Фуллереновый хаят

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Пт мар 09, 2018 3:32 am

У кого-нибудь есть координаты фуллеренов, с количеством атомов больше 1000?
PS: 960 осилили ...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Yurii » Вт мар 13, 2018 9:01 pm

Например,
https://arxiv.org/ftp/cond-mat/papers/0603/0603225.pdf
Полезно также ознакомиться со статьей Степенщикова "Морфология и симметрия гигантских фуллеренов".
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Ср мар 14, 2018 12:20 am

Спасибо!
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Cherep
Сообщения: 22554
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Cherep » Чт мар 15, 2018 3:33 pm

ээээ, чуваки, это чьи-то фантазии в кремнииin silico, или их реально в какой-нибудь саже находят?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10821
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Гесс » Чт мар 15, 2018 6:54 pm

Фуллерены нев....ероятных размеров входят в состав "онионов" - луковиц из "фуллеренка в фуллеренке в фуллеренке в утке в зайце в сундуке". Но их структура (каждого фуллерена) насколько мне известно не установлена и по моему убеждению они там неидеальные, то есть включают семи-восмьичленные циклы или альтернативные дефекты, что опосредованно подтверждается тем что между слоями вроде смогли вогнать ионы щелочных металлов.

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8465
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение ИСН » Пт мар 16, 2018 9:32 am

Что тут думать: взять С60, да размножить. В теории графов это как-то называется, наверное.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Пт мар 16, 2018 9:36 am

ИСН писал(а):
Пт мар 16, 2018 9:32 am
Что тут думать: взять С60, да размножить. В теории графов это как-то называется, наверное.
Вы про это?
https://www.sciencedirect.com/science/a ... 7716306865
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8465
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение ИСН » Пт мар 16, 2018 1:12 pm

Нет, конечно, при чём тут это.

Возьмите равносторонний треугольник. Разрежьте каждую сторону на n равных частей. Части соедините линиями, параллельными сторонам. У Вас получится фигура, собранная из n2 равносторонних треугольников.
Вот и с фуллереном можно проделать идейно аналогичную процедуру, только возиться дольше. Из C60 получится C240, C540 и т.д. Ну да, геометрию надо будет ещё оптимизировать. Но это неплохое начальное приближение.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10821
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Гесс » Пт мар 16, 2018 2:46 pm

не, там стартовое приближение будет очень некруглое, потому как "идеальная" структура это икосаэдр углы которого оочень слегка усечены за счет пятичленников, а грани - идеально плоские фрагменты графена. Там будут некрасивые напряжения на ребрах, так что оптимизировать там до усрачки. Nanocap умеет строить капнутые нанотрубки, и фуллерены неплохого размера, но как минимум "крышечки" точно не "идеальные" 5-6, а структурноосмысленные, и потому некрасивые (7-8 членники в наличии). Прогу насколько я помню надо качать самых старых версий, новые мне поставить на винду не удалось, а в старых есть standalone.
fullerene 1500.jpg
цифра 1500 выбрана наобум, в ряд "правильных" фуллеренов она наверняка не попадает но именно такие структуры я считаю "правдоподобными". Ну это лично мое мнение. Я ими не занимаюсь посколькуони крайне неудобны для расчетов: симметрия тут скорее всего С1 так что о ДФТ можно забыть сразу. DFTB, или полуэмпирика. И я думаю это не то что хочет топикстартер. ЕМНИП сохранение идет в fractional координатах, так что потом еще и домножать. Но точно не помню.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Пт мар 16, 2018 3:49 pm

http://doi.org/10.1016/j.physe.2018.04.004 - C1500 выбрано не наобум %)
Последний раз редактировалось EvgeniX Вс апр 15, 2018 4:16 pm, всего редактировалось 1 раз.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10821
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Гесс » Пт мар 16, 2018 3:56 pm

честно наобум, а там предлагается какой то конкретный C1500? Нанокап может таких много сгенерировать разных, с разным числом 5 и 7 угольников (подписано под структурой). Только что для проверки сгенерировал С1600. Спинкодкарты генерировать небуду. :lol:
fullerene 1600.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Пт мар 16, 2018 4:06 pm

Гесс писал(а):
Пт мар 16, 2018 3:56 pm
честно наобум, а там предлагается какой то конкретный C1500?
Феноменологический ) Скорее всего, самый симметричный, подчиняющийся IPR.

PS: А торрены и конкавены что-то умеет генерировать?
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10821
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Гесс » Сб мар 17, 2018 10:55 am

торрены - это нанотрубки свернутые в торы?
а кто такие конкавены?
Нет, такого софта я не видел
Самое крутое что я видел реализованным это слияние двух нанотрубок, в одну, T-образно или Y-образно

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Сб мар 17, 2018 1:46 pm

Торены (бублики) и конкавены (вплюснутые мячики):
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2527
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Droog_Andrey » Сб мар 17, 2018 10:54 pm

https://www.youtube.com/watch?v=uX3yDdwJ50k

Берёте готовое решение проблемы Томсона и превращаете его в фуллерен.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8465
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение ИСН » Чт мар 22, 2018 6:55 pm

EvgeniX писал(а):
Пт мар 16, 2018 4:06 pm
PS: А торрены и конкавены что-то умеет генерировать?
Ну я "умею", in a way. Берёшь штук 5 школьников, шестиугольный трафарет, лист ватмана, ножики для бумаги и клей ПВА. Продолжать надо?

Только я больше по шварцитам.
quatro.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Вс апр 15, 2018 4:12 pm

Всё, связали фуллерены с графеном (в первом приближении, второе приближение табашится):
On the upper bound of the thermodynamic stability of fullerenes from small to giant // Physica E: Low-dimensional Systems and Nanostructures, 2018, http://doi.org/10.1016/j.physe.2018.04.004

PS: Статья отправлена в день создания УФИЦ РАН и посвящена этому событию.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10821
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение Гесс » Вс апр 15, 2018 4:38 pm

The page you looked for has not been found

вот альтернативная ссылка: https://www.sciencedirect.com/science/a ... 7718301188

YuraM
Сообщения: 374
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение YuraM » Вс апр 15, 2018 10:32 pm

Евгений, поздравление со статьей! Интересная работа. У самого как-то были мысли посчитать энтальпии образования чего-то подобного. Я только мельком глянул. Amir Karton оценил энлэтальпию образования C60 каплд кластером и вроде MP4 на основе метода составления хим реакций, где-то около 600-602.5 ккал/моль если я ничего не путаю, может Вы его цитировали для обоснования Вашего выбранного рефенс вэлью для энтальпии C60? Как Вы пишите там много экспериментальных щначений, возможно расчеты в лит-ре полезны. Главный вопрос конечно на сколько реален pbe и оценка эниальпии образования по реакции 5. Например для оценки энтальпии образования c180 по уравнению н у вас считается разность между абсолютными энтальпиями c180 и тремя энтальпиями c60. Насколько точен для этого pbe? Интересно, влияет ли дисперсионная поправка? Мы тут недавно сравнивали точность энтальпий образования из dft и dlpno-ccsd(t), так там в дфт часто просто трэш, и это было для относительно небольших соединений около 30-50 атомов. Наиболее правдоподобные энтальпии давал wB97M-V который обсуждается в соседней ветке. Кстати, 2 знака после запятой для энтальпий образования это сверх точность. Кстати, при наличии ансертайнти в референс вэлью можно бы ее и включить в рассчитанные энтальпии оьразования. А вообще интересная работа!
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2623
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Фуллереновый хаят

Сообщение EvgeniX » Пн апр 16, 2018 1:00 pm

YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Евгений, поздравление со статьей! Интересная работа. У самого как-то были мысли посчитать энтальпии образования чего-то подобного. Я только мельком глянул.
Спасибо! )
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Amir Karton оценил энлэтальпию образования C60 каплд кластером и вроде MP4 на основе метода составления хим реакций, где-то около 600-602.5 ккал/моль если я ничего не путаю, может Вы его цитировали для обоснования Вашего выбранного рефенс вэлью для энтальпии C60?
Нет, мы ссылались в основном на экспериментальные работы. Но за ссылку спасибо.
В Успехах химии есть довольно детальный обзор, где показывается, что энтальпии образования рассчитывают в несколько этапов (энтальпия сжигания - получаем энтальпию образования в твёрдой фазе, далее энтальпия фазового перехода и от неё переходим к энтальпии образования в газовой фазе), что в некоторых работах степень очистки твёрдой фазы была недостаточна и т.п., поэтому мы доверились рекомендованным значениям оттуда (они собрали кусочки наиболее достоверных данных и выдали конечную цифру). Но она близка к той, что вы привели.
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Как Вы пишите там много экспериментальных щначений, возможно расчеты в лит-ре полезны. Главный вопрос конечно на сколько реален pbe и оценка эниальпии образования по реакции 5.
Для полициклических ароматических соединений по схожей формуле получаются очень даже хорошие значения (с термохимической точностью). Но что поразительно, это на уровне MP2, с усложнением метода (и базиса) величины всё более уходят в сторону от эксперимента.
Причём мы рассматривали несколько взаимосвязей (смотрели ошибку при определении через разные экспериментальные данные, которые считали наиболее надёжными; тут вообще интересная картина наблюдается, перекосы в компенсации ошибок неучёта электронной корреляции сразу видны).
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Например для оценки энтальпии образования c180 по уравнению н у вас считается разность между абсолютными энтальпиями c180 и тремя энтальпиями c60.
С термохимической точки зрения всё корректно.
dfHo,298(Cn) = (n/60)*dfHo,298,exp(C60) + Ho,298,calc(Cn) -(n/60)*Ho,298,calc(C60),
т.е.
dfHo,298(C180) = 3*dfHo,298,exp(C60) + Ho,298,calc(C180) - 3*Ho,298,calc(C60).

Просто составили два уравнения для энтальпии образования Cn и C60, потом объединили, чтобы исключить графит из расчёта. В итоге - это уравнение энергетического баланса.

Попытались решить в лоб, без всякой изодесмики.
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Насколько точен для этого pbe?
Точен настолько, насколько точен. )

Да, это размерно-несогласованный метод, но это первое приближение. И в этой работе главной целью было обосновать тестовый набор соединений (изомеров). А так, для полициклических ароматических соединений мы даже поправку относительно найденного референсного метода попытались ввести. Но там нелинейная зависимость ошибки PBE от размера молекулы, причём отклонения (первого и второго порядка) имеют разный знак. Но для фуллеренов картина в целом остаётся такой же.
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Интересно, влияет ли дисперсионная поправка? Мы тут недавно сравнивали точность энтальпий образования из dft и dlpno-ccsd(t), так там в дфт часто просто трэш, и это было для относительно небольших соединений около 30-50 атомов.
Насколько показывает опыт, DFT начинает лучше работать как раз начиная с таких систем (такого размера), которые вы упомянули и больше.
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Наиболее правдоподобные энтальпии давал wB97M-V который обсуждается в соседней ветке. Кстати, 2 знака после запятой для энтальпий образования это сверх точность.
Согласен. Просто там в таблице много значений - приведённые на один атом, тут второй знак важен, а часто и третий.
А dfH действительно, можно было и с одним знаком привести.
YuraM писал(а):
Вс апр 15, 2018 10:32 pm
Кстати, при наличии ансертайнти в референс вэлью можно бы ее и включить в рассчитанные энтальпии оьразования. А вообще интересная работа!
Последний раз редактировалось EvgeniX Вт апр 17, 2018 12:09 pm, всего редактировалось 1 раз.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей