Gaussian. Error after 129 cycles.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение Гесс » Пт окт 05, 2018 4:05 pm

Я начну с философии а потом перейду на говнометство и мои рекомендации.
Бывает так что система оптимизируется но результат не совпадает с экспериментом. Это конечно плохо но бывает хуже, когда система оптимизируется но результат очевидно неправильный. Также очень нехорошо когда система не может соптимизироваться, например осцилирует. Во всех этих случаях можно искать какие то технические примочки которые решат эту локальную проблему. Обычно у этих оптимизирующихся систем какие то адекватные (или умеренно неадекватные) спиновые состояния и т.д. Бывает так что система не может свести SCF. Это обычно весьма нехороший сигнал. Иногда с системой все более менее неплохо и таки нужно искать примочки и кейворды, но вообще в этом случае уже полезно критически осмотреть систему и подумать нет ли в инпуте чего то принципиально нехорошего. Здесь же мы имеем клинический случай - сцф даже не может стартануть. Судя по спину на который обратил внимание Shorku - у системы огромные внутренние проблемы. Плюс ко всему вы прыгаете между очень разными системами и всегда сразу в сложные случаи. Я понимаю что вы не сами выбрали себе в начале своей расчетной карьеры систему с переходными металлами, что далеко не легко. Но со старта зафигачивать три разных переходных металла вплотную друг к другу между двумя чешуйками на традиционном графеновом расстоянии даже не расковыряв там полости - это катастрофически нездорово.
Я рекомендовал раньше уходить в периодические расчеты, вы этого не делаете и собственно с имеющимся подходом это не решит ваши проблемы, так что можно собственно продолжать сидеть в гауссиане, все равно в периодике вы будете еще долго иметь те же самые проблемы.

Что бы я делал если бы меня прижали к стенке таким проектом как у вас? (и если бы я стремился любой ценой остаться в гауссиане).
1) определился с одним типом систем которые бы мучал дальше. То есть либо монослои с дырками, либо сендвичи с металлами посредине. Второй случай наверняка дороже но на мой взгляд лишен многих проблем которые будут в первом случае.
2) внимательно осмотрел бы периферию системы а так же внутренности дырки если таки брать дырки. И сделал бы эти края максимально бездефектными, без нарушения ароматичности и особенно без множественных не то карбенов не то радикалов.
3) использовал бы базисные наборы адекватные задаче. Я понимаю что у вас нет опыта в базовых наборах, но можете спросить у кого то кто разбирается в квантах - с STO-3G и 3-21G вы и на органике далеко не уедете, а с переходными металлами можно сразу тушить свет и сливать воду. 6-31G* даст системе хоть какой то шанс сойтись и эти результаты можно будет использовать как начальные приближения хоть для чего то. Если это слишком дорого для имеющихся у вас ресурсов - либо добудьте ресурсы либо ищите что изменить в проекте. Скажем если использовать DFTB или полуэмпирику то результаты будут мусором но B3LYP/STO-3G вы даже мусора получить не можете (а если и получите то будет точно такой же мусор только за бОльшие деньги трудозатраты).
4) не забивал бы в систему сразу по нескольку переходных металлов, причем близко, причем без толковых лигандов. Возьмите один атом, одного металла, оптимизируйте систему с ним, проверьте правильность спинового состояния, проверьте что меняется когда вместо кобальта - никель, потом очень аккуратно и набравшись мужества попробуйте добавить второй атом металла. Ну и разумеется все в unrestricted.
На мой взгляд для людей с оптытом и ресурсами это был бы проект как минимум на год, до получения каких-то публикабельных результатов (осмысленных, самосогласованных, пусть даже без отношения к эксперименту). То что вы делаете сейчас - это попытка забить сразу ворох гвоздей в гранитную стену, причем телефоном. Дело безусловно ваше, слушать рекомендации необязательно, просто на мой взгляд вы рискуете угробить как минимум несколько месяцев жизни на абсолютно бесполезный труд.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вс окт 07, 2018 7:54 pm

1) Пожалуйста дайте ссылку на диссертацию Лу Пина от 2012 года, что-то найти не могу.
2) Попробую перейти на Линукс и vasp.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение Гесс » Вс окт 07, 2018 9:52 pm


Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение Shorku » Пн окт 08, 2018 10:21 am

Обратите внимание, что переход на VASP (или там QE, васп-то сильно небесплатный) не решит Ваших проблем со спиновым состоянием.

Например, сколько неспаренных электронов у железа?
Make quantum chemistry, not war

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение mizuchi » Пн окт 08, 2018 12:41 pm

BIG_DATE писал(а):
Вс окт 07, 2018 7:54 pm
2) Попробую перейти на Линукс и vasp.
VASP, возможно, не лучший вариант для начала изучения плосковолновых вычислений из-за его небесплатности (публиковаться-то как?) и неочевидности (странный синтаксис вкупе с небольшим количеством обучающих материалов в сети). Рекомендую попробовать CP2K.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вт окт 09, 2018 6:49 am

Shorku писал(а):
Пн окт 08, 2018 10:21 am
Обратите внимание, что переход на VASP (или там QE, васп-то сильно небесплатный) не решит Ваших проблем со спиновым состоянием.

Например, сколько неспаренных электронов у железа?
Пока мне сложно сказать). Ну у железа валентность 3, у остальных по 2. Тут похоже действительно пока по одному атому металла сувать). Хотя с одним и двумя уже есть публикации, поэтому я с самого начала не хотел делать эксперименты с ними. Но коль тут спины какие-то в колёса лезут, то придется.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение Гесс » Вт окт 09, 2018 8:50 am

мультиплетность к валентности как чипсы к водке. И кстати железо вполне бывает двухвалентным, а никель и кобальт трехвалентными. Все они иногда могут быть валентности 4, впрочем это не имеет к задаче никакого отношения.
Тут глубина проблем такова что действительно переход в плосковолновые пакеты ничего не изменит. Оставайтесь в гауссиане, его сообщения об ошибках хоть гуглить легче.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вт окт 09, 2018 9:11 am

Гесс писал(а):
Вт окт 09, 2018 8:50 am
мультиплетность к валентности как чипсы к водке. И кстати железо вполне бывает двухвалентным, а никель и кобальт трехвалентными. Все они иногда могут быть валентности 4, впрочем это не имеет к задаче никакого отношения.
Тут глубина проблем такова что действительно переход в плосковолновые пакеты ничего не изменит. Оставайтесь в гауссиане, его сообщения об ошибках хоть гуглить легче.
Эх я уже убунту поставил....
Вот статейку по сипновым состояниям наёл https://nplus1.ru/news/2015/11/14/spinsingleatom. Но только для одного атома.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение madschumacher » Вт окт 09, 2018 11:09 am

BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 9:11 am
Эх я уже убунту поставил....
Гауссиан есть и на Линуксе, и на МакОське, вроде. А все остальные квантовохимические пакеты в подавляющем большинстве обитают только в Linux-мире.
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 9:11 am
Вот статейку по сипновым состояниям наёл https://nplus1.ru/news/2015/11/14/spinsingleatom. Но только для одного атома.
Ну Вы издеваетесь? С такими базовыми вещами разобраться не можете, а лезете в передний край науки, да ещё и через научпоп?! :facepalm:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вт окт 09, 2018 11:23 am

madschumacher писал(а):
Вт окт 09, 2018 11:09 am
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 9:11 am
Эх я уже убунту поставил....
Гауссиан есть и на Линуксе, и на МакОське, вроде. А все остальные квантовохимические пакеты в подавляющем большинстве обитают только в Linux-мире.
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 9:11 am
Вот статейку по сипновым состояниям наёл https://nplus1.ru/news/2015/11/14/spinsingleatom. Но только для одного атома.
Ну Вы издеваетесь? С такими базовыми вещами разобраться не можете, а лезете в передний край науки, да ещё и через научпоп?! :facepalm:
Я линукс на виртуалку ( пока что ) поставил как раз для установки реккомендуймого ПО под лиукс.
Ну Вы издеваетесь? С такими базовыми вещами разобраться не можете - я разбираюсь по мере возникновения проблем ибо я вообще не знаю что читать, чтобы таких проблем небыло.

да ещё и через научпоп - статья на русском чуть лучше, чем жёлтая пресса, но она на русском. И в ней есть ссылка на саму статью на английском, нормальную.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение madschumacher » Вт окт 09, 2018 11:29 am

BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 11:23 am
Я линукс на виртуалку ( пока что ) поставил как раз для установки реккомендуймого ПО под лиукс.
Мдааааааааааааааааааааааааааааааааааа..... считать огромные и охренительно сложные системы на виртуалке VASP-ом на ноутбуке. Это просто верх адекватности. :up:
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 11:23 am
я разбираюсь по мере возникновения проблем ибо я вообще не знаю что читать, чтобы таких проблем небыло.
А учебники в голову Вам не приходили?
Начните хотя бы, ну не знаю, с Новаковской? Маленькая и простая книжка по основам квантхима, где всё разжёвано.
В зависимости от Вашего географического местоположения могли бы походить и на лекции по квантхиму.
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 11:23 am
статья на русском чуть лучше, чем жёлтая пресса, но она на русском. И в ней есть ссылка на саму статью на английском, нормальную.

N+1 -- офигенный ресурс, базара нет. Но каким, простите, лядом эта статья по ФТТ (тем более экспериментальная) поможет разобраться в простейших вопросах квантовой химии? :dontknow:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение Гесс » Вт окт 09, 2018 1:01 pm

погуглите что такое мультиплетность.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вт окт 09, 2018 4:06 pm

А учебники в голову Вам не приходили?
В этом то и дело, что никто толком мне не мог объяснить какой раздел физики читать... Никто не сказал что конкретно гуглить, а я в свою очередь ну скажем прямо мало что в этом всё понимаю. Понимаете просто так иногда складывается, что приходится идти не на ту специальность, по которой основное образование.
Я по образованию специалист в области информационной безопасности. Красный диплом у меня. Я вот на C# хорошо умею программировать, могу информационные системы нормально строить, в стандартах разбираюсь, могу пройти аттестацию объекта информатизации и т.д.

В объем считаю, что хотя бы читать я научился и могу освоить пару книг за месяц ( да у меня очень низкая скорость чтения), но 1) я работаю, 2) я читаю, но всё не то и от этого я расстраиваюсь. Я то одно почитал. Думал пора экспериментировать. Потыкался в этих бесполезных, как оказывается, экспериментах…. Вот теперь буду опять читать.
Мне тут про спины написали. Прочитал про спины. О хоспади система даже с одним атомом металла точно не будет иметь спин равный дефолтно устанавливаемому в гаусиане. Про три я вообще молчу т.к. там надо очень сильно подумать какой там будет итоговый спин системы и вообще просто надо ещё подумать))).
Теперь новаков. Принято, буду читать. Думаю к концу недели смогу освоить более-менее, если не будет сложных формул))).
погуглите что такое мультиплетность. - думаю в книге будет.
P.S. Спасибо, что нянчитесь со мной.
Мдааааааааааааааааааааааааааааааааааа..... считать огромные и охренительно сложные системы на виртуалке VASP-ом на ноутбуке. Это просто верх адекватности. :up:
Я искренне верю в свой ноут. У него 8 потоков, так что 4 можно отдать виртуалке, у него 8 ГБ ОЗУ, так что 4-6 также можно выделить виртуалке.
Последний раз редактировалось BIG_DATE Чт окт 11, 2018 11:01 am, всего редактировалось 1 раз.

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение mizuchi » Вт окт 09, 2018 7:12 pm

BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 4:06 pm
Я искренне верю в свой ноут. У него 8 потоков, так что 4 можно отдать виртуалке, у него 8 ГБ ОЗУ, так что 4-6 также можно выделить виртуалке.
Если там GPU от NVIDIA, то это сильно упростит жизнь с VASP, но нормальную систему в дуалбут таки придется поставить. Присмотритесь к Manjaro.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Вт окт 09, 2018 8:20 pm

mizuchi писал(а):
Вт окт 09, 2018 7:12 pm
BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 4:06 pm
Я искренне верю в свой ноут. У него 8 потоков, так что 4 можно отдать виртуалке, у него 8 ГБ ОЗУ, так что 4-6 также можно выделить виртуалке.
Если там GPU от NVIDIA, то это сильно упростит жизнь с VASP, но нормальную систему в дуалбут таки придется поставить. Присмотритесь к Manjaro.
Если хоть какие-то эксперименты начнут получаться, то тут же куплю рэзор 2700x и GTX 1040ti - пока только на это хватает денег, а это сейчас 60-70к стоит. А так смысл...Медленно и неверно я и на ноуте вычислять могу).

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение mizuchi » Вт окт 09, 2018 8:45 pm

BIG_DATE писал(а):
Вт окт 09, 2018 8:20 pm
Если хоть какие-то эксперименты начнут получаться, то тут же куплю рэзор 2700x и GTX 1040ti - пока только на это хватает денег, а это сейчас 60-70к стоит. А так смысл...Медленно и неверно я и на ноуте вычислять могу).
Наверное 1050 Ti? 1040 не существует в природе. На ноуте какой видеочип стоит?

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Ср окт 10, 2018 3:45 pm

есть у меня 2 ноута.ю один с GT525M, другой с GT 750M.

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение mizuchi » Чт окт 11, 2018 2:36 pm

BIG_DATE писал(а):
Ср окт 10, 2018 3:45 pm
есть у меня 2 ноута.ю один с GT525M, другой с GT 750M.
У GT 750M CUDA Compute Capability 3.0, этого хватит, чтобы запустить TeraChem, vasp_gpu и jdfx_gpu. Первый для молекулярных расчетов, второй и третий для периодических. Будет работать как рабочая станция с примерно 8 ядрами.

BIG_DATE
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Gaussian. Error after 129 cycles.

Сообщение BIG_DATE » Чт окт 18, 2018 10:17 am

Смог успешно рассчиать систему однослойногог пан с одним вставленным в дырку металлом, как в последней обсуждаемой тут статььи, методом pbepbe заряд 0, ультиплетность системы 2.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя