Ferom писал(а):Может изврат, но почему бы не попробовать?
Если есть оптимизированная геометрия, то в GAMESS можно запустить расчет PCM, там, в выдаче результатов, для сольватируемой молекулы будет рассчитан CAVITY VOLUME в ангстремах кубических.
Если бы мне такое было нужно, я бы подумал про Бэйдера. Объем всей молекулы можно считать как объем, внутри которого электронная плотность больше каког-то порогового значения (обычно принимают 0.001) - и тут, собственно, никакой Бэйдер не нужен. Если же нужна часть молекулы - вопрос в том, как провести границы между атомами. Однозначного способа нет, один их наиболее наглядных и физически понятных - метод Бэйдера (хотя есть и другие). Но это если у Вас время есть, Бэйдеровский анализ делать... для больших молекул это может занять достаточно много времени.OrganikNV писал(а): Подскажите, пожалуйста, как посчитать эффективный объём группы атомов в молекуле (Me, Ph и т.д.).
OrganikNV писал(а):я разобралась, как можно посчитать объем молекулы. Подскажите, пожалуйста, как посчитать эффективный объём группы атомов в молекуле (Me, Ph и т.д.).
По моему, очень здравый подход.ИСН писал(а):Слепить молекулу из двух таких групп, посчитать, потом цифру разделить пополам.
. Ну и подождать после этого какое-то время... Иногда стандартная процедура (Basin Integration Method: Proaim) не срабатывает, если стодная топология. Тогда нуэно будет заново проинтегрировать те атомы, а которых процедура не сработала, сменив, скажем, на Promega. Но это уже все потом, для начала сделайте все с исходными параметрами.Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей
