Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Gulnara
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 2:52 pm

Re: Природа

Сообщение Gulnara » Пн фев 19, 2018 3:35 pm

amge писал(а):
Чт фев 15, 2018 6:12 am
Если никто не ответит, попробуйте задать этот вопрос автору программы Дмитрию Лайкову (Dimitri Laikov <dimitri_laikov@mail.ru>). И если он ответит, отпишитесь здесь, пожалуйста.
Д.Н. Лайков написал:
Нужно запустить отдельно (1) task=hessian,
отдельно (2) task=dipole,
и собрать в исходные данные
вторые производные энергии (1)
и производные поляризуемости (2)
и ещё раз запустить task=hessian.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2632
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вс мар 11, 2018 1:50 pm

EvgeniX писал(а):
Сб дек 30, 2017 8:27 am
Кто-нибудь может объяснить, почему сумма вкладов не равняется полной энергии?

Код: Выделить всё

  E  =    -232.0211375591
  T  =     230.89636282  V  =    -944.03076786  J  =     312.67315771
  Ex =     -33.07586264  Ec =      -1.37265420
Автор ответил, что нужна ещё энергия отталкивания ядер.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11077
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт июн 07, 2018 5:25 pm

EvgeniX писал(а):
Вс окт 30, 2016 8:23 pm
Интересно, насколько сейчас вообще большие системы квантовой химией считают, особенно в DFT (не периодические структуры)?
Вот еще свежак
http://iopscience.iop.org/article/10.10 ... aabcfb/pdf
adenine–thymine (poly(dA)-poly(dT)) helix
1-D периодичная но просто наращивали размер ячейки.
sHF3c level of theory, но уже есть и PBEh-3c/HSE-3c, and B97-3c
имплементация в crystal17 но есть имплементации в Orca, Turbomole, Psi4, CP2K, Fermions and TerraChem
11 symmetry operators to generate the primitive cell reduce the computational costs significantly by a factor of 15 - тут без коментариев.
Расчет (singlepoint) делался на one node with 28 CPUs и занял для наибольшей ячейки (2904 атома, 10000 орбиталей) - 2000 CPU часов, то есть около 2 дней.

Кроме того они ссылаются на
Large Scale Condensed Matter DFT Simulations: Performance and Capabilities of the CRYSTAL Code
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.7b00687
где суперячейки доводили до 13896 атомов (14 тысяч атомов Карл!) с PBE функционалом.
На 4096 CPU 1 SCF итерация занимает час, на 32768 (33 тысячи CPU Карл!) - 15 минут.
там есть еще красивая картинка с последним кластером на 6000 атомов но я не увидел к ней описания в тексте.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4244
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Природа

Сообщение uchebnik fiziki » Чт июн 07, 2018 9:31 pm

Гесс писал(а):
Чт июн 07, 2018 5:25 pm
На 4096 CPU 1 SCF итерация занимает час, на 32768 (33 тысячи CPU Карл!) - 15 минут.
Кажется, чуваки не умеют в параллелизацию.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11077
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт июн 07, 2018 9:37 pm

ну это из ихнего графика скейлинга. Там чтото типа 40% скейлинг. С другой стороны покажите мне прогу которая линейно скейлится до 30 тысяч цпу :D

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4244
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Природа

Сообщение uchebnik fiziki » Чт июн 07, 2018 9:42 pm

А и не должно такого быть. Любая параллелизация имеет максимум эффективности. И зависит он не столько от проги, сколько от системы (не ОС, конечно).
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Природа

Сообщение Yurii » Пт июн 08, 2018 1:47 am

Высоко-симметричные системы на кластерах плохо распараллеливаются.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

ximi
Сообщения: 2298
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Природа

Сообщение ximi » Пт июн 08, 2018 10:11 am

Закон Амдала.

kbob
Сообщения: 741
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Природа

Сообщение kbob » Пт ноя 02, 2018 1:15 pm

del
Последний раз редактировалось kbob Пт ноя 02, 2018 1:59 pm, всего редактировалось 1 раз.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11077
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт ноя 02, 2018 1:38 pm

kbob писал(а):
Пт ноя 02, 2018 1:15 pm
И вот опять http://perst.issp.ras.ru/Control/Inform ... /index.htm считают фуллерены в Природе
А че в этом такого? Это помоему хлеб EvgeniXhttps://www.chemport.ru/forum/viewtopic ... 50#p970888

kbob
Сообщения: 741
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Природа

Сообщение kbob » Пт ноя 02, 2018 1:59 pm

Гесс писал(а):
Пт ноя 02, 2018 1:38 pm
kbob писал(а):
Пт ноя 02, 2018 1:15 pm
И вот опять http://perst.issp.ras.ru/Control/Inform ... /index.htm считают фуллерены в Природе
А че в этом такого? Это помоему хлеб EvgeniXhttps://www.chemport.ru/forum/viewtopic ... 50#p970888
Да, я ветки перепутал, тем более у Евгеникса в топике есть ссылка на статью Панкратьева.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

KuznetsovSM
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am

Re: Природа

Сообщение KuznetsovSM » Вс ноя 11, 2018 3:27 pm

Всем добрый день!
Я прошерстил весь сайт, но так и не понял, как можно распараллелить вычисления в Природе (optimization, dipole, hessian), если у меня есть 1 комп с 4 ядрами на ОС Windows?
Подскажите, пожалуйста, что делать, что устанавливать и как прописывать запуск на нескольких ядрах сразу!
Заранее огромное спасибо!

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 931
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Природа

Сообщение bigM » Вс ноя 11, 2018 7:44 pm

KuznetsovSM писал(а):
Вс ноя 11, 2018 3:27 pm
Всем добрый день!
Я прошерстил весь сайт, но так и не понял, как можно распараллелить вычисления в Природе
а программа поддерживает параллельные вычисления? она под это оптимизирована? если нет, нужна перекомпиляция.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

KuznetsovSM
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am

Re: Природа

Сообщение KuznetsovSM » Вс ноя 11, 2018 8:10 pm

bigM писал(а):
Вс ноя 11, 2018 7:44 pm
а программа поддерживает параллельные вычисления? она под это оптимизирована? если нет, нужна перекомпиляция.
Да, у Лайкова даже есть статья, в которой он приводит вычислительные времена для разных задач и веществ при разных количествах ядер.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 931
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Природа

Сообщение bigM » Вс ноя 11, 2018 8:15 pm

KuznetsovSM писал(а):
Вс ноя 11, 2018 8:10 pm
bigM писал(а):
Вс ноя 11, 2018 7:44 pm
а программа поддерживает параллельные вычисления? она под это оптимизирована? если нет, нужна перекомпиляция.
Да, у Лайкова даже есть статья, в которой он приводит вычислительные времена для разных задач и веществ при разных количествах ядер.
позволю здесь бородатый анекдот.
Иван Иванович приходит к врачу и говорит:
- доктор, Петр Петрович говорит, что десять раз за ночь может, а я только раз...
- Иван Иванович, ну так и вы говорите...
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11077
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вс ноя 11, 2018 9:12 pm

bigM - оффтоп.
Да паллелится оно, параллелится. Как под виндой это делается технически не в курсе, но тут должно быть несколько человек кто знает. Подождите день-два.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15175
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Пн ноя 12, 2018 5:13 pm

KuznetsovSM писал(а):
Вс ноя 11, 2018 3:27 pm
Всем добрый день!
Я прошерстил весь сайт, но так и не понял, как можно распараллелить вычисления в Природе (optimization, dipole, hessian), если у меня есть 1 комп с 4 ядрами на ОС Windows?
Подскажите, пожалуйста, что делать, что устанавливать и как прописывать запуск на нескольких ядрах сразу!
Заранее огромное спасибо!
Во-первых, нужна версия Природы, которая это поддерживает.
Во-вторых, идёте качаете цыгвин:
https://cygwin.com/setup-x86_64.exe

и в установщике выбираете (там есть поиск сверху) пакет openmpi (ставите галочку), установку дефолтных пакетов не отменяете.
Цыгвин ставится. Далее цитирую EvgeniX, только из-за того, что версия openmpi будет постарше, там нет файлов cygopen-pal-13.dll cygopen-rte-12.dll а есть ...pal40 и rte-40, берёте их.
Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.

Чтобы не запускать из-под терминала CygWin, нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. (Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск.) Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.

Сам запуск ведётся командой вида:

orterun.exe -np 2 p.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"
Примечание. Если у вас комп подключён через WiFi, при этом в списке устройств есть LAN-адаптер - отключите его.
Иначе тупой Openmpi будет вываливаться с ошибкой
"tcp_peer_send_blocking: send() to socket 12 failed: Transport endpoint is not connected (128)"
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. &copy; Новодворская

KuznetsovSM
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am

Re: Природа

Сообщение KuznetsovSM » Чт ноя 22, 2018 1:03 am

Любитель_Манниха писал(а):
Пн ноя 12, 2018 5:13 pm
Спасибо за столь подробную инструкцию! Так Природа запускается на 1 ядре успешно.
Но команда

Код: Выделить всё

orterun.exe -np 2 p6.exe test.in test.out
выдаёт следующую ошибку:

Код: Выделить всё

Sorry!  You were supposed to get help about:
    agent-not-found
from the file:
    help-plm-rsh.txt
But I couldn't find that topic in the file.  Sorry!
--------------------------------------------------------------------------
[KSM-big:46468] [[INVALID],INVALID] FORCE-TERMINATE AT Not found:-13 - error /cygdrive/d/cyg_pub/devel/openmpi/v3.1/openmpi-3.1.3-1.x86_64/src/openmpi-3.1.3/orte/mca/plm/rsh/plm_rsh_component.c(327)
[KSM-big:46468] *** Process received signal ***
[KSM-big:46468] Signal: Segmentation fault (11)
[KSM-big:46468] Signal code: Address not mapped (23)
[KSM-big:46468] Failing at address: 0x0
Unable to print stack trace!
[KSM-big:46468] *** End of error message ***
Segmentation fault (стек памяти сброшен на диск)
Как исправить? Вроде Природа 6 должна параллелиться...

PS Пробовал ещё через mpirun, но в папке cygwin нет mpirun.exe, так что команда типа "mpirun -np 2" тоже не работает (не найдена).

Metalian
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Пн дек 10, 2018 10:53 pm

Есть ли где-нибудь сравнительный обзор или хотя бы описание базисов "семейств" b2 и b4?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2632
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт дек 11, 2018 1:20 am

1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя