Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[АлександрI]

Вот щас попробовал функцию визуализации QM and EFP atoms - так получается переполнение экрана из-за большого масштаба и приходится его уменьшать вручную или переключать перспектива-изометрия. Желательно, чтобы весь кластер сразу умещался в окне.

[Гесс]

Перерыл ноут, но таки нашел визуализатор CD, ORD, UV и почему то HPLC.

Код: Выделить всё

http://www-organik.chemie.uni-wuerzburg.de/fileadmin/08020100/_temp_/SpecDis_win7.zip

(Осторожно, ссылка идет напрямую на скачивание архива!)
http://www-organik.chemie.uni-wuerzburg ... n/specdis/ - описалово проги, страница может долго грузиться.
Картинка убогонькая но подобного функционала в других прогах я не наклацал (он может и есть, качество освоения каждой проги у меня хромает на все ноги).

[Vit Nhoc]

2. Я работаю с моделями сольватации EFP и поэтому желательно, чтобы добавляемые фрагменты были стандартизированы. Например, в фрагментах воды в С. угол 103.74 , а откроешь Wiki, так 104.45...
А откуда бралась геометрия других фрагментов из С.? Насколько оптимизированы их геометрические параметры? От этого зависят величины мультипольных моментов и свойства получаемых нанокластеров.

Перечислите, для каких ещё фрагментов нужны стандартизованные геометрические параметры, и можно ли их всех взять из Википедии.

[uchebnik fiziki]

Лучше из силовых полей брать геометрию стандартных фрагментов, чем из википедии. У разработчиков силовых полей есть хоть какая-то ответственность. Рекомендую CHARMM.

[Shorku]

Очень круто (и сложно) - конформационный поиск. Еще круче - в плюс к конформационному поиску функциональность как у скрипта amge - отбраковка идентичных конформаций, интерфейс к какой-нибудь полуэмпирике для их оптимизации и снова отбраковка.

Из другого - кемкрафт не читает молдинамику из орки, а также не выводит то, как сходится SCF, пока тот не закончится.

Что было бы удобно лично мне - я люблю пихать много задач в один орочий инпут (скажем, стопиццот конформаций или точек в скане), кемкрафт потом вполне корректно это читает, но было бы круто иметь возможность вывести в одну таблицу все синглпоинтные энергии.

Еще мне как ЭПРщику было бы удобно одной кнопкой выводить собственные вектора расчитанных тензоров (g, СТВ, D и т.п.). Кстати, описание нового варианта ввода кастомных векторов какое-то невнятное.

[Гесс]

ITO.pdb

Кластер оксида индия. Был построен в кемофисе, сохранен в пдб формате.
Открывается кемкрафтом как кластер оксида иода и сохраняется как иод.

[Vit Nhoc]

Кластер оксида индия. Был построен в кемофисе, сохранен в пдб формате.
Открывается кемкрафтом как кластер оксида иода и сохраняется как иод.

Исправлю.

[Любитель_Манниха]

Может тему закрепить наверху?

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость.

А как заставить ADF печатать энергии каждого цикла ССП? У меня в выходном файле печатается так, отсюда вроде не извлечь энергию:

...
CYCLE 7
d-Pmat mean: 0.10E-05
imax= 45: 0.16E-04
orbitals (Q,E):
---------------
A1.g :1...4 ( 2.00 -9.7877) ( 2.00 -0.6892) ( 2.00 -0.3790) ( 0.00 -0.0076)
B1.g :1...1 ( 0.00 0.2943)
B2.g :1...1 ( 0.00 -0.0489)
B3.g :1...2 ( 2.00 -0.3129) ( 0.00 0.0530)
A1.u :1...1 ( 0.00 0.4216)
B1.u :1...3 ( 2.00 -9.7870) ( 2.00 -0.5215) ( 0.00 0.0116)
B2.u :1...2 ( 2.00 -0.4245) ( 0.00 0.0134)
B3.u :1...2 ( 2.00 -0.2568) ( 0.00 0.0670)

CYCLE 8
d-Pmat mean: 0.19E-06
imax= 131: -0.18E-05
orbitals (Q,E):
---------------
A1.g :1...4 ( 2.00 -9.7877) ( 2.00 -0.6892) ( 2.00 -0.3790) ( 0.00 -0.0076)
B1.g :1...1 ( 0.00 0.2943)
B2.g :1...1 ( 0.00 -0.0489)
B3.g :1...2 ( 2.00 -0.3129) ( 0.00 0.0530)
A1.u :1...1 ( 0.00 0.4216)
B1.u :1...3 ( 2.00 -9.7870) ( 2.00 -0.5215) ( 0.00 0.0116)
B2.u :1...2 ( 2.00 -0.4245) ( 0.00 0.0134)
B3.u :1...2 ( 2.00 -0.2568) ( 0.00 0.0670)

SCF CONVERGED
...

Или придётся суммировать энергию по всем орбиталям?

[Гесс]

Может тему закрепить наверху?

Закреплено, но раньше или позже нам светит задуматься сколько тем можно держать закрепленными.

[АлександрI]

Лучше из силовых полей брать геометрию стандартных фрагментов, чем из википедии. У разработчиков силовых полей есть хоть какая-то ответственность. Рекомендую CHARMM.

Погуглив CHARMM, я обнаружил добрый десяток форумов и предостережение о том, что необходимо иметь платную лицензию
Где там искать "геометрию стандартных фрагментов" ? Например, как пробный камень - для воды?

[uchebnik fiziki]

силовое поле CHARMM свободно доступно: http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

[surius]

Можно и мои 4,5 копейки.
Очень бы хотелось видеть возможность манипулировать через визуализатор отдельными молекулами. Например: пусть у меня есть порфирин какой-нибудь и у меня стоит задача сделать его сшивку (см. картинку). Хотелось бы просто выделить исходнй порфирин-копировать-вставить и уже отдельно манипулировать только вторым фрагментом (двигать, вращать...), в то время как первый мог бы оставаться неподвижным.

p.jpg

[Любитель_Манниха]

+1 !

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

Можно и мои 4,5 копейки.
Очень бы хотелось видеть возможность манипулировать через визуализатор отдельными молекулами. Например: пусть у меня есть порфирин какой-нибудь и у меня стоит задача сделать его сшивку (см. картинку). Хотелось бы просто выделить исходнй порфирин-копировать-вставить и уже отдельно манипулировать только вторым фрагментом (двигать, вращать...), в то время как первый мог бы оставаться неподвижным.

p.jpg

Фрагменты, которые связаны с остальной молекулой двумя связями - это неудобная вещь для Chemcraft, но всё равно обычно тоже можно работать. В вашем примере вы можете добавить на экран две молекулы порфирина, после этого выделить два атома H принадлежащие разным порфиринам и выбрать Edit/Unite two groups, после этого добавить ещё связь через Ctrl+B.

Я построил анимацию, добавил как вложение, только не разобрался как показать её на основном сообщении. Здесь формат gif вообще не поддерживается?

an5.gif

[Любитель_Манниха]

А то вон *.mol можно открыть, а записать низя.

Почему нельзя? File/Save as/Save structure/XMOL

Это не формат MDL MOLFILE v.2000
Кстати, неплохо было бы также сделать поддержку v.3000.

рисовалку можно сделать чуток поудобнее. Например, добавить возможность сохранять свои шаблонные радикалы/молекулы, вынести шаблоны в отдельную панель.

Выделяете атомы вашего фрагмента, выбираете Edit/Add selected fragment to database. Чтобы потом переместить этот фрагмент в другой каталог, выбираете Tools/Supporting/Edit fragments database

Спасибо
Однако согласитесь, что если сделать панельку, а не лезть в меню - будет удобнее

[Любитель_Манниха]

Может тему закрепить наверху?

Закреплено, но раньше или позже нам светит задуматься сколько тем можно держать закрепленными.

Вроде пока создатели софта толпами не принимают предложения

[surius]

Фрагменты, которые связаны с остальной молекулой двумя связями - это неудобная вещь для Chemcraft, но всё равно обычно тоже можно работать. В вашем примере вы можете добавить на экран две молекулы порфирина, после этого выделить два атома H принадлежащие разным порфиринам и выбрать Edit/Unite two groups, после этого добавить ещё связь через Ctrl+B.

Я построил анимацию, добавил как вложение, только не разобрался как показать её на основном сообщении. Здесь формат gif вообще не поддерживается?

наверное я привел не очень очевидный пример. Давайте так: и меня есть две молеку бензола, для которых я хочу построить и потом посчитать стаки, съехавшие стаки, Т-образные стаки. И такой вот радости с обстрактным колличеством молекул. Главная идея возможность оперировать единичным (несвязянным) фрагментом, при статичности остальных.
Такое вроде было реализованно в ADF GUI, но сейчас под рукой его нет, а то тоже я бы вам анимацию прикрепил. Сегодня вечером заапложу.

[Vit Nhoc]

Это не формат MDL MOLFILE v.2000

Сделаю

Кстати, неплохо было бы также сделать поддержку v.3000.

Что это за формат, вышлите пример?

наверное я привел не очень очевидный пример. Давайте так: и меня есть две молеку бензола, для которых я хочу построить и потом посчитать стаки, съехавшие стаки, Т-образные стаки. И такой вот радости с обстрактным колличеством молекул. Главная идея возможность оперировать единичным (несвязянным) фрагментом, при статичности остальных.

Я пока не понял, что вы имеете в виду под словом несвязаный фоагмент. Посмотрите анимацию которую я закачал себе на сайт:

[Любитель_Манниха]

Кстати, неплохо было бы также сделать поддержку v.3000.

Что это за формат, вышлите пример?

Во вложении пример, в pdf - chapter 10, описание от создателей.