imaginary frequencies in PRIRODA

вопросы строения молекул и квантовой химии
Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Metalian » Пт фев 20, 2015 4:19 pm

Дальше - больше. Несмотря на tol=1e-5 все равно если пересчитать гессиан, вылезает остаточный градиент. Запускаю оптимизацию по-новой, да еще и с tol=1e-6. Через сколько-то циклов заканчивается, градиент мизерный. Пересчитываю гессиан - градиент почти на порядок больше, чем был в точке, с которой пустили дооптимизацию.
Ну а мнимые колебушки в 800 см-1, вылезающие иногда при пересчете гессиана явно в окрестностях минимума - вообще жесть.
Колебушки порядка 100 см-1, которые тоже непонятно откуда, уже accur не убираются, надо дооптимизировать, но только при таких значениях tol оптимизация ходит вокруг да около, энергия меняется в пределах 0.01 ккал/моль, геометрии - тоже около каких-то тысячных долей Å и десятых долей °, даже не знаю, что и делать...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение amge » Сб фев 21, 2015 10:58 am

Metalian писал(а):Дальше - больше. Несмотря на tol=1e-5 все равно если пересчитать гессиан, вылезает остаточный градиент. Запускаю оптимизацию по-новой, да еще и с tol=1e-6. Через сколько-то циклов заканчивается, градиент мизерный. Пересчитываю гессиан - градиент почти на порядок больше, чем был в точке, с которой пустили дооптимизацию.
Это нормально. Это же новый расчет, значит, геометрия берется не двойной точности (именно для нее был мизерный градиент), а из out-файла, всего лишь 8 знаков после запятой. Да и вектора получаются из совсем другого начального приближения.
Metalian писал(а):Ну а мнимые колебушки в 800 см-1, вылезающие иногда при пересчете гессиана явно в окрестностях минимума - вообще жесть.
Вот это явно не нормально. Пустить на оптимизацию с приложенным гессианом не помогает?
Metalian писал(а):Колебушки порядка 100 см-1, которые тоже непонятно откуда, уже accur не убираются, надо дооптимизировать, но только при таких значениях tol оптимизация ходит вокруг да около, энергия меняется в пределах 0.01 ккал/моль, геометрии - тоже около каких-то тысячных долей Å и десятых долей °, даже не знаю, что и делать...
В Природе 9 вновь появилось task=optimize+hessian (т.е. считать гессиан в одном с оптимизацией расчете, а значит, с точной геометрией и векторами). Вдруг поможет? Кроме того, напоминаю, бессмысленно увеличивать одну только точность сведения геометрии. Одновременно нужно увеличивать точность вычисления энергии.

Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Metalian » Вт фев 24, 2015 2:44 pm

Я всегда использую task=optimize+hessian. Т.е. получается, что hessian и значение градиента в конце при таком расчете точнее, чем если геометрию из аутпута закинуть в task=hessian?
Что касаемо таких ненормальных колебушек, то получаются они в task=hessian.
Да, считаю я в Priroda13. В Priroda14 еще интереснее все, там вообще целая куча левых колебушек у меня вылезает в отдельных случаях, если $atoms diag=0 $end не прописать.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Гесс » Вт фев 24, 2015 3:36 pm

Metalian писал(а):Да, считаю я в Priroda13. В Priroda14 еще интереснее все, там вообще
Может о такой несогласованности версий стоит пытать Лайкова?
Чисто навскидку - если минимальные изменения (вплоть до версии программы и густоты сетки) так жестко меняют результат - не может ли быть проблема в мультиреференсности?

Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Metalian » Вт фев 24, 2015 4:18 pm

Гесс писал(а):
Metalian писал(а):Да, считаю я в Priroda13. В Priroda14 еще интереснее все, там вообще
Может о такой несогласованности версий стоит пытать Лайкова?
Чисто навскидку - если минимальные изменения (вплоть до версии программы и густоты сетки) так жестко меняют результат - не может ли быть проблема в мультиреференсности?
Ну дык я заметил, что 14-я версия дает вообще чудеса, написал Лайкову. Он мне посоветовал прописать $atoms diag=0 $end, чтобы вернуть то же поведение, что и в 13-й версии. Вроде помогло.
Но в каких-то случаях результаты 13-й и 14-й версии (с учетом ключа) одинаковые, в каких-то - нет, где-то помогало accuracy поднять до 1e-9, а то и 1e-10, а где-то, наоборот, уменьшить до 1e-7 (чего Лайков делать не советовал).
Мультиреференсность - что такое и с чем ее едят?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Гесс » Вт фев 24, 2015 4:38 pm

Metalian писал(а):Мультиреференсность - что такое и с чем ее едят?
Это когда сисема "немножко уж и немножко еж" - состояние описывается не одной доминантной конфигурацией (заполненных, пустых и полупустых) обриталей, а несколькими. Я бы послал в http://photon190573.livejournal.com/ и в частности в http://photon190573.livejournal.com/6196.html
Реализуется в первую очередь для металлокомплексов, возбужденных состояний, иногда в переходных состояниях приводящих к перераспределению электронной плотности. Например в мануале орки дан пример где мультиреф использовался при описании вращения вокруг двойной связи в стильбене.
Едят с бесплатным Фаерфлеаем, платным Молкасом, кое что едят с бесплатной Оркой.

Metalian
Сообщения: 115
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: imaginary frequencies in PRIRODA

Сообщение Metalian » Ср фев 25, 2015 8:08 pm

Спасибо, попробую посчитать в FireFly для начала сами кластеры.
Только вот какой базис брать? В Природе брал SBK, но вот тот SBKJC, что в FireFly явно более узкий.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей