Расчет спектра катиона

[avelon]

стоит cfour у меня. да возможности у него для свободной программы очень широкие, а некоторые только в нем реализованы. но вот параллельная реализация у него жутко хромает. так что ставить ее надо на каждом ноде отдельно. плюс сразу запасайтесь оперативной памятью. диск у меня 20 гигов примерно есть, но все зависит от задачи

[sanya1024]

Жаль, бенчмарков нет... хотелось бы видеть, чего реально от него можно ждать. Месяц на расчет -- на фиг, на фиг!

Мы тут потихоньку в ОФФ сползаем...

[avelon]

да бывает и месяцами считает) но и задачи конечно приличные

[sanya1024]

Мне никто не даст месяцами компы занимать я в лабе не одна. И потом, задачки никогда не ходят по одной уж считать, так серию.

[Dell100]

Здравствуйте!!! Объясните, пожалуйста, что означает long-range corrected или range-separated функционалы LC-BLYP, CAM-B3LYP. Встроены ли эти функционалы в FF или GAMESS? Если да, то как их использовать?Нашла автореферат диссертации девушки, которая как раз использовала данные функционалы для моделирования свойств цианиновых красителей. В работе было показано, что сочетания локального и нелокального обменного функционала в расчетах спектров методом TDDFT в цианиновых красителях приводит к существенному завышению энергии локального перехода, тогда как ошибка в описании энергии перехода с переносом заряда уменьшается. Правильно ли я понимаю, что под переходом с переносом заряда можно понимать переход с МО локализованных на одной части молекуля на МО, локализованную на другой части молекулы? В моих молекулах такие состояния есть, при этом при электронном возбуждении происходит существенное перераспределение электронной плотности на атомах углерода полиметиновой цепи двух хромофоров, а реального переноса электронной плотности между двумя хромофорами как такого нет. Помогите разобраться.

[sanya1024]

LC-BLYP и CAM-B3LYP встроены в GAMESS-US. Идея в том, что вес ХФ обмена в таких функционалах не постоянный, а плавно включается от 0 на коротких расстояниях до 1 на больших. И разница между различными подходами часто состоит только в том, какую весовую функцию для этого используют.
А "девушка с авторефератом" -- это часом не Ксения Владимирова? это моя коллега, я передам ей, что ее работа пользуется популярностью
Действительно, не только Ксения, но и другие авторы (в т.ч. авторы функционала w-PBE) отмечают, что улучшение описания CT и ридберговских переходов достигается ценой ухудшения описания валентных переходов. Но наверное, можно подобрать некое компромиссное значение параметра MU в LC-BLYP, чтоб и валентный переход не сильно испортить, и от фиктивных CT избавиться. Но сама Ксения, хоть и посвятила лечению функционалов свой диссер, в проблемных случаях пользуется CC2 в Турбомоле.
CT переходом можно считать любой переход с орбитали, локализованной на одной части молекулы, на орбиталь, локализованную на другой. Я там выше писала про ламбда-диагностику Тозера. В GAMESS-US последней версии она есть. Дипольный момент молекулы в таком возбужденном состоянии будет очень большим и направленным, понятное дело, в направлении переноса.
Цианинами мы с Ксенией занимались вместе, поэтому я тоже в теме. Насколько я помню, перераспределение зарядов при возбуждении там не приводит к возникновению большого дипольного момента вдоль цепи, наоборот, там все весьма локально. Тем более артефактным является перенос заряда между отдельными хромофорами.
Вы еще не попробовали включить растворитель для Вашего димера? Часто это очень здорово помогает.

[Dell100]

Да это автореферат Ксении Геннадьевны Владимировой! Растворитель в своих расчетах я еще не учитывала. Тут возникает вопрос какой растворитель выбрать? экспериментальные данные, которые я нашла в этаноле и метаноле. При этом расчет полуэмпирическим методом показывает , что при электронном возбуждениии в S1 состояние приводит к уменьшению дипольного момента в этом состоянии по сравнению с основным состоянием, то есть исследуемые соединения обладают отрицательной сольватохромией, то есть в более полярном растворителе будет происходить гипсохромный сдвиг длинноволновой полосы поглощения.

[sanya1024]

Попробуйте всякие: от совсем неполярного циклогексана до воды. По расчетам, между спектрами в спирте и воде разница в 1 нм; заметную разницу можно увидеть при переходе от вакуума к хоть какому-нибудь диэлектрику, а потом величина сдвига выходит на плато где-то после epsilon=5.
Еще попробуйте разные модели PCM -- результаты могут быть оооочень разными в количественном смысле. У меня самые приличные результаты получались со старой моделью D-PCM в FireFly, но там алгоритм численно нестабильный, могут быть (и бывают) проблемы.
Посмотрите, тут где-то рядом тема про учет растворителя в PCM.
У более-менее симметричных цианинов дипольный момент направлен поперек полиметиновой цепочки, но цепочка сама по себе узенькая, так что большого изменения дипольного момента быть не должно. Зато цианины могут и любят образовывать агрегаты в растворах, причем большой концентрации даже не требуется. И в зависимости от того, как они там упакуются, сдвиг может быть как батохромным (J-агрегат), так и гипсохромным (H-агрегат). Плюс агрегат включает в себя растворитель и противоионы. Страшно? ага!

[Dell100]

Да, Вы меня напугали немного)Считаю на кластере, в моей дирректории установлен только FF, в мануале нашла, что FF не считает на параллельных компьютерах в модели PCM. В ближайшее время установлю GAMESS, побробую на нем посчитать спектры с учетом растворителя. Сейчас начала считать методом CIS свои молекулы, и опять наступила на те же грабли. Мономер катиона рассчитала, а вот с димерами выдает фатальную ошибку. Конечно, программа пишет, что она обо мне думает), но разобрать я не смогла(((Ниже привожу выходной файл! Может кто-нибудь поможет! Заранее спасибо

[Ferom]

FSF: fatal error no. 0x00020027 in sub PACKWRIT on unit 8

Программа хотела записать еще одну порцию интегралов в файл *.F08 (в FF может называться AOINTS), но вот беда – место на диске закончилось. Размер файла получился примерно 3 Гб (38629*4998*16), а потребуется возможно около 200 Гб.

[sanya1024]

PCM в FF на кластере действительно ведет себя отвратительно, лучше на квадре считать.

В Вашем файле есть существенный огрех: забыли строчку $SCF DIRSCF=.TRUE. $END -- от этого и интегралы в диких количествах. Включать DIRSCF -- прямой ССП расчет -- необходимо как на ХФ, так и на DFT расчетах, чтобы интегралы не писать на диск. По-любому для больших молекул пересчитывать интегралы на лету быстрее, чем считывать их с диска. Вообще включайте эту опцию всегда, не повредит.

А вообще я сейчас уезжаю, вернусь 15-го апреля. Не скучайте

[Dell100]

Спасибо большое за ответы! Уже неудобно спрашивать! Включение строчки $SCF DIRSCF=.TRUE. $END действительно помогло:), но почему - то не во всех случаях! Расчет катионов с числом атомов 120 и 110, зарядом +2 не прошел, хотя аналогичный расчет для катионов с числом атомов 116 и 108 и таким же зарядом +2 прошел нормально. Кто разбирается в этом, помогите и мне разобраться, может быть опять не указана какая-нибудь важная группа. Ниже привожу вырезки из выходных файлов

1. Катион +2, 110 атомов
INPUT CARD> $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY CITYP=CIS UNITS=ANGS
INPUT CARD> MULT=1 ICHARG=2 COORD=UNIQUE $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=n31 ngauss=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END
INPUT CARD> $SYSTEM MEMORY=20000000 $END
INPUT CARD> $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
INPUT CARD> $CIS hamtyp=saps NSTATE=4 ISTATE=1 $END
INPUT CARD> $CUBE CUBE=.T. MESH=fine $END
INPUT CARD> $ELDENS IEDEN=1 spind=.f. diffd=.t. skiphf=.t. $END
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD> C50N4H56
INPUT CARD>C1

DIRECT SCF CALCULATION, SCHWRZ=T FDIFF=T
SCHWARZ INEQUALITY OVERHEAD: 199197 INTEGRALS, T= 0.96

NONZERO BLOCKS
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE ORB. GRAD INTEGRALS SKIPPED
1 0 0 -2137.521528007 -2137.521528007 0.352480599 0.000000000 -1 557202510
---------------START SECOND ORDER SCF---------------
2 1 0 -2142.571840567 -5.050312560 0.241021600 0.047772397 -1 562589108
3 2 0 -2142.844138177 -0.272297610 0.075288853 0.038543323 -1 588204614
4 3 0 -2143.132714716 -0.288576539 0.018426758 0.004155140 -1 614997573
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 6.413903
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.656833
5 4 0 -1755.046823999 388.085890717 0.466049721 3.354654383 2102443956 645776714
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 93.210905
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.656840
6 5 0 -1390.630898145 364.415925854 0.751113142 44.428303422 -1 563365064
SOSCF ENCOUNTERS A SERIOUS PROBLEM IN -SONEWT-
THE ROTATION ANGLE VECTOR HAS A HUGE NORM, SQCDF= 4.493E+03
REEXAMINE STARTING VECTORS, APPROPRIATENESS OF YOUR SCFTYP, ETC...

TIMING STATISTICS ON NODE 0:
CPU TIME: STEP = 350.42 , TOTAL = 365.7 SECONDS ( 6.1 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 428.14 , TOTAL = 443.3 SECONDS ( 7.4 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 81.85%, TOTAL = 82.51%

14357192 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED ABNORMALLY AT 12:20:50 LT 2-APR-2011

2. Катион +2, 120 атомов.
INPUT CARD> $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY CITYP=CIS UNITS=ANGS
INPUT CARD> MULT=1 ICHARG=2 COORD=UNIQUE $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=n31 ngauss=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END
INPUT CARD> $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
INPUT CARD> $SYSTEM MEMORY=20000000 $END
INPUT CARD> $CIS hamtyp=saps NSTATE=4 ISTATE=1 $END
INPUT CARD> $CUBE CUBE=.T. MESH=fine $END
INPUT CARD> $ELDENS IEDEN=1 spind=.f. diffd=.t. skiphf=.t. $END
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD> C54N4H62
INPUT CARD>C1

DIRECT SCF CALCULATION, SCHWRZ=T FDIFF=T
SCHWARZ INEQUALITY OVERHEAD: 220061 INTEGRALS, T= 0.09

NONZERO BLOCKS
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE ORB. GRAD INTEGRALS SKIPPED
1 0 0 -2292.196195551 -2292.196195551 53.655030852 0.000000000 1019561458 -1
FSF: fatal error no. 0x00020002 in sub READREC on unit 10

TIMING STATISTICS ON NODE 0:
CPU TIME: STEP = 146.39 , TOTAL = 163.8 SECONDS ( 2.7 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 209.36 , TOTAL = 337.4 SECONDS ( 5.6 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 69.92%, TOTAL = 48.56%

16819410 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED ABNORMALLY AT 12:22:12 LT 2-APR-2011

[Ferom]

Можно попробовать поиграть с настройками сходимости:
EXTRAP, DAMP, SHIFT, RSTRCT, DIIS, SOSCF = controls second order SCF orbital optimization. (default=.TRUE. for RHF, Abelian group ROHF, GVB) (default=.FALSE. for UHF, non-Abelian group ROHF)

В случае Вашей первой ошибки:
SOSCF ENCOUNTERS A SERIOUS PROBLEM IN -SONEWT-
THE ROTATION ANGLE VECTOR HAS A HUGE NORM, SQCDF= 4.493E+03
REEXAMINE STARTING VECTORS, APPROPRIATENESS OF YOUR SCFTYP, ETC...

Может помочь отключение SECOND ORDER SCF, т.е. SOSCF=.F. - самый простой вариант, когда неохота думать.
Но по хорошему программа рекомендует Вам проверить начальные векторы(орбитали), возможно начальный вектор следовало бы считывать из предыдущего не CIS расчета.

Вторая ошибка:
FSF: fatal error no. 0x00020002 in sub READREC on unit 10

Не совсем понятно, но почему-то возникают проблемы с чтением записей из файла.

[sanya1024]

Для DFT расчетов действительно лучше SOSCF отключать всегда. Часто эта опция в DFT вызывает проблемы со сходимостью или, как в Вашем случае, ошибки. Вы почти ничего не проиграете, если ее отключите.

[Гесс]

Sol, ваше сообщение отделено в отдельную тему, поскольку по постановке вопроса я не вижу связи с данной.
http://chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=71&t=116102