Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
8
24%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
3%
Белый фон, серые атомы углерода
9
27%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
4
12%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
9%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
18%
Всё равно
2
6%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 33

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1721
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пт янв 12, 2018 5:52 am

Vit Nhoc писал(а):
Вт янв 09, 2018 3:20 pm
Amge, сгенерируйте какой-нибудь красивый рисунок с помощью этой опции, чтобы я добавил его на галерею.
Сделал и отправил через личку. Здесь выкладывать не стал - вдруг структура "секретная" :)

YuraM
Сообщения: 361
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение YuraM » Пт янв 12, 2018 11:21 pm

немного не в тему, просто поддержать дискуссию начатую в нескольких предыдущих постах. Следить за литературой сейчас - просто очень сложно, журналов очень много, много и статей - в оснвном, конечно, трешовых и никому не нужных, кроме как для всяких отчетов и создание всяких H-index. Более того, поиск по литературе не эффективный, если ищешь что-то в самой статье, а не абстракте - то если ревьюверы на статью не тыкнут - есть все шансы пропустить работу (так устроены алгоритмы поиска). Мне кажется анализ орбиталей есть и в серьезных работах (например, что упоминал "Гесс"). Как-то сам сталкивался с тем, что надо было посмотреть на остовные молекулярные орбитали в продуктах и реактантах - убедиться что все они одинковым образом включены в расчет энергии корреляции в каплд-кластер (в некоторых программах используется метод "замороженного остова" - когда орбитали с ХФ энергией ниже какого-то минимума не включаются в расчет энергии корреляции). А то бывает d-орбитали металла составляющие практически нацело молекулярную орбиталь в реактанте включены в расчет энергии корреляции а в продуктах нет. Сейчас, конечно, существую процедуры автоматического определения таких вещай, например в крайнем релизе ОРКА. Однако, есть множество примеров когда люди пихают эти орбитали в статьи, их "анализируют" и делают какие-то только им понятные выводы - типа там больши пи-бэк донэйшн и прочий треш - таких статей я опасаюсь как огня.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2620
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение EvgeniX » Ср янв 24, 2018 11:09 pm

Можно в ChemCraft как-то указывать масштаб? И на рисунок выводить уголок единичной длины |_ где-нибудь в углу, чтобы масштабы можно было подгонять под оформление.
Согласно формуле Эйнштейна (Е = mс^2), энергетическая ценность еды прямо пропорциональна её массе.
Термохимические же представления не точны, т.к. энергетику начального состояния измеряют при сжигании в калориметре, а конечного - нет.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср янв 24, 2018 11:40 pm

Для изометрии это имхо реалистично. Но вот для перспективного вида я это представить не могу.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Сб фев 24, 2018 12:32 am

При загрузке гауссиановского расчета ЯМР есть опция
CSGT NMR Isotropic Schielding
однако выводимые значения это первые Magnetic Shielding которые присутствуют в файле и ничего более.
Если использовать например #p PBE1PBE/aug-cc-pVDZ NMR=All то в аутпуте присутствует три набора экранирований (single gauge origin, IGAIM method и CSGT method причем именно в этом порядке), а выводится только первый (он же самый тупой).
Кстати по дефолту считается тоже не CSGT, а GIAO.
Кнопка Prepare NMR делает важную функцию, позволяет отсортировать только атомы одного типа, вот только название ее неинтуитивно.
Менюшка Group of atoms практически бесполезна, атомы разных элементов одновременно всеравно никто отсматривать не будет.
Recalculate values as это очень полезная функция, вот только значение 183.6 к чему? Это углерод TMS в каком то конкретном метод/базисе?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб фев 24, 2018 9:16 am

Recalculate values as это очень полезная функция, вот только значение 183.6 к чему? Это углерод TMS в каком то конкретном метод/базисе?
Это я вручную подобрал, когда считал ЯМР жидких кристаллов на B3LYP/6-31G(D,P) и сравнивал с экспериментом.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1721
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Сб фев 24, 2018 11:04 am

Можно использовать (по возможности) коэффициенты пересчета с сайта Тантилло.

MantaCoeno
Сообщения: 4
Зарегистрирован: Вс янв 28, 2018 8:44 pm

ChemCraft -> Adobe Illustrator

Сообщение MantaCoeno » Вс мар 18, 2018 3:13 pm

Можно ли каким-либо образом сохранять геометрии из кемкрафта с возможностью нормально открывать в иллюстраторе?

Если сохраняю как изображение, то иллюстратор просто открывает картинку, с которой работать все равно, что в пэинте, неудобно.
Пользовался ortep3, который мне не нравился по функционалу (невозможность сохранения стилей, инверсия при сохранении), перешел из-за этого в КемКрафт, специально, чтобы стили сохранять. Но зачастую приходится возвращаться к ручному редактированию, например, при добавлении подписей к отдельным атомам/связямв, вортепе было удобно делать это сразу и редактировать при неоходимости в иллюстраторе, а кемкрафт он такой, что либо все в нем, либо ничего(
Можно ли доустановить к нему что-нибудь (аддон какой-нибудь или т.п.), чтобы он изображение в .eps или .ai сохранял?
Последний раз редактировалось Гесс Вс мар 18, 2018 3:57 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: Перенесено из отдельной темы
Студент :)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1721
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пн мар 19, 2018 7:39 am

MantaCoeno, посмотрите предыдущую страницу этой темы. КемКрафт умеет сохранять в wmf. При этом изображение картинки получается по-прежнему растровое, и его особо не изменишь, но зато все надписи в виде текста, который можно редактировать.

Что касается перевода картинки в eps - это легко, куча утилит для этого есть. Но растр, естественно, останется растром, и никакого выигрыша не будет. Чтобы превратить растр в векторный формат, существуют специальные программы-трейсеры. Я пробовал одну такую - получается куча сложных контуров, править которые ничуть не проще, чем исходный растр. Надо бы, чтобы программа учитывала химические реалии, и превращала, например, атом в круг, залитый градиентом, тогда можно было бы редактировать. Но я лично таких программ не знаю.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн апр 09, 2018 2:22 pm

Я вроде когда то писал что Chemcraft отображает значения энергий из аутпутов VASP и пытается их при Recount energy домножать на 627.5, хотя они не в хартри а в электронвольтах, и постоянно приходится править коэффициент пересчета.
В последнем (у меня) релизе 536а проблема была модифицирована - теперь выводятся значения в хартри. то есть оно конечно да, теперь результаты удобны для сравнения с другими программами, коэффициент перевода в ккал/моль теперь везде подходит, однако это всеже немного не то, потому что 1) этих выводимых кемкрафтом цифр тупо НЕТ в аутпуте. 2) мне не нужны хартри, я бы хотел иметь цифры из аутпута потому как обобщаю результаты в миллиэВ, и хартри мне там совершенно неудобны.
Может лучше не заставлять кемкрафт пересчитывать цифры из эВ в хартри а просто указать что цифры в васповских аутпутах в хартри и коэффициенты перевода в прочие единицы там не такие как у гауссиана орки и прочих?
Спасибо.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн апр 09, 2018 2:42 pm

Может лучше не заставлять кемкрафт пересчитывать цифры из эВ в хартри а просто указать что цифры в васповских аутпутах в хартри и коэффициенты перевода в прочие единицы там не такие как у гауссиана орки и прочих?
Для меня это будет многовато работы, потому что переменные в программе имеют стандартные единицы. Т.е. если была переменная "энергия в хартри", нужно будет делать две переменные "энергия" и "единицы энергии".
Вопрос на самом деле сводится к тому, нужны ли вообще разные единицы? Может сделать быстрый пересчёт всех энергий из одних единиц в другие?
Почему вам удобны васповские расчёты в электронвольтах, а гауссиановские в хартри?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн апр 09, 2018 4:04 pm

Ну если много работы - то тогда не критично.

Почему мне удобно так странно? ну в первую очередь потому что это расчеты относящиеся к очень разным проектам. В Гауссиане, Орке и пр я считаю молекулы для химиков, а в ВАСПе - поверхности для физиков. Химики (так сложилось исторически) понимают ккал/моль, а физики - кДж/моль или (предпочтительно для моих физиков) - эВ. К тому же для периодики сама формулировка "моль" приобретает характер абсурдности.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4220
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение uchebnik fiziki » Пн апр 09, 2018 7:07 pm

Кстати, калории и джоули -- это такая головная боль, что надо иметь возможность выводить и те, и те
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн апр 09, 2018 7:30 pm

Гесс писал(а):
Пн апр 09, 2018 4:04 pm
Ну если много работы - то тогда не критично.

Почему мне удобно так странно? ну в первую очередь потому что это расчеты относящиеся к очень разным проектам. В Гауссиане, Орке и пр я считаю молекулы для химиков, а в ВАСПе - поверхности для физиков. Химики (так сложилось исторически) понимают ккал/моль, а физики - кДж/моль или (предпочтительно для моих физиков) - эВ. К тому же для периодики сама формулировка "моль" приобретает характер абсурдности.
Так собственно энергия из файлов VASP OUTCAR показывается в абстракте?

alex7851
Сообщения: 74
Зарегистрирован: Сб сен 04, 2010 11:22 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alex7851 » Сб май 26, 2018 9:45 pm

Если нанести длину связи (пунктирная линия и число), а затем сохранить картинку, указав размер больший, чем стоит по умолчанию (1042), пунктир превращается в некрасивую простую линию.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб май 26, 2018 10:03 pm

alex7851 писал(а):
Сб май 26, 2018 9:45 pm
Если нанести длину связи (пунктирная линия и число), а затем сохранить картинку, указав размер больший, чем стоит по умолчанию (1042), пунктир превращается в некрасивую простую линию.
Кажется тут мне трудно исправить эту багофичу, потому что эту линию рисует не Chemcraft, а библиотека Windows (GDI). Я уже пытался с этим разобраться.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя