Природа

[Droog_Andrey]

Ну для железа как раз 18-электронный сэндвич получается, поэтому более симметричный ротамер оказывается чутка стабильнее. В хромоцене и в никелоцене заторможенная конфигурация.

[eFo]

Ну для железа как раз 18-электронный сэндвич получается, поэтому более симметричный ротамер оказывается чутка стабильнее. В хромоцене и в никелоцене заторможенная конфигурация.

Просто нас на кристаллохимии учили наоборот, даже точечную группу определяли)

[Droog_Andrey]

Может, там метилы какие-нить висели? Тогда стерические затруднения выводят заслонённую из глобального минимума.

[Amora]

Здравствуйте!

Может кто-нибудь привести пример инпут файла для ПРИРОДЫ 6 для расчета энергии комплекса (HF-HF, например) методом CCSD(T) с учетом BSSE?
Есть ли в ПРИРОДЕ возможность последовательного запуска задач (как в Гауссиане: --Link1--)?

[amge]

Есть ли в ПРИРОДЕ возможность последовательного запуска задач (как в Гауссиане: --Link1--)?

В Природе-2 можно было сказать task=optimize+hessian, в Природе-6 эта возможность исчезла, в Природе-9 вновь появилась. Но optimize+hessian - этого мало, поэтому я пользуюсь специальным скриптом для последовательного запуска задач.

[sanya1024]

Пример оптимизации геометрии H2CO в CCSD в Природе (BSSE в Природе считать нельзя -- не поддерживаются dummy atoms):

$control
task=optimize
theory=CCSD
basis=basis.in
$end
$optimize tol=1e-5 $end
$molecule
z-matrix
6
8 1 1.20055382
1 1 1.10516882 2 122.595004
1 1 1.10516882 2 122.595004 3 180.000000
$end

Понятно, что координаты можно задавать и декартовы.

[Amora]

благодарю!

[asp]

Уважаемые пользователи Природы 6, подскажите какой линукс поставить для нее и желательно такой, чтобы винда ужилась на этом же компе (Виста)? Хочу запускать на нескольких ядрах.

[EvgeniX]

OpenSuSe последний 64-битный

[asp]

Поставил OpenSuSe 12.1. Создал папку priroda в домашней директории пользователя и скопировал файлы Природы в неё (всё что дал Дмитрий и виндовые и линуксные варианты программы). Пробовал запускать mpiexec -np 4 p file.in file.out выдает
Error in system call mpiexec: No such file or diError in system call mpiexec: No such file Error in system call mpiexec: No such file or directory
mpiexec could not exec p
Error in system call mpiexec: No such file or directory
mpiexec could not exec p
Как правильно запустить?

[EvgeniX]

p6_64 -np 4 file.in file.out
это всё приводится в самом начале документации (input.txt) %)

[asp]

Не хочет
asp@linux-ldmm:~> cd /home/asp/bin/priroda/
asp@linux-ldmm:~/bin/priroda> p6_64 -np 4 h.in h.out
If 'p6_64' is not a typo you can use command-not-found to lookup the package that contains it, like this:
cnf p6_64
asp@linux-ldmm:~/bin/priroda>

Файл p это Priroda 10
запускаю так
asp@linux-ldmm:~/bin/priroda> /home/asp/bin/priroda/mpiexec -n 4 /home/asp/bin/priroda/p /home/asp/bin/priroda/h.in /home/asp/bin/priroda/h.out
выдает
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
и очень долго что-то считает загрузка всех ядер 100%
В выходном файле это
Priroda 10 (2011.04.14)
copyright © D.N. Laikov

date: Sat Jan 14 22:43:34 2012

parallel on 4 processors
node 0: 'linux-ldmm'
node 1: 'linux-ldmm'
node 2: 'linux-ldmm'
node 3: 'linux-ldmm'
и все
задача точно решалась на одном ядре под виндой в 6-той природе в течении 2 мин.
вот инпут файл
$system
memory=256
disk=2
path=/tmp
$end
$control
task=optimize
theory=DFT
basis=basis.in
print=+bonds+charges+molden
$end
$dft functional=PBE $end
$grid accuracy=1e-8 $end
$optimize
steps=300
$end
$molecule
cartesian
set=L1
7 -1.12733723 -1.04312817 1.24201890
6 -0.96726132 0.20444693 1.98033270
6 -0.66426953 -0.93315611 -0.13650462
1 -2.11668408 -1.30877490 1.24330117
1 -1.39353114 0.09718960 2.99074156
1 0.10865975 0.42435713 2.09716952
1 -1.43496052 1.09499491 1.49906291
1 -0.87134660 -1.87128091 -0.67604681
1 0.42975719 -0.78233257 -0.14376392
1 -1.11542004 -0.09343271 -0.71520128
$end

[EvgeniX]

Особенность линукс - требуется однозначно задавать путь:

cd /home/asp/bin/priroda
./p -np 4 h.in h.out

или

/home/asp/bin/priroda/p -np 4 /home/asp/bin/priroda/h.in /home/asp/bin/priroda/h.out

[asp]

Спасибо, получился второй вариант запуска, только ещё пришлось в инпут файле прописать полный путь к файлу с базисом. Вот немного тестов. Одна и та же задача оптимизации, инпут в предыдущем посте, проходит за 10 шагов.
Priroda 06 Windows Vista 32 bit одно ядро - 103,00 c,
Priroda 10 OpenSuSe 12.1 64 bit одно ядро - 81,49 с,
Priroda 10 OpenSuSe 12.1 64 bit два ядра - 42,50 с,
Priroda 10 OpenSuSe 12.1 64 bit три ядра - 29,80 с,
Priroda 10 OpenSuSe 12.1 64 bit четыре ядра - 29,26 с.

[Amora]

Здравствуйте!

Подскажите, пожалуйста, с помощью какой команды можно узнать, какие методы поддерживаются в Природе 6? Если такой команды нет, скажите, есть ли MRCI или CASPT2? какие keywords нужно для них использовать?

Заранее спасибо

[EvgeniX]

Нет таких (ни команд, ни методов). Пользуйтесь ORCA

[Elbereth]

Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, как с помощью природы посчитать спектр поглощения (УФ). Что для этого необходимо указать во входном файле?

[amge]

theory=tddft

[Любитель_Манниха]

При попытке запуска, Природа выдаёт следующее

username@linux-b6ll:~/quantum/priroda> ./p6_64.bin /home/quantum/pridoda/task.in /home/quantum/priroda/task.out
malloc: using debugging hooks
Cannot open input file '/home/quantum/pridoda/task.in'.
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!

============================================================

Memory used = 0 KB
Disk used = 0 KB, 0 KB written, 0 KB read

we need 64 bytes of memory...
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!
OOPS: semop lock failed
425984

process 0 received signal 6

Что бы это значило?

[alxyppv]

Ключевая фраза "Cannot open input file '/home/quantum/pridoda/task.in'."
Программа не видит Ваш вхоной файл. Уж по каким причинам - это Вам разбираться. Может его там нет? или называется не так? ну и т.п.