайта связывания) из каких-то соображений было известно. А дальше программа "заключает этот сайт в ящик", образно говоря. Выйти за пределы этого ящика лиганд не может, это достигается искусственным ограничением - энергия возрастает до условной "бесконечно большой величины" при его попытке это сделать. По крайней мере, так в autodock'e. Полагаю, что в vina то же самое. И вот в этом ящике пытаются найти конформации лиганда, которые, грубо говоря, одновременно и хорошо взаимодействовали бы с рецептором, и имели бы разумное значение собственной потенциальной энергии.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя