Взаимодействие молекул

[Yeugen2018]

Добрый день! Создал инпут системы гидразид альдегид, выставил угол Н С N (H C альдегида, N гидразида) как в продукте реакции, а у атомов водорода на азоте гидразида и атоме кислорода альдегида как в оптимизированной молекуле воды, использовал кейворд: #P B3LYP/Def2svp opt=(modredundant) scrf=(pcm) nosymm.
Но что-то не идет. Посмотрите инпут, укажите на ошибку. Спасибо!

[Гесс]

Чтобы понять что не идет надо смотреть аутпут.
Мне неясно что было целью расчета. Минимум? Переходное состояние? Сканирование?
Исходя из модредунданта вроде как сканирование, но по какой внутренней координате сканирование - не указано.
И зачем вы так усердно используете Z-matrix? Не то чтобы это было нельзя, но просто оно получается длинно и запутанно.
Connectivity в конце просто бесполезны, DFT не оперирует понятием "связь".

[Yeugen2018]

Добрый день! Планировал провести сканирование.

[Yeugen2018]

И зачем вы так усердно используете Z-matrix?

большинство примеров которые изучал, использовали Z-matrix (для чайников наверное )

[Гесс]

ОКей, И по какой внутренней координате должен был идти скан?

[Yeugen2018]

ОКей, И по какой внутренней координате должен был идти скан?

между N13 и С 37, но не могу найти эту координату

[Гесс]

ее не искать надо а задавать для сканирования

подскажите как запустить скан по связи C-N? Может есть кейворд? И как построить зависимость энергии от расстояния? Спасибо!

[ http://gaussian.com/opt/ ] => "Options"
Далее смотрим описание "ModRedundant", пригодится.

[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize

S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.

[Yeugen2018]

ее не искать надо а задавать для сканирования

подскажите как запустить скан по связи C-N? Может есть кейворд? И как построить зависимость энергии от расстояния? Спасибо!

[ http://gaussian.com/opt/ ] => "Options"
Далее смотрим описание "ModRedundant", пригодится.

[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize

S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.

А можно попросить пример какого-нибудь инпута для ознакомления, а то как-то не могу понять как задать эти координаты. Но я попробовал это сделать в другом примере

Код: Выделить всё

%chk=C:\G09W\tests\int1_scan3.chk
%mem=500MB
#p b3lyp opt=z-matrix nosymm

Title Card Required

0 1
 C              
 N                  1            B1
 N                  2            B2    1            A1
 C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
 N                  1            B4    2            A3    3            D2    0
 S                  1            B5    2            A4    3            D3    0
 N                  5            B6    1            A5    2            D4    0
 C                  6            B7    1            A6    2            D5    0
 C                  8            B8    6            A7    1            D6    0
 O                  9            B9    8            A8    6            D7    0
 N                  9           B10    8            A9    6            D8    0
 N                 11           B11    9           A10    8            D9    0
 C                 12           B12   11           A11    9           D10    0
 C                  4           B13    3           A12    2           D11    0
 C                 14           B14    4           A13    3           D12    0
 C                 15           B15   14           A14    4           D13    0
 C                 16           B16   15           A15   14           D14    0
 C                 17           B17   16           A16   15           D15    0
 C                 18           B18   17           A17   16           D16    0
 H                 13           B19   12           A18   11           D17    0
 O                 13           B20   12           A19   11           D18    0
 C                 13           B21   12           A20   11           D19    0
 H                 12           B22   11           A21    9           D20    0
 C                 22           B23   13           A22   12           D21    0
 C                 24           B24   22           A23   13           D22    0
 C                 25           B25   24           A24   22           D23    0
 C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
 C                 27           B27   26           A26   25           D25    0
 H                  7           B28    5           A27    1           D26    0
 H                  7           B29    5           A28    1           D27    0
 H                  8           B30    6           A29    1           D28    0
 H                  8           B31    6           A30    1           D29    0
 H                 11           B32    9           A31    8           D30    0
 H                 12           B33   11           A32    9           D31    0
 H                 15           B34   14           A33    4           D32    0
 H                 16           B35   15           A34   14           D33    0
 H                 17           B36   16           A35   15           D34    0
 H                 18           B37   17           A36   16           D35    0
 H                 19           B38   18           A37   17           D36    0
 H                 24           B39   22           A38   13           D37    0
 H                 25           B40   24           A39   22           D38    0
 H                 26           B41   25           A40   24           D39    0
 H                 27           B42   26           A41   25           D40    0
 H                 28           B43   27           A42   26           D41    0

   B1             1.31002570
   B2             1.36894140
   B3             1.31607146
   B4             1.37529695
   B5             1.75720675
   B6             1.38892769
   B7             1.84172915
   B8             1.53450708
   B9             1.21946045
   B10            1.35799079
   B11            1.39782130
   B12            3.00000000 s 50 0.1
   B13            1.47238605
   B14            1.40714091
   B15            1.39733131
   B16            1.39655088
   B17            1.39987942
   B18            1.39286561
   B19            1.11994222
   B20            1.21078068
   B21            1.48493128
   B22            1.02322048
   B23            1.40533229
   B24            1.39337498
   B25            1.40225936
   B26            1.39867317
   B27            1.39708433
   B28            1.02192939
   B29            1.02153943
   B30            1.09723532
   B31            1.09902849
   B32            1.02672964
   B33            1.02314385
   B34            1.08832160
   B35            1.09291792
   B36            1.09291982
   B37            1.09287499
   B38            1.09075463
   B39            1.09247298
   B40            1.09319350
   B41            1.09349199
   B42            1.09297591
   B43            1.09427543
   A1           107.75725227
   A2           109.02144348
   A3           109.82157446
   A4           129.20963900
   A5           126.41266385
   A6           100.26296727
   A7           114.21439518
   A8           121.83426520
   A9           113.82273605
   A10          121.64921208
   A11          104.74598960
   A12          123.81635098
   A13          123.74418212
   A14          120.20433729
   A15          120.55598712
   A16          119.55266359
   A17          120.30288882
   A18           73.56775974
   A19           93.22984185
   A20          103.18428322
   A21          108.80072388
   A22          120.19722542
   A23          119.94338112
   A24          119.94463668
   A25          120.29354363
   A26          119.87042315
   A27          109.70753986
   A28          109.76491478
   A29          104.12305842
   A30          107.74101397
   A31          118.65476969
   A32          108.30657303
   A33          119.70521511
   A34          119.38429465
   A35          120.25246871
   A36          120.09703396
   A37          120.74370326
   A38          118.39860560
   A39          120.16321770
   A40          119.78017886
   A41          120.32042186
   A42          119.79763722
   D1             0.06182487
   D2             0.19473502
   D3          -179.66911401
   D4          -177.41916167
   D5            10.25415757
   D6           -83.81107609
   D7           -95.55892898
   D8            84.47349355
   D9          -173.52787369
   D10         -164.72459689
   D11          179.35169747
   D12          169.14572875
   D13         -179.02402919
   D14            0.00314778
   D15           -0.01376141
   D16           -0.06596048
   D17            5.00910024
   D18          126.49627915
   D19         -106.44514462
   D20          -84.09051305
   D21         -103.49771280
   D22         -179.92438306
   D23            0.01456091
   D24            0.04639548
   D25           -0.01506251
   D26           57.21724287
   D27          -62.28403133
   D28          159.16925678
   D29           42.10821529
   D30          -14.22049098
   D31           31.15580186
   D32            1.59617229
   D33          179.95777063
   D34         -179.93504158
   D35         -179.84637491
   D36         -179.74652485
   D37            0.15905378
   D38         -179.96143353
   D39         -179.96325460
   D40         -179.90160294
   D41         -179.50870915

 1 2 2.0 5 1.5 6 1.0
 2 3 1.0
 3 4 2.0
 4 5 1.0 14 1.0
 5 7 1.0
 6 8 1.0
 7 29 1.0 30 1.0
 8 9 1.0 31 1.0 32 1.0
 9 10 2.0 11 1.5
 10
 11 12 1.0 33 1.0
 12 23 1.0 34 1.0 13 0.5
 13 20 1.0 21 2.0 22 1.0
 14 15 1.5 19 1.5
 15 16 1.5 35 1.0
 16 17 1.5 36 1.0
 17 18 1.5 37 1.0
 18 19 1.5 38 1.0
 19 39 1.0
 20
 21
 22 24 1.5 28 1.5
 23
 24 25 1.5 40 1.0
 25 26 1.5 41 1.0
 26 27 1.5 42 1.0
 27 28 1.5 43 1.0
 28 44 1.0
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44

[Гесс]

Ну если вы настаиваете на Z-matrix то

$RunGauss
%chk=Scan1.chk
#p B3LYP/6-311+G* opt=Z-Matrix SCF=xqc

Trimer

0 1
8
8 1 1.334207
6 2 Dist 1 112.472302
6 3 1.554679 2 122.322222 1 90.381413
6 3 1.527961 2 130.484435 1 -23.905073
6 3 1.542229 2 130.938770 1 -156.696770
6 6 1.531895 3 92.828619 2 -123.051581
6 5 1.505990 3 91.314246 2 -143.677710
6 4 1.486465 3 93.710285 2 -128.505155
6 7 1.476446 4 78.858564 3 89.990600

Dist=1.36 S 26 0.1

и его близкий друг

$RunGauss
%chk=Scan1.3.chk
#p B3LYP/6-311+G* opt=Z-Matrix SCF=xqc

Trimer

0 3
8
8 1 R1
6 2 Dist 1 A1
6 3 R2 2 A2 1 D2
6 3 R3 2 A3 1 D3
6 3 R4 2 A4 1 D4
6 6 R5 3 A5 2 D5
6 5 R6 3 A6 2 D6
6 4 R7 3 A7 2 D7
6 7 R8 4 A8 3 D8

Dist=1.36 S 30 0.1
R1=1.334207
R2=1.554679
R3=1.527961
R4=1.542229
R5=1.531895
R6=1.505990
R7=1.486465
R8=1.476446
A1=112.472302
A2=122.322222
A3=130.484435
A4=130.938770
A5=92.828619
A6=91.314246
A7=93.710285
A8=78.858564
D2=90.381413
D3=-23.905073
D4=-156.696770
D5=-123.051581
D6=-143.677710
D7=-128.505155
D8=89.990600

Если же в декартовых координатах то вот он наш любимый модредундант (здесь сканирование по диэдральному углу).

$RunGauss
%chk=PopoScan.chk
#P PBE1PBE/cc-pVTZ Opt=Modredundant SCF=xqc

Who cares

0 1
6 0.006769000 -0.379103000 -0.278745000
6 -1.218749000 0.274506000 -0.106126000
6 -1.191739000 1.614277000 0.265254000
6 0.005768000 2.279959000 0.459134000
6 1.203575000 1.608129000 0.273813000
6 1.232484000 0.271075000 -0.099146000
1 -2.123522000 2.148857000 0.400156000
1 0.006334000 3.324337000 0.746069000
1 2.136618000 2.139256000 0.414625000
8 0.064869000 -1.694239000 -0.636198000
1 -0.824605000 -2.013536000 -0.802184000
6 -2.513584000 -0.487893000 -0.293568000
6 -2.805786000 -1.380966000 0.916500000
6 -3.713524000 0.399760000 -0.594699000
1 -2.397510000 -1.137189000 -1.175692000
1 -1.973180000 -2.048446000 1.148010000
1 -3.696336000 -1.991011000 0.746717000
1 -2.981087000 -0.762771000 1.799702000
1 -3.522218000 1.063346000 -1.439487000
1 -4.583411000 -0.215409000 -0.833004000
1 -3.979432000 1.014946000 0.267766000
6 2.517466000 -0.501697000 -0.292780000
6 3.715950000 0.377904000 -0.619726000
6 2.810883000 -1.375940000 0.928405000
1 2.354605000 -1.174262000 -1.140417000
1 3.518590000 1.031644000 -1.471646000
1 4.003131000 1.004518000 0.228536000
1 4.578626000 -0.245482000 -0.863973000
1 2.976921000 -0.754762000 1.812429000
1 3.708527000 -1.977674000 0.764843000
1 1.981918000 -2.052520000 1.137246000

1 2 12 13 S 35 10.0

Что там сканировалось и чем закончилось я уже за давностью лет непомню.

[Yeugen2018]

Доброе утро! Вот пробую провести сканирование. Я так понимаю на 7-м шаге есть максимум, который можно использовать как начальное приближение для поиска переходного состояния?

[Yeugen2018]

Попробовал написать инпут в декартовых координатах для скана между N12 И C19. Посмотрите, так должно быть?

%chk=C:\G09W\tests\cn.chk
%mem=500MB
#P B3LYP/Def2svp Opt=Modredundant SCF=xqc

Title Card Required

0 1
C 0.77083414 -2.12920271 -0.10334004
N 0.18223514 -1.22429671 -0.84593404
N 1.05184114 -0.17859071 -0.99688804
C 2.16562814 -0.44858171 -0.34920004
N 2.02895914 -1.69832571 0.24654896
S 0.17131514 -3.69174371 0.43228796
N 2.95599614 -2.39811471 1.00853896
C -1.36308686 -3.81894571 -0.57691304
C -2.57587286 -3.09729571 0.02488396
O -3.39709486 -3.68155071 0.71164896
N -2.63760486 -1.77657971 -0.28409504
N -3.60141286 -0.93641471 0.28147996
C 3.32598214 0.45677829 -0.30433404
C 4.46392314 0.23225529 0.49252596
C 5.51780214 1.14988629 0.48732396
C 5.45627214 2.29798129 -0.30540304
C 4.32784314 2.52717529 -1.10166204
C 3.27311314 1.61752829 -1.10442104
C -3.50357114 1.68457971 -1.17482196
H -2.86000414 0.95155071 -1.72387196
O -4.69854814 1.73335871 -1.36352696
C -2.75607914 2.56987071 -0.24568196
H -4.47954886 -1.01596871 -0.23739604
C -3.43805114 3.54714471 0.49908104
C -2.73402314 4.37825871 1.36786904
C -1.34466214 4.23935271 1.49616004
C -0.66170814 3.26867371 0.75613904
C -1.36570614 2.43244071 -0.11444896
H 3.15418514 -3.29844371 0.56778996
H 2.57894614 -2.56522671 1.94320396
H -1.58897986 -4.89267571 -0.58519504
H -1.12555486 -3.47333871 -1.59282204
H -1.80429986 -1.32255171 -0.67506604
H -3.81203486 -1.26603171 1.22683996
H 4.52156814 -0.66282971 1.10912996
H 6.39500914 0.96225629 1.11175796
H 6.28368914 3.01206929 -0.30573804
H 4.27091914 3.42116029 -1.72776704
H 2.39274514 1.78679129 -1.72575204
H -4.52044314 3.63109471 0.37650004
H -3.26231814 5.13853671 1.94923504
H -0.79359414 4.89351971 2.17742604
H 0.42131286 3.16146471 0.85652304
H -0.83115614 1.66673871 -0.68553596

1 2 2.0 5 1.5 6 1.0
2 3 1.0
3 4 2.0
4 5 1.0 13 1.0
5 7 1.0
6 8 1.0
7 29 1.0 30 1.0
8 9 1.0 31 1.0 32 1.0
9 10 2.0 11 1.5
10
11 12 1.0 33 1.0
12 23 1.0 34 1.0 19 0.5
13 14 1.5 18 1.5
14 15 1.5 35 1.0
15 16 1.5 36 1.0
16 17 1.5 37 1.0
17 18 1.5 38 1.0
18 39 1.0
19 20 1.0 21 2.0 22 1.0
20
21
22 24 1.5 28 1.5
23
24 25 1.5 40 1.0
25 26 1.5 41 1.0
26 27 1.5 42 1.0
27 28 1.5 43 1.0
28 44 1.0
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44

1 2 12 19 s 20 3

[Гесс]

Вот обьясните мне - что обозначает каждый элемент в последней строке?
Работать инпут наверняка будет. И даже делать скан. Только не тот что вы хотите.

[Yeugen2018]

Вот обьясните мне - что обозначает каждый элемент в последней строке?
Работать инпут наверняка будет. И даже делать скан. Только не тот что вы хотите.

1 2 это я понял, что скан пройдет по двум атомам, 12 и 19 номера атомов по которым идет скан, s 20 3 скан в 20 шагов с интервалом в 3 А. Я понял так...

[Гесс]

Смотрим еще раз

[ http://gaussian.com/opt/ ] => "Options"
Далее смотрим описание "ModRedundant", пригодится.

[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize

S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.

Type задается буковой, он не обязателен, вы его не задавали.
Далее идут номера атомов. Количество этих номеров определяет какая внутренняя координата будет сканироваться.
Да, в моем инпуте было 4 числа но я же русским по белому написал - сканирование по диэдральному углу (он же торсионный).
Если вы хотите сканировать по длине связи вам нужно 2 числа - номера атомов
20 раз по "3" это вы правы. вопрос в том что такое 3. В данном случае это 3 градуса.
Если ваша строка будет 12 19 s 20 3 то действительно будет "3 ангстрема". Но вы себе представляете сколько это "три ангстрема"? У вас длины связей полтора ангстрема. У вас первый же шаг сканирования перебьет не только район переходного состояния но и район вандерваальса, если он там себя как то и проявляет, а начиная шага этак с 3-4 у вас будет просто прямая - взаимодействие между частицами будет мизерным и они будут просто двумя изолированными молекулами. Подумайте еще раз - насколько надо удлинять интересующую вас связь.

И еще раз:
вот это
1 2 2.0 5 1.5 6 1.0
2 3 1.0
3 4 2.0
и т.д.
Это connectivity
оно абсолютно бесполезно (в любой полуэмпирике, ДФТ, ХФ и постХФ, что по сути закрывает собой минимум 95% от использования гауссиана).

[Yeugen2018]

А если так?

%chk=C:\G09W\tests\cn.chk
%mem=500MB
#P B3LYP/Def2svp Opt=Modredundant SCF=xqc

Title Card Required

0 1
C 0.77083414 -2.12920271 -0.10334004
N 0.18223514 -1.22429671 -0.84593404
N 1.05184114 -0.17859071 -0.99688804
C 2.16562814 -0.44858171 -0.34920004
N 2.02895914 -1.69832571 0.24654896
S 0.17131514 -3.69174371 0.43228796
N 2.95599614 -2.39811471 1.00853896
C -1.36308686 -3.81894571 -0.57691304
C -2.57587286 -3.09729571 0.02488396
O -3.39709486 -3.68155071 0.71164896
N -2.63760486 -1.77657971 -0.28409504
N -3.60141286 -0.93641471 0.28147996
C 3.32598214 0.45677829 -0.30433404
C 4.46392314 0.23225529 0.49252596
C 5.51780214 1.14988629 0.48732396
C 5.45627214 2.29798129 -0.30540304
C 4.32784314 2.52717529 -1.10166204
C 3.27311314 1.61752829 -1.10442104
C -3.50357114 1.68457971 -1.17482196
H -2.86000414 0.95155071 -1.72387196
O -4.69854814 1.73335871 -1.36352696
C -2.75607914 2.56987071 -0.24568196
H -4.47954886 -1.01596871 -0.23739604
C -3.43805114 3.54714471 0.49908104
C -2.73402314 4.37825871 1.36786904
C -1.34466214 4.23935271 1.49616004
C -0.66170814 3.26867371 0.75613904
C -1.36570614 2.43244071 -0.11444896
H 3.15418514 -3.29844371 0.56778996
H 2.57894614 -2.56522671 1.94320396
H -1.58897986 -4.89267571 -0.58519504
H -1.12555486 -3.47333871 -1.59282204
H -1.80429986 -1.32255171 -0.67506604
H -3.81203486 -1.26603171 1.22683996
H 4.52156814 -0.66282971 1.10912996
H 6.39500914 0.96225629 1.11175796
H 6.28368914 3.01206929 -0.30573804
H 4.27091914 3.42116029 -1.72776704
H 2.39274514 1.78679129 -1.72575204
H -4.52044314 3.63109471 0.37650004
H -3.26231814 5.13853671 1.94923504
H -0.79359414 4.89351971 2.17742604
H 0.42131286 3.16146471 0.85652304
H -0.83115614 1.66673871 -0.68553596
12 19 s 20 0.1

[Гесс]

О, почти хорошо.
Пустую строку перед строкой сканирования добавьте и будет что надо.

[Yeugen2018]

О, почти хорошо.
Пустую строку перед строкой сканирования добавьте и будет что надо.

Не доглядел. Спасибо!
А как понять что заданы правильные номера атомов, или достаточно посмотреть их через GaussView.

[Гесс]

Да, визуализатор наше все.
Примечание для людей которые будут читать этот тред используя ORCA вместо Gaussian:
У гауссиана нумерация атомов начинается с 1 и совпадает с нумерацией в визуализаторах.
В орке нумерация начинается с 0 и соответственно в инпутах надо указывать числа на 1 меньше чем показывает визуализатор.
Yeugen2018 - это не касается, тут гауссиан, ЭТОЙ проблемы нет.

[Yeugen2018]

Вы сканирование на сближение реагентов сделали?

А это сканирование также задается как сканирование по связи, только там отдаление.

[Yeugen2018]

Доброе утро!
И так, есть оптимизированные реагенты и продукты (reagent1, regent2, produkt1, produkt2(h2o)) и предположительные промежуточные молекулы (int1.out.txt - прикрепил ранее), а int2, int3(оптимизация не закончилась), int3-1, int4 в ВЛОЖЕНИИ.
реагенты
гидразид (reagent1) HF=-1189.455741 NImag=0
альдегид(reagent2) HF=-345,3248398 NImag=0
промежуточные молекулы
int1 - разваливается на гидразид и альдегид
int2 - HF= - 1534.795135 NImag=0
int3 - разваливается на воду и протонированый продукт (int4), до конца не дошло
int3-1 - тоже что и int3 только дошло до конца с какой то промежуточной стадии HF=-1535.2017378 NImag=0
int4 - HF=1458.8140932 NImag=0
продукты реакции
бензилиден производное (produkt1) HF=-1458.4165387
и вода, продукт реакции 2 ( produkt2(h2o)) HF=-76.3583153
Теперь, как понимаю, для построения ППЭ реакции надо найти переходное состояние.
А можно, ли для поиска переходного состояния использовать только промежуточные молекулы int2 и int4 ?