Как задавать исходники в Firefly

[avelon]

кстати есть еще программа GABEDIT она и к firefly и к GAMESS US позволяет создавать исходники. конечно не все возможности но основные возможности как раз реализованы

[amge]

расчет ямр не смог найти в закромах. хотя точно считал для фтороорганики. давайте сделаем тест и посмотрим на сколько быстро. то что у вас посчитано например в природе.

Сделал такой тест. Гамесс был не последней версии, но довольно свежий (2009 г.) Посчитал им ЯМР циклогексана без наложения симметрии в базисе cc-pVTZ (чтобы потом сравнить с Природой). Расчет длился 67 часов на intel Core-i5, был задействован только 1 процессор и без dirscf (ЯМР в гамессе по другому не умеет). В результате получились какие-то левые трех- четырехзначные неодинаковые даже для одинаковых атомов константы экранирования. Но в более слабом базисе 6-31G* расчет за 67 минут дал более разумные и одинаковые экранирования. (Другое дело, что, базис такого уровня совершенно недостаточен для адекватного расчета хим.сдвигов.)
В Природе расчет того же объекта (в целях сравнения - на одном ядре) в базисе L2 (это аналог cc-pVTZ) занял 67 секунд (это число меня преследует )

[VTur]

В Природе расчет того же объекта (в целях сравнения - на одном ядре) в базисе L2 (это аналог cc-pVTZ) занял 67 секунд (это число меня преследует )

Это говорит от том, что интегралы не считаются, а оцениваются.

[Cherep]

и это где-то как-то знают даже органики-синтетики

[VTur]

Очень хорошо. Поэтому относитесь к полученным цифрам, как к предварительной оценке.

[iskariot]

Сделал такой тест. Гамесс был не последней версии, но довольно свежий (2009 г.) Посчитал им ЯМР циклогексана без наложения симметрии в базисе cc-pVTZ (чтобы потом сравнить с Природой).

В G03 GIAO реализуется вполне внятно, очень быстро на одном ядре (HF B3LYP/6-311G(d,p)). И сходимость высокая даже для более сложных объектов... GAMESS, каюсь, грешен, еще как-то для NMR не юзал

[Cherep]

Очень хорошо. Поэтому относитесь к полученным цифрам, как к предварительной оценке.

оффтопик, но я к любым рассчётам отношусь подозрительно

[amge]

GAMESS, каюсь, грешен, еще как-то для NMR не юзал

Я и опубликовал этот тест, чтобы показать, что GAMESS, несмотря на все его неоспоримые достоиннства, для расчета ЯМР по-прежнему практически непригоден.

[avelon]

гамесс для оптимизации в PCM и эмпирические поправки, nwchem для оптимизации в газовой фазе и аналитического расчет гессиана для DFT, а orca для TDDFT. одной программой для нормальных расчетов не обойтись

[amge]

Это говорит от том, что интегралы не считаются, а оцениваются.

Может так, а может и не так - мне, как пользователю, без разницы. Важно, что хим.сдвиги получаются вполне адекватные, а что быстро - приятный бонус. На основании своего опыта могу сказать, что Природа считает хим.сдвиги в общем не хуже, чем другие программы тем же методом (DFT) (dalton, гауссиан). Кроме того, недавно в J. Comp. Chem. стараниями уважаемого EvgeniX появилась статья, специально посвященная систематической проверке качества расчета хим.сдвигов 1Н и 13С Природой. Имеются аналогичные статьи, выполненные с использованием гауссиана. Можно сравнить и убедиться: в случае DFT там и там примерно то же самое.

[iskariot]

Тут коллеги делились своими впечатлениями... и очень хвалили орку для расчетов NMR. Она нормально распараллеливается, что главное. И сходимость с экспериментом замечательная!

[amge]

Тут коллеги делились своими впечатлениями... и очень хвалили орку для расчетов NMR. Она нормально распараллеливается, что главное. И сходимость с экспериментом замечательная!

И еще она считает сдвиги по IGLO, а в условиях, когда все более-менее доступные программы считают по GIAO, это могло бы быть существенным преимуществом (например, для расчета NICS).

[alxyppv]

И еще она считает сдвиги по IGLO, а в условиях, когда все более-менее доступные программы считают по GIAO, это могло бы быть существенным преимуществом (например, для расчета NICS).

Любопытно, а в чем Вы видите преимущество IGLO над GIAO, в частноси для NICS? Кстати, в Орка НИКС не реализован, и разложение хим сдигов по локализованным орбиталям тоже сделать нельзя (пока, во всяком случае), так что тот же черный ящик получается, что и GIAO в Природе.

[amge]

Любопытно, а в чем Вы видите преимущество IGLO над GIAO, в частноси для NICS?

Некоторые полезные параметры a la NICS доступны только в IGLO (не помню, что именно, кажется, вклад в экранирование только пи-орбиталей; если нужно, могу дать ссылки).

Кстати, в Орка НИКС не реализован, и разложение хим сдигов по локализованным орбиталям тоже сделать нельзя (пока, во всяком случае), так что тот же черный ящик получается, что и GIAO в Природе.

Строго говоря, NICS, как отдельная опция, наверное, ни в какой программе не реализован. Чтобы уметь считать NICS, программа всего лишь должна иметь возможность считать экранирование не только на ядрах, но и в произвольной точке. Опять же не помню, умеет ли это Орка, но лаконичность ее аутпута при расчете ЯМР, в частности, как Вы правильно заметили, отсутствие разложения по локализованным орбиталям, несколько разочаровывает и сводит на нет ее преимущество. (Поэтому о нем - в сослагательном наклонении, надеюсь, в будущем поправят).

[CLA]

Здравствуйте, я скачала Gabedit237, но, почему-то не удается интерпретировать результаты из Firefly (нужно графически построить расперделение эл.плотности).
Научите, пожалуйста, пользоваться этой программой

[sanya1024]

Чтобы уметь считать NICS, программа всего лишь должна иметь возможность считать экранирование не только на ядрах, но и в произвольной точке. Опять же не помню, умеет ли это Орка, но лаконичность ее аутпута при расчете ЯМР, в частности, как Вы правильно заметили, отсутствие разложения по локализованным орбиталям, несколько разочаровывает и сводит на нет ее преимущество. (Поэтому о нем - в сослагательном наклонении, надеюсь, в будущем поправят).

Кажется, в Природе тоже можно считать экранирование в произвольных точках. Я так никогда не делала и не знаю, что это даст. Но кто знает, чего ожидать, может попробовать

[sanya1024]

Здравствуйте, я скачала Gabedit237, но, почему-то не удается интерпретировать результаты из Firefly (нужно графически построить расперделение эл.плотности).
Научите, пожалуйста, пользоваться этой программой

Gabedit может не сработать на FF. Лучше возьмите самый свежий ChemCraft.

[alxyppv]

Кажется, в Природе тоже можно считать экранирование в произвольных точках. Я так никогда не делала и не знаю, что это даст. Но кто знает, чего ожидать, может попробовать

Да, в Природе такая возможность есть, я много раз делал без всяких проблем.

[amge]

Я тоже часто использую. Для единственной цели: NICS

[sanya1024]

Спасибо, просветили