ротамеры или просто инверсия??

[amge]

если мы даже инвертируем всю ячейку - молекулы просто поменяются местами

Не так. Можно совместить первую молекулу ячейки со второй молекулой инвертированной ячейки. Или вторую с первой. Но оставшиеся молекулы не совмещаются. Т.е. при инвертировании или при отражении ячейка сама в себя не переходит.

Screenshot_2016-10-24_17-38-40.png

[VIPer]

если мы даже инвертируем всю ячейку - молекулы просто поменяются местами

Не так. Можно совместить первую молекулу ячейки со второй молекулой инвертированной ячейки. Или вторую с первой. Но оставшиеся молекулы не совмещаются. Т.е. при инвертировании или при отражении ячейка сама в себя не переходит.

спасибо! я примерно так и думал - т.е. всё равно в кристалле существуют две формы (две кристаллографически независимые молекулы)??

похоже, вот интересный материал, нужно вчитаться:
http://journals.iucr.org/j/issues/2006/ ... dd5032.pdf

[madschumacher]

кристаллографически независимые молекулы с практически одинаковыми основными (но не всеми) геометрическими параметрами

Если смотреть на газовые конформеры, то у них все геометрические параметры одинаковы (т.е. длины связей и валентные углы). Различаться могут только торсионные углы (иметь другой знак).
В кристалле же 2 варианта:
1. симметрия кристалла делает ячейку инвариантной относительно инверсии. В этом случае, если при обработке данных была предположена неправильная симметрия, то эквивалентные конформеры окажутся неэквивалентными (но при хорошем качестве данных, получатся очень похожими).
2. симметрия не делает ячейку инвариантной и в ней присутствуют 2 типа молекул, происходящих из этих двух одинаковых (с точностью до инверсии) конформеров. В этом случае там действительно 2 формы и под влиянием сильных искажений соседними молекулами они станут неэквивалентными. Но при этом в газовой фазе им будут отвечать одни и те же конформеры. (пример, который мне приходит сразу в голову -- 1,3,5-тринитробензол. В газе у него один конформер с симметрией D3h, но в кристалле он превращается в 3 неэквивалентные молекулы симметрии C1).

[Гесс]

насколько я пока понимаю у топикстартера случай 2. Вообще надо смотреть cif, но из 2 молеукул в xyz ни у меня ни у amge инвертировать молекулу в молекулу не удалось.
А пример с тринитробензолом хорош!

[VIPer]

коллеги, помогут ли эти изображения? насколько я понял, есть зеркально-поворотные оси второго порядка, и плоскости glide, не очень понял, как это по-русски перевести.
cif готов скинуть через ЛС.

[madschumacher]

ну ячейка как раз выглядит очень симметричной, будто там всего один тип молекул

[Andrey_I]

Ответ кристаллохимика.
В любой элементарной ячейке (кроме пр.гр. P1) существует несколько эквивалентных позиций (молекулы связаны элементами кристаллографической симметрии). Возможно присутствие в кристалле нескольких кристаллографически независимых молекул одинакового или близкого строения, в этом случае в кристалле возможна некристаллографическая (локальная) симметрия, если интересно, то посмотрите обзор DOI: 10.1021/cr500564z.
В Вашей молекуле возможна осевая хиральность, но Ваши расчеты показывают, что энергия перехода между формами мала и можно говорить только о ротамерах. Из Ваших рисунков следует, что в рассматриваемом соединении присутствуют зеркальные плоскости. Из этого следует, что в кристалле для каждой из независимых молекул присутствуют оба ротамера. Кристаллохимик при представлении результатов РСА волен выбрать любой из кристаллографически эквивалентных ротамеров. Таким образом, редактор на своем рисунке совмещал молекулы из Вашего кристалла, просто одну он взял базисную (та молекула для которой приведены координаты в Cif), а вторую размножил кристаллографической операцией симметрии.

[VIPer]

большое спасибо за ответ и очень интересную статью!
из неё следует, насколько я понял, что всё же в нашем кристалле есть две молекулы, и именно симметрия-независимые (Z' = 2 для нашего кристалла):

The number of molecules (or formula units) in the whole unit cell is referred to as Z, and the number of symmetry-independent molecules in a crystal structure as Z′.

в cif тоже координаты для двух молекул, обозначаются по-разному - С1 и С1А соответственно.
очень странно, что редактор, видя cif, тем не менее не принял это всё во внимание..

[VIPer]

в то же время, в сопутствующей информации в cif есть:
Absolute structure Refined as an inversion twin
Absolute structure parameter 0.36(2)