Химический софт для linux, чем пользуетесь?

[annulen]

Идея интересная. А какая предполагается концепция сайта? Чем он будет отличаться от других, например, Linux4Chemistry, статья в wikipedia и т.п.?

Списков химического софта очень много, но в них впихивают все, что попадается на глаза. Но качество софта очень разное, часто включают давно заброшенные проекты. Лично мне прешлось перелопатить кучу софта из репозиториев и сторонних источников, прежде чем я смог найти все, что мне нужно. На сайте я планирую размещать не просто списки, а подробные обзоры прорамм, в основном останавливаясь на наиболее качественном софте, а также свою версию таблицы соответствий Windows-Linux с наиболее подходящими заменами. И конечно, некоторую информацию о линуксе, которая пригодится новичкам, с учетом научной специфики. Также планируются новости, связанные с химией и опенсорсом, форум помощи химикам-линуксоидам. И раздел "наши проекты", для приглашения поучаствовать в разработке "стратегически важного" софта для миграции химиков "не-расчетчиков" на линукс, например, в недавно созданном мною проекте OOchemistry

[ИСН]

Тут только остаётся спросить - а почему же его у Вас ещё нет?

[annulen]

времени не хватает, у приятеля, который обещал помочь, тоже. Пртотип есть, но показывать такое общественности еще нельзя когда будет что-то стоящее, обязательно разрекламирую

[Cherep]

У нас на портале потихоньку развивается своя вики. Может там эти статьи писать?
Просто регистрируетесь там и всё.

http://chemport.ru/chemipedia

[Cherep]

Глядишь и я пару фокусов про BKChem отпишу в соответсвующкм разделе

[lenka1987]

С Новым Годом, мальчики , решила попробавать природу, кто-нибудь может обьяснить про эти скрипты, У меня установлен ActivePerl, допустим получила я файл .out как его визуализировать или перевести в молден используя данные скрипты, пожалйста только поподробнее...i'm a blonde

P.S. Может быть не по теме т.к. я работаю под виндой, но просто не хочу создавать лишние топики, кстати данный вопрос актуален и для линух

[amge]

решила попробавать природу, кто-нибудь может обьяснить про эти скрипты, У меня установлен ActivePerl, допустим получила я файл .out как его визуализировать или перевести в молден используя данные скрипты, пожалйста только поподробнее...i'm a blonde

Надо скачать скрипты, если под виндой, то перевести их в ДОС-формат (не уверен, что это необходимо, на всякий случай) и добавить к ним расширение .pl. Запускать из консоли (в виндах это cmd.exe)
pri2mol file.out
molden file.xyz

Вот только сразу скажу, что это все может оказаться непривычным и неудобным. Молден, опять же, который, конечно, очень продвинутый в смысле фич, но с непривычки наверняка покажется непонятным, к тому же под виндой ему нужно сначала поставить Х-сервер.

Поэтому рекомендую для начала попробовать для визуализации Природовских расчетов программу Chemcraft, она сразу out-файлы понимает.

Но если у Вас с квантовой химией все серьёзно, то и скрипты рано или поздно пригодятся. Пишите, если что не понятно, чем могу, помогу.

[lenka1987]

СПАСИБО, amge
P.S. Посмотрите пожалуйста этот топик http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic ... ead#unread

[amge]

пожалйста только поподробнее...i'm a blonde

Ай, как нехорошо обманывать
P.S. Посмотрите пожалуйста этот топик http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?f=11&t=42750&view=unread#unread

[lenka1987]

Но если у Вас с квантовой химией все серьёзно, то и скрипты рано или поздно пригодятся. Пишите, если что не понятно, чем могу, помогу.

Добрый вечер, Вы были права настал момент когда скрипты и правда понадобилсь , и с первым же скриптом pri2mol возникла проблема, выполняла и Виндовсе и в Линуксе, выдает только xyz и mol файлы, а так необходимого freq нет Даже не знаю в чем причина...

P.S.Скрипты на самом деле очень ценные, автору только БЛАГОДАРНОСТЬ за то что написал и выложил вот так в свободном доступе

[amge]

Чтобы появился файл freq, нужно в in-файле в группе $control сказать task=hessian и добавить строку print=+molden (к уже имеющемуся print добавить +molden). Если гессиан уже был посчитан, не обязательно его перевычислять, можно в конец in-файла добавить группу $eng с гессианом (проще всего это сделать, добавив в конец файл MOL) и запустить получившийся in.

Заодно скажу, чтобы получить файл с орбиталями для molden, нужно сказать print=+vectors+molden.

[EvgeniX]

Если гессиан уже был посчитан, не обязательно его перевычислять, можно в конец in-файла добавить группу $eng с гессианом (проще всего это сделать, добавив в конец файл MOL) и запустить получившийся in.

Недавно проверял, почему-то данные расходятся (в смысле с потолка берутся, не соответствуют ни ожидаемым, ни старым данным), если так гессиан вставить и если заново вычислить (пробовал параметр $thermo sigma задавать в новом расчёте без перевычисления гессиана).

[Yurii]

В инете уже довольно давно гуляет последняя версия Шредингера (2009 SP1, а на оф сайте уже появился и SP2): под x86 - Windows и Linux, а под x64 - Linux.

[ripman]

решила попробавать природу, кто-нибудь может обьяснить про эти скрипты, У меня установлен ActivePerl, допустим получила я файл .out как его визуализировать или перевести в молден используя данные скрипты, пожалйста только поподробнее...i'm a blonde

Надо скачать скрипты, если под виндой, то перевести их в ДОС-формат (не уверен, что это необходимо, на всякий случай) и добавить к ним расширение .pl. Запускать из консоли (в виндах это cmd.exe)
pri2mol file.out
molden file.xyz

Вот только сразу скажу, что это все может оказаться непривычным и неудобным. Молден, опять же, который, конечно, очень продвинутый в смысле фич, но с непривычки наверняка покажется непонятным, к тому же под виндой ему нужно сначала поставить Х-сервер.

Поэтому рекомендую для начала попробовать для визуализации Природовских расчетов программу Chemcraft, она сразу out-файлы понимает.

Но если у Вас с квантовой химией все серьёзно, то и скрипты рано или поздно пригодятся. Пишите, если что не понятно, чем могу, помогу.

не пойму как при помощи cmd.exe (командной строки) загрузить pri2mol file.out, ведь pri2mol сохраняется с расширением .pl. А из командной строки так загрудаться могут только файлы с расширением .exe.
Поясните пожалуста пошагово. Для диплома эта штука нужна. Буду премного благодарен.
И подробнее поясните, что значит "Надо скачать скрипты, если под виндой, то перевести их в ДОС-формат".
Просто я скрипт сделал, всё как у вас загружаю и если пишу pri2mol file.out мне сообщается что pri2mol не является внутренней или внешней программой, вроде это и понятно ведь расширение .pl. Тогда как же у вас получилось?

Премного буду благодарен за любую помошь и любой совет.

P.S. Perl установил, MOLDEN установил. Всё работает. Остаётся только файл от природы перекнвертить в файл для MOLDEN-а.

[EvgeniX]

не пойму как при помощи cmd.exe (командной строки) загрузить pri2mol file.out, ведь pri2mol сохраняется с расширением .pl. А из командной строки так загрудаться могут только файлы с расширением .exe.
Просто я скрипт сделал, всё как у вас загружаю и если пишу pri2mol file.out мне сообщается что pri2mol не является внутренней или внешней программой, вроде это и понятно ведь расширение .pl. Тогда как же у вас получилось?
P.S. Perl установил, MOLDEN установил. Всё работает. Остаётся только файл от природы перекнвертить в файл для MOLDEN-а.

Можно pri2mol переименовать в файл с расширением pl -> pri2mol.pl.
Или запускать в виде perl pri2mol <параметры> (c:\path..to..pert\perl pri2mol <параметры>)

PS: Сама ПРИРОДа может сохранять часть вывода в формате MOLDEN, только надо добавить ключ print=+molden.

[ripman]

Огромное спасибо!
Вроде всё получилось скрип создал 6 файлов.
Но теперь ещё одна загвоздка. Помогие пожалуйста.
В общем пытаюсь в MOLDEN-е открыть файл fail.out.mos (который мне создал скрипт) но вот беда, в строке статуса (Status line) при чтении этого файл пишется:
"No GEOMETRIES card fount.
No FORCES card fount." и т.д.
В окне где пишется то что происходит максимум что отображается пару координа и надпись Real extanding вроде так.....
При всём этом никакой графической части не отображается, просто чёрное окно.

Прошу, помогите.

[amge]

Есть подозрение, что молдену нужны файлы в юниксовыми концами строк и под виндой тоже.
Попробуйте перевести файлы в unix-формат программой dos2unix либо каким нибудь програмистским редактором.

[EvgeniX]

Есть подозрение, что молдену нужны файлы в юниксовыми концами строк и под виндой тоже.
Попробуйте перевести файлы в unix-формат программой dos2unix либо каким нибудь програмистским редактором.

Far Manager -> F4 -> Shift-F2

[RAS]

Коллеги, тему просмотрел, а одного не нашел (Или прозевал). Природа - бесплатный софт или за деньги, и ежели бесплатный, то где лежит? Отзывы хорошие - хочется попробовать "на зуб"

[amge]

Коллеги, тему просмотрел, а одного не нашел (Или прозевал). Природа - бесплатный софт или за деньги, и ежели бесплатный, то где лежит? Отзывы хорошие - хочется попробовать "на зуб"

Бесплатный. Где лежит, должен сказать автор, Дмитрий Лайков, которому по этому поводу нужно написать письмо. Почитайте эту тему: http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic ... 11&t=28803