Природа

[eFo]

Подскажите, пожалуйста, а где её можно достать?

Код: Выделить всё

dimitri_laikov(at)mail(точка)ru

[eFo]

Вопрос к тем, кто пользуется визуализатором QCC для Природы... Что конкретно значат параметры Curvature и Overlap? Заранее спасибо)

[OrganikNV]

Подскажите, какие базисы в Природе 6 соответствуют базисам TZVPP и def-TZVPP

[EvgeniX]

L2 и 3z

[OrganikNV]

Спасибо!!!

[OrganikNV]

Подскажите, пожалуйста, как запустить Природу 6. Я раньше рассчитывала более поздней версией, а так не запускается.

[EvgeniX]

p6.exe input.in output.out
p6_64 -np 2 input.in output.out

[EvgeniX]

Альтернативный вариант для Windows:

1. Копируем все файлы квантовохимического пакета ПРИРОДА в директорию "C:\Program Files\Priroda".
Если директория "Program Files" называется по-другому, то в "%ProgramFiles%\Priroda"
2. Устанавливаем FAR 2.0.
3. Создаём в директории "C:\Program Files\Priroda" файл priroda.cmd

Код: Выделить всё

@echo off
cls
title *** QChem.Ru & Квантовая-Химия.РФ ***
echo.
echo   ╓─────────╖
echo   ║ PRIRODA ║
echo   ╙─────────╜

if '%1'=='' goto noparam

if '%1'=='-install' goto Install
if '%1'=='-priroda' goto Priroda

goto noparam

rem --- Installation -------------------
:Install

rem ··· Far Manger 2 Config ···

reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "Mask" /t "REG_SZ" /d "*.in" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "Description" /t "REG_SZ" /d "Priroda" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "Execute" /t "REG_SZ" /d "\"%ProgramFiles%\Priroda\priroda.cmd\" -priroda \"!\!.!\" \"!\!.out\"" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "AltExec" /t "REG_SZ" /d "" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "View" /t "REG_SZ" /d "" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "AltView" /t "REG_SZ" /d "" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "Edit" /t "REG_SZ" /d "" /f >nul
reg add "HKCU\Software\Far2\Associations\Type0" /v "AltEdit" /t "REG_SZ" /d "" /f >nul


echo.
echo installed
echo.

ping localhost > nul

goto end

rem --- Priroda ------------------------
:Priroda

if '%2'=='' goto noparam
if '%3'=='' goto noparam

echo.
echo Input: %2
echo Output: %3
echo.

if exist %3 goto PrirodaExist

rem cd /d "%ProgramFiles%\Priroda"
rem "%ProgramFiles%\Priroda\dos2unix.exe" %2 > nul
rem echo.

cd /d "%ProgramFiles%\Priroda"
for /d %%i in ("%TEMP%") do (set TEMP83=%%~si)
set TMPDIR=%TEMP83%
"p6.exe" %2 %3

echo Calculation completed!
goto end

:PrirodaExist
echo File %3 exists. End calculation.
goto end

rem ------------------------------------
:noparam
echo.
echo Usage:
echo.
echo  "priroda -install" for config Windows and Far Manager
echo.
echo  "priroda -priroda file.in file.out" for start PRIRODA
rem ------------------------------------

:end

4. Запускаем его с параметром -install:

Код: Выделить всё

%ProgramFiles%\Priroda\priroda.cmd -install

Теперь для запуска расчёта ПРИРОДы нужно выбрать входной файл в FAR и нажать кнопку Enter.

Особенности:
1. Не нужно указывать директорию для временных файлов, временные файлы будут записываться в системную директорию для временных файлов.
2. Не нужно указывать полный путь к файлу с базисными наборами, достаточно указывать basis="3z.bas" или basis="basis.in".

[OrganikNV]

Спасибо! Первый вариант я пробовала, но не указывала путь к временным файлам, может поэтому не считает.

[OrganikNV]

Может я что-то не так делаю. В папке PR6 у меня находятся файлы p6.exe и cygwin1.dll. Туда же я помещаю input файлы и папку с базисами. Потом в командной строке указываю путь к этой папке и ввожу p6.exe input.in output.out. Не считает. В командной строке появляется надпись:"cannot open input file".

[amge]

Что значит "в командной строке указываю путь к этой папке"?
Возможно, сначала нужно перейти в папку и там запустить. Т.е.

Код: Выделить всё

cd "путь к этой папке"
p6.exe input.in output.out

[OrganikNV]

Да, так и делаю - перехожу вводя "cd"

[EvgeniX]

Да, так и делаю - перехожу вводя "cd"

viewtopic.php?f=71&t=28803&start=120#p566632 пробовали?

[eFo]

Считаете гессиан, потом
S=S,
H=E+ddH,
G=E+ddG.

С учётом того, что E - в хартри, ddH и ddG - в ккал/моль.

Прибавлять всё-таки к Е или Е0 ?) Спасибо...

[EvgeniX]

Всё-таки E и не трогать E0!

[eFo]

Почему у меня Природа при оптимизации ферроцена приводит к заслонённой конформации? Хотя на инпуте ей даю оптимизированную другими людьми в заторможенной конформации...

[EvgeniX]

Как вариант - оптимизировали до этого в 4-й версии, вроде бы немного критерии сходимости изменились.

[eFo]

Как вариант - оптимизировали до этого в 4-й версии, вроде бы немного критерии сходимости изменились.

Да я вообще в инете .mol файл нашёл... С идеальной геометрией)

[amge]

Почему у меня Природа при оптимизации ферроцена приводит к заслонённой конформации? Хотя на инпуте ей даю оптимизированную другими людьми в заторможенной конформации...

Потому что минимум энергии - это именно заслонённая конформация, а "заторможенная" - переходное состояние.

[eFo]

Почему у меня Природа при оптимизации ферроцена приводит к заслонённой конформации? Хотя на инпуте ей даю оптимизированную другими людьми в заторможенной конформации...

Потому что минимум энергии - это именно заслонённая конформация, а "заторможенная" - переходное состояние.

Спасибо! Но, блин, это пошатнуло моё понимание химии