[Молдинамика] Chemcraft для молдинамщиков

[Vit Nhoc]

Темы по молдинамике можно создавать здесь?
В новой версии моей программы Chemcraft добавлено много утилит для работы с молдинамикой. Предлагаю скачать и протестировать программу:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Эта версия читает файлы .gro, .xtc, .trr. Может размножить ячейку разными способами, например построить ячейки 2*2*2.
Наверно мне трудно конкурировать с VMD, поскольку он бесплатный, но попробую придумать какие-нибудь полезные фичи, которых в нём нет. Вот одна такая возможная полезная фича, попробуйте потестировать. Открыв ваш файл с траекторией, вы можете выделить в нём атомы, входящие в мицеллу, и посчитать размер этой мицеллы через опцию Tools/Calculate collision diameter. Выделить мицеллу не так легко: для этого может потребоваться опция Tools/Divide current structure, и плюс выделение атомов прямоугольником если у вас несколько мицелл. Другой вариант выделения мицеллы – через Fragments extractor, который строит 3*3*3 ячейку, и далее например показываете все атомы, находящиеся не дальше заданного расстояния от выделенного атома. Выделив мицеллу, надо её скопировать через Ctrl+C, далее вставить в другое окно, и посчитать размер.
Ещё одна фича – можно цветом закрасить атомы по их скоростям или силам. В файле .trr приводятся скорости и силы, плюс для любого файла с траекторией можно посчитать скорости как разности координат атомов в соседних фреймах.

[Uncle4enni]

Я не в теме - сильно не бейте. Планируется ли добавить возможность создавать, анализировать и проводить другие манипуляции с автокорреляционными функциями по МД траектории? Например для расчета ИК по МД?

[Vit Nhoc]

Я не в теме - сильно не бейте. Планируется ли добавить возможность создавать, анализировать и проводить другие манипуляции с автокорреляционными функциями по МД траектории? Например для расчета ИК по МД?

И вы меня не бейте) Мне показалось, вы предлагаете сделать сложные кастомные вычисления для траектории по координатам атомов. Я давно думаю как подойти к этой задаче, возможно правильно будет сделать опцию кастомных скриптов на каком-нибудь языке программирования. Но тогда не совсем понятно, почему это сильно лучше, чем возможность просто сохранить траекторию в формате xyz, чтобы пользователь сам написал программу по её обработке (на том языке программирования, который он знает).

[Vit Nhoc]

Я выложил новую версию Chemcraft, в которой ещё доделаны утилиты для работы с файлами Gromacs и вообще с молдинамикой:

https://www.chemcraftprog.com/files/Che ... _win64.zip

Изложу ещё раз, какие здесь есть фичи, которых возможно нет в VMD:
1) Если прочитан xtc файл или xyz файл с траекторией, программа может рассчитать скорости и силы как первые и вторые производные по координатам (через разницу координат в соседних фреймах). Для визуализации скоростей и сил, программа может раскрасить атомы по их значениям;
2) Если молекулы обрезаны ячейкой, т.е. некоторые молекулы, попавшие на границы ячейки, разрезаны и их куски находятся с разных сторон, программа может сшить их так, чтобы они были целыми (при этом общее число атомов останется прежним, т.е. программа проверит дублирование атомов), и вылезали за края. И наоборот, с вылезанием за края программа может обрезать эти молекулы, разместить все атомы строго в ячейке;
3) Если у вас большая система в водородными связями, программа может посчитать число водородных связей и отобразить статистику, например сколько водородных связей образованы с атомами кислорода, связанными неводородной связью с одним атомом, или же двумя, или с углеродом или с азотом;
4) С помощью утилиты Fragments extractor можно выделить какой-нибудь атом в вашей системе, и потом отобразить например все атомы, находящиеся на расстоянии до 10 ангстрем до него (причём это будут атомы извлечённые из размноженной ячейки, например 3*3*3, поэтому если этот атом находится на краю ячейки - ничего страшного).