Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 12:13 pm

Гесс писал(а):
Чт июл 19, 2018 9:54 am
визуализатор получает из файла исключительно координаты атомов (окей, из аутпутов иногда еще вектора их колебаний, силы и заряды).
Наличие связей между атомами, их размер, цвет и тому подобное это собственное решение визуализатора (которое вы обычно можете модифицировать). В ДФТ вообще нет понятия "связь", и атомы просто плавают в общем океане электронной плотности. Понятие "химическая связь" вообще очень запутанное и на эту тему можно говорить часми. Поэтому палочки между шариками рисуются исключительно из соображений расстояния между этими шариками. Иногда во внимание принимаются углы этих палочек между собой и традиционное количество палочек которое должно отходить от шарика конкретного атома. Безусловно наличие прорисованных связей существенно облегчает восприятие молекулы, но со стороны расчета это абсолютно нулевая информация - она никак не влияет на энергию молекул или другие свойства (несколько обособленно стоит AiM Бейдера но это совсем другая история). В кемкрафте наличие и тип связи вы можете варьировать во вкладке Tools - Chemcraft incorrectly identifies bonds in the molecule?
Спасибо!!! Теперь понятно...

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 12:36 pm

:( Error termination request processed by link 9999
Опять не получается...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 1:09 pm

Yeugen2018 писал(а):
Чт июл 19, 2018 12:36 pm
:( Error termination request processed by link 9999
Опять не получается...
От я валянок, не добавил NoEigenTest, пробую еще раз...

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 4:00 pm

Какой-то "черный день". А не подскажите как продолжить работу Gaussian с того же места если выключился компьютер?

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 23, 2018 12:21 pm

Добрый день!
Вот что получилось (система реагентов, два переходных состояния) Система реагентов HF=-1535.1987389, ПС1 HF=-1535.138371 и ПС2 HF=-1534.756691. Система продуктов пока оптимизируется. Подскажите, а этих данных будет достаточно для построения кривой потенциальной энергии и поверхности потенциальной энергии? И еще это делается тоже в Gaussian или нужна какая-то другая программа?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 23, 2018 7:11 pm

Ну эти два переходных состояния сложно сравнивать, у них разная брутто формула (на один протон), что довольно заметно уже из их энергий.
А геометрия "исходника" не относится к переходному состоянию (зуб не дам но почти уверен, можно проверить по IRC).
Нет, из этих данных профиль реакции не построишь. Нет, профиль реакции строят просто в экселе или на бумажке, исходя из энергий.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 25, 2018 8:02 am

Доброе утро!
Вот что получилось при проверке IRC (как по мне так то что надо, следующий этап отщепление воды) и оптимизации продуктов реакции
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 25, 2018 8:10 am

Вот продукты:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 25, 2018 8:38 am

С учетом только одного переходного состояния (HF=-1535.138371), реагентов (HF=-1535,1987389) и продуктов (HF=-1535,2051554, было принято за 0) получился такой график (брутто всех этапов совпадает)
Изображение
Так правильно? В данном случае это и есть барьер 41,90 ккал/моль?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 25, 2018 8:54 am

Технически скорее всего все правильно (я не смотрел последние файлы).
Практически мы вернулись к тому о чем amge говорил несколько страниц назад - слишком высокий барьер.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 25, 2018 9:04 am

Гесс писал(а):
Ср июл 25, 2018 8:54 am
Технически скорее всего все правильно (я не смотрел последние файлы).
Практически мы вернулись к тому о чем amge говорил несколько страниц назад - слишком высокий барьер.
То есть надо добавлять молекулу воды для переноса протона? Повторюсь наверное, я могу сравнить такие высокие барьеры в этих условиях (одинаковых), для того чтобы посмотреть какая реакция менее энергетически затратная? И еще, для построения профиля реакции надо брать переходное состояние с наибольшей энергией?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 25, 2018 11:17 am

да, вероятно добавление воды сделает барьер реакции ниже.
Условия одинаковые, сравнить формально конечно можно но к практике это имеет отношение очень посредственное. Это как сравнивать сложенного (оригами) зайца с оригами-медведем. Они как бы в одинаковых условиях и их размеры могут как коррелировать с реальными событиями так и не коррелировать.
Для каждой из последовательности реакций надо найти самый низкий барьер, а потом выяснить какой из этих барьеров самый высокий. Вот он и лимитирует вашу реакцию. Для реакций протекающих при умеренном нагревании барьер должен быть ниже 30 ккал/моль, все что выше можно сразу выбрасывать как непротекающее.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1725
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 25, 2018 11:19 am

Гесс меня опередил :). Но я все равно отправлю, раз написал
Yeugen2018 писал(а):
Ср июл 25, 2018 9:04 am
Повторюсь наверное, я могу сравнить такие высокие барьеры в этих условиях (одинаковых), для того чтобы посмотреть какая реакция менее энергетически затратная?
Каждое ПС имеет свою структуру, отличную от структуры другого ПС. И совершенно не факт, что влияние заместителей на энергию высокоэнергетичного ПС будет таким же, как и на энергию низкоэнергетичного ПС, через которое на самом деле идет реакция. Возможно, будет симбатность, но это еще надо специально доказать.

Убрал кусочек своего текста, который все запутывает.
Последний раз редактировалось amge Ср июл 25, 2018 12:02 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 25, 2018 11:21 am

Во избежание путаницы.
amge писал(а):
Ср июл 25, 2018 11:19 am
Yeugen2018 писал(а):
Ср июл 25, 2018 9:04 am
И еще, для построения профиля реакции надо брать переходное состояние с наибольшей энергией?
Если одна и та же реакция может протекать через несколько ПС, то она (в основном) пойдет через ПС с наинизшей энергией.
Amge имеет в виду параллельные варианты протекания одной и той же раеакции.

Я в своем
Гесс писал(а):
Ср июл 25, 2018 11:17 am
Для каждой из последовательности реакций надо найти самый низкий барьер, а потом выяснить какой из этих барьеров самый высокий. Вот он и лимитирует вашу реакцию.
имел в виду последовательность переходных состояний.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1725
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 25, 2018 12:02 pm

И опять я не успел (вовремя отредактировать свой пост) :)

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 1:08 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 23, 2018 7:11 pm
Ну эти два переходных состояния сложно сравнивать, у них разная брутто формула (на один протон)
Вот какое переходное состояние получилось с той-же брутто формулой что и другое переходное состояние. Правда не пойму что будет с связью С1 N2, или может сблизить эти два атома и поискать еще раз это ПС? Что бы сравнить эти два ПС, или для этого есть какие-то методы?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 1:12 pm

Гесс писал(а):
Ср июл 25, 2018 11:17 am
да, вероятно добавление воды сделает барьер реакции ниже.
А как мне лучше добавить воду? "Заморозить" всю систему кроме добавленной воды затем оптимизировать, "разморозить" а потом уже искать ПС?

Yeugen2018
Сообщения: 187
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 1:49 pm

Можно еще вопрос по отображению энергии в out файле ПС HF=-1535.138371 а в Сhemcraft min= -1535.1389981 какую энергию использовать в расчетах?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 30, 2018 1:59 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 30, 2018 1:49 pm
Можно еще вопрос по отображению энергии в out файле ПС HF=-1535.138371 а в Сhemcraft min= -1535.1389981 какую энергию использовать в расчетах?
Сошедшегося переходного состояния, то есть последнюю точку отображаемую кемкрафтом (последнюю а не минимуальную), или из архивного блока гауссиана.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10695
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 30, 2018 2:13 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 30, 2018 1:08 pm
Правда не пойму что будет с связью С1 N2, или может сблизить эти два атома и поискать еще раз это ПС?
Хорошее переходное состояние. Не надо его больше переоптимизировать. С тем что у вас было можно сравнивать напрямую.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость