Расчеты в gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Cercando
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2022 1:30 pm

Расчеты в gaussian

Сообщение Cercando » Вт ноя 29, 2022 6:34 pm

Добрый вечер уважаемые химики. История: специально купил копутер (2 хеона за косарь по 10 ядер каждый) для расчетов на диплом, поставил линукс минт, скачал пиратский гауссиан16 "сру" трекера от митсуми, все вроде работает, но методом научного тыка выяснилось что самый быстрый расчет (opt+freq) на 20 ядрах происходит с самым большим базисом 6-311++g(3d2f,3p2d).

Т.е. (opt+freq) B3LYP 6-311++g(3d2f,3p2d) nproc=20 lindaworkers=2 на молекулу 30 атомов уходит 1,5 часа. На туже самую молекулу с МЕНЬШИМ базисом например 6-311++g(d,p) уходит уже день времени (даже с меньшим количеством ядер). (почему?)

Еще один момент это указание объема памяти: если я указываю например mem=10GB то расчет ползет ( уходит день на ту же молекулу, на которую 1,5 часа при лучших условиях), если оставляю по default то все хорошо. (почему? в каких случаях надо указывать значение и как его определить?)

При оптимизации молекулы в базисе 3-21g минимум ("функции") времени достигается при расчете на 10 ядрах.(почему? это особенности программы или я не умею использовать инструментом? 20 ядер избыточно для гауссиана?)

чем отличается nproc от nprocshared?

Какие то мысли по этому поводу есть? Может быть кто-нибудь внесет ясность в происходящее, заранее благодарю

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12691
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Гесс » Вт ноя 29, 2022 9:31 pm

Cercando писал(а):
Вт ноя 29, 2022 6:34 pm
Т.е. (opt+freq) B3LYP 6-311++g(3d2f,3p2d) nproc=20 lindaworkers=2 на молекулу 30 атомов уходит 1,5 часа. На туже самую молекулу с МЕНЬШИМ базисом например 6-311++g(d,p) уходит уже день времени (даже с меньшим количеством ядер). (почему?)
Давайте есть слона по кусочкам.
Сколько времени (оно пишет в аутпуте, как минимум если поставлена #P, а без нее диагностику делать тяжко), затрачивается на частоты а сколько на оптимизацию? Сколько шагов оптимизации в этих двух расчетах? (я надеюсь они стартуют с одной и то же геометрии?).
Мое базовое предположение что по не очень очевидным для меня причинам расчет с "большим" базисом просто затратил меньше итераций.
Второе предположение это то что с меньшим базисом вы используете намного меньше ядер. Но все равно разница между 1.5 часами и "днем" сильно заметная. Лучше всего выложите аутпуты мы глянем.

Общее соображение - вам ТОЧНО нужен НАСТОЛЬКО раздиффуженный и наполяризованный базис? Я по быстрому даже не придумаю для каких анионов такой крякозябр нужен.
Cercando писал(а):
Вт ноя 29, 2022 6:34 pm
Еще один момент это указание объема памяти: если я указываю например mem=10GB то расчет ползет ( уходит день на ту же молекулу, на которую 1,5 часа при лучших условиях), если оставляю по default то все хорошо. (почему? в каких случаях надо указывать значение и как его определить?)
как то опять те же самые величины "день vs 1.5 часа". Падазрительна! Дефолт там отжирание всей доступной памяти? Ну аналитические частоты с таким огромным базисом могут быть и прожорливыми, так что недостаток памяти может их действительно тормозить. Но опять же лучше смотреть.
Cercando писал(а):
Вт ноя 29, 2022 6:34 pm
При оптимизации молекулы в базисе 3-21g минимум ("функции") времени достигается при расчете на 10 ядрах.(почему? это особенности программы или я не умею использовать инструментом? 20 ядер избыточно для гауссиана?)
3-21 это очень дешевый базис, если задача очень мала то дробление ее на большое число ядер не эффективно. Я достаточно оптимистичен что при увеличении базиса до 6-31+G или 6-311G "лучшее время" в пересчете на один scf сдвинется на большее количество ядер. 20 ядер для достаточно большой и хорошо паралелящейся задачи - гауссиан сможет использовать нормально (конечно не в 2 раза быстрее чем 10 ядер, но скажем 1.5 а то и 1.8 - вполне реально).

Cercando
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2022 1:30 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Cercando » Ср ноя 30, 2022 11:49 am

Гесс писал(а):
Вт ноя 29, 2022 9:31 pm
Лучше всего выложите аутпуты мы глянем.
на примере молекулы нитрометана ( для бОльших молекул закономерность сохраняется)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Cercando
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2022 1:30 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Cercando » Ср ноя 30, 2022 11:52 am

Гесс писал(а):
Вт ноя 29, 2022 9:31 pm

Общее соображение - вам ТОЧНО нужен НАСТОЛЬКО раздиффуженный и наполяризованный базис? Я по быстрому даже не придумаю для каких анионов такой крякозябр нужен.
Может и не нужен, но он просто самый шустрый (на системе которая есть) и дает приемлемый результат

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12691
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Гесс » Ср ноя 30, 2022 8:03 pm

Действительно странно
The default memory allocation in Gaussian 16 is 800 MB. (100 мегаслов).
На этой настройке аналитические частоты занимают 26 секунд, при указанных 2 Гб памяти - 50 секунд.

6 шагов оптимизации на бОльшем базисе занимают 38 секунд, 6 шагов оптимизации на меньшем базисе занимают 114 секунд.
Стоит признать что логики я в этом не вижу.
Если чтото придет в голову - я еще сюда приду.

А, еще раз рекомендую использовать #P вместо #

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3662
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Ahha » Чт дек 01, 2022 2:55 am

Забавно. В большем базисе в итоге получается 89 basis functions, а в меньшем - 133... Причем я проверил, это так, это не следствие какой-то "крякнутости" G16.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Cercando
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2022 1:30 pm

Re: Расчеты в gaussian

Сообщение Cercando » Вс янв 01, 2023 8:19 pm

Ahha писал(а):
Чт дек 01, 2022 2:55 am
Забавно. В большем базисе в итоге получается 89 basis functions, а в меньшем - 133... Причем я проверил, это так, это не следствие какой-то "крякнутости" G16.
получается базис меньше чем заявлено ? (ну например с базисом 6-311++g(3d2f,3p2d) должно быть условно 200 базисных функций а получается только 89) или это задумка разработчиков ? (так и надо)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей