Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 07, 2023 10:33 am

bigM писал(а):
Пн мар 06, 2023 1:05 pm
сегрегирует это расслоение без смешивания?
Да
bigM писал(а):
Пн мар 06, 2023 1:05 pm
а проблемы моделирования связаны с обобществленными электронами?
Нет. Имея некоторую структуру металла/сплава/интерметаллида/твердого_раствора_металла_в_металле ДФТ больших проблем не испытывает, особенно плосковолновое. Но вот сказать что индий в палладии дает твердый раствор (равнономерно разупорядоченные по обьему палладия) а свинец дает структуру L11 где каждый четвертый атом палладия замещен на атом свинца - на такое мы не готовы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 07, 2023 10:51 am

Возвращаясь к теме - а можно в Chemcraft вписать поддержку molden-овских файлов? Формат конечно стар как мамонт, но это та редкая универсальная вещь, возможность экспорта в которую прописывают в свои коды даже авторы очень странного софта. Скажем для турбомоля это едва ли не единственный за пределами TMoleX формат позволяющий визуализировать колебания.
Молденовский формат содержит достаточно приличную блоковую структуру, https://www.theochem.ru.nl/molden/molden_format.html здесь приложу файл с колебаниями, но без молекулярных орбиталей (они сильно раздувают файл).
molden.input.txt
Дефолтный визуализатор для молднеовских файлов это Molden и GMolden, но на это нельзя смотреть без слёз это ОЧЕНЬ на любителя:
Screenshot 2023-03-07 at 08.49.40.png
Jmol покрасивше, но там свои заморочки.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение bigM » Вт мар 07, 2023 11:24 am

спасибо.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 07, 2023 12:53 pm

Гесс

Chemcraft открывает этот файл, если переименовать его в molden.molden. Хотя отображается не идеально, например не шагов не показываются энергии. Опишите, что надо добавить в Chemcraft для этого файла.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Вт мар 07, 2023 2:02 pm

Гесс писал(а):
Вт мар 07, 2023 10:51 am
Дефолтный визуализатор для молднеовских файлов это Molden и GMolden, но на это нельзя смотреть без слёз это ОЧЕНЬ на любителя
Зато можно ткнуть в пик спектра и посмотреть колебание, ему отвечающее. :)

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 07, 2023 2:05 pm

amge писал(а):
Вт мар 07, 2023 2:02 pm
Гесс писал(а):
Вт мар 07, 2023 10:51 am
Дефолтный визуализатор для молднеовских файлов это Molden и GMolden, но на это нельзя смотреть без слёз это ОЧЕНЬ на любителя
Зато можно ткнуть в пик спектра и посмотреть колебание, ему отвечающее. :)
В Chemcraft вы можете ткнуть в палочку частоты, внизу будет показан номер моды, и далее переходите в список колебаний и ищете эту моду.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Вт мар 07, 2023 2:25 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт мар 07, 2023 2:05 pm
В Chemcraft вы можете ткнуть в палочку частоты, внизу будет показан номер моды, и далее переходите в список колебаний и ищете эту моду.
Но согласитесь, было бы удобнее, если бы в табличек частот и в окне структуры сразу было бы нужное колебание. Впрочем, с колебаниями - это баловство, не больно то и нужно. А вот интерактивный график энергии по траектории в молдене очень полезен. Для меня это киллер-фича молдена.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 07, 2023 2:55 pm

А вот интерактивный график энергии по траектории в молдене очень полезен. Для меня это киллер-фича молдена.
В каком файле хранится траектория? Сейчас Chemcraft может прочитать xyz файл с множеством структур и показать график энергий по траектории.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 07, 2023 5:50 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт мар 07, 2023 12:53 pm
Гесс

Chemcraft открывает этот файл, если переименовать его в molden.molden. Хотя отображается не идеально, например не шагов не показываются энергии. Опишите, что надо добавить в Chemcraft для этого файла.
А, сорри, упустил. Я его попробовал скормить как molden.input (это дефолтное имя создаваемое турбомолем) и когда оно не завелось - решил тут написать. Да, судя по документации фиче уже 13 лет, а я до нее только добрался.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Чт мар 09, 2023 7:34 am

Vit Nhoc писал(а):
Пн мар 06, 2023 8:58 am
amge писал(а):
Пн мар 06, 2023 6:36 am
Vit Nhoc писал(а):
Вс мар 05, 2023 9:03 am
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?
Например, входит в уравнение для времени корреляции вращения молекул.
И какой объём здесь предполагается - произведение A*B*C (объём минимального параллелепипеда, в который влезает молекула)?
Время корреляции вращения молекул оценивается по уравнению Дебая τr = μVm/kT. Я пробовал считать молекулярный объем Vm тремя способами: ван-дер-Ваальсов объем, который выдает Marvin Sketch, COSMO VOLUME из MOPAC'а и объем, приходящимся на одну молекулу в конденсированной фазе из плотности. Считается, что Vm для уравнения Дебая имеет промежуточное значение между посчитанным 1-м и 3-м способами. Поэтому я брал значения из 2-го способа (они как раз промежуточные).

Объём минимального параллелепипеда, в который влезает молекула, по моему, может дать неадекватное значение. Например, у C(n-Bu)4 и у условного C(t-Bu)4 эффективные объёмы, по идее, должны быть близки, тогда как параллелепипеды - отнюдь.

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Ср мар 22, 2023 4:58 pm

Здравствуйте, уважаемый Vit Nhoc
У меня проблемы с registration key
Я скачал последнюю версию Chemcraft_b640b_win64.zip
Система сообщила , что registration key устарел. Я послал запрос на обновление и попробовал воспользоваться обновленным ключом.
Однако система сообщила, что он invalid.
Соответствующий вопрос я направил по адресу support@chemcraftprog.com. Посмотрите плз.
Надеюсь на вашу помощь.
С уважением,
alexp51

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср мар 22, 2023 5:04 pm

alexp51 писал(а):
Ср мар 22, 2023 4:58 pm
Здравствуйте, уважаемый Vit Nhoc
У меня проблемы с registration key
Я скачал последнюю версию Chemcraft_b640b_win64.zip
Система сообщила , что registration key устарел. Я послал запрос на обновление и попробовал воспользоваться обновленным ключом.
Однако система сообщила, что он invalid.
Соответствующий вопрос я направил по адресу support@chemcraftprog.com. Посмотрите плз.
Надеюсь на вашу помощь.
С уважением,
alexp51
Я уже ответил по почте, изредка онлайн генератор ключей сбоит, и мне трудно это исправить, поскольку генератор был давно написал другим программистом и его контакты я потерял. Запросите ключ ещё раз.

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Чт мар 23, 2023 12:36 am

Спасибо большое, все нормально.
И сразу вопрос: можно ли с помощью Chemcraft напрямую построить распределение ESP из результатов расчета например Gaussian или ORCA?
Спасибо.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 23, 2023 7:16 am

alexp51 писал(а):
Чт мар 23, 2023 12:36 am
Спасибо большое, все нормально.
И сразу вопрос: можно ли с помощью Chemcraft напрямую построить распределение ESP из результатов расчета например Gaussian или ORCA?
Спасибо.
В смысле трёхмерную карту электростатического потенциала? С Gaussian-ом для этого можно через cubegen.exe создать куб с электростатическим потенциалом, и открыть его в Chemcraft. Сам Chemcraft сейчас может рисовать только орбитали или полную электронную плотность, но не потенциал.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт мар 23, 2023 9:12 am

Я рискну предположить что вопрос про molecular electrostatic potential https://www.google.com/search?q=molecul ... =637&dpr=3
В vmd строится прокрашиванием одного cube другим cub-ом (density красится градиентом). Картинки красивые, химический смысл неоднозначен.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 23, 2023 9:28 am

Гесс писал(а):
Чт мар 23, 2023 9:12 am
Я рискну предположить что вопрос про molecular electrostatic potential https://www.google.com/search?q=molecul ... =637&dpr=3
В vmd строится прокрашиванием одного cube другим cub-ом (density красится градиентом). Картинки красивые, химический смысл неоднозначен.
В Chemcraft тоже можно построить изоповерхность по одному кубу, прокрашенную значениями из другого куба.

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Чт мар 23, 2023 11:07 pm

Спасибо, коллеги! Понял

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт апр 13, 2023 7:59 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт мар 23, 2023 9:28 am
В Chemcraft тоже можно построить изоповерхность по одному кубу, прокрашенную значениями из другого куба.
Мне сказали что эту опцию не так просто найти, поясню. Вы открываете один куб в Chemcraft, далее выбираете внизу-справа Multiple cubes operation/Add cube(s) и открываете второй куб. Далее строите для первого куба изоповерхность и нажимаете Map other, и выбираете 2.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн апр 17, 2023 10:55 am

Спасибо.
Другой вопрос:
А есть какой либо формат или обходной трюк который позволит отобразить периодическую ячейку и иметь на атомах некие величины (скажем заряд)?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн апр 17, 2023 11:49 am

Гесс писал(а):
Пн апр 17, 2023 10:55 am
Спасибо.
Другой вопрос:
А есть какой либо формат или обходной трюк который позволит отобразить периодическую ячейку и иметь на атомах некие величины (скажем заряд)?
В смысле, чтобы на эквивалентных атомах отображалось одно и то же число? Вы открываете файл в котором напечатаны и заряды на атомах, и PBC, и надо это совместить?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей