Базисный набор U500

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Вт янв 10, 2012 8:56 pm

starless писал(а):Поподробнее, пожалуйста.
Офтоп.
starless писал(а):Он не поможет практикам, пока его валидация не будет опубликована.
Может, и опубликую, но позже.
2^74207281-1 is prime!

starless

Re: Базисный набор U500

Сообщение starless » Вт янв 10, 2012 9:13 pm

Droog_Andrey писал(а):
starless писал(а):Поподробнее, пожалуйста.
Офтоп.
Ergo, ваше утверждение голословно. Если вы оцениваете вычислительную мощность -- делайте это правильно. А то так можно вместо оптимизации кода и методов заниматься наращиванием мощностей. Это гнилой путь.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Вт янв 10, 2012 9:17 pm

ОК, пусть голословно. Это не по теме ветки.
2^74207281-1 is prime!

starless

Re: Базисный набор U500

Сообщение starless » Вт янв 10, 2012 9:18 pm

На самом деле это по теме: если решение неоптимально с точки зрения эффективности вычислений, нет смысла его использовать вообще. Точнее, сначала надо оптимизировать.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Вт янв 10, 2012 9:30 pm

starless писал(а):На самом деле это по теме: если решение неоптимально с точки зрения эффективности вычислений, нет смысла его использовать вообще. Точнее, сначала надо оптимизировать.
Вы ошибаетесь, т.к. не учитываете ресурсы, затрачиваемые на оптимизацию. Если бы всё было так, как Вы написали, то практически все расчёты не имели бы смысла, т.к., например, используемые в них базисы неоптимальны.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Вт янв 10, 2012 9:37 pm

Эх, Droog_Andrey! Я просила не обижаться, а Вы обиделись...
Я Вас не студентом считаю, а взрослым солидным человеком :) и жду результатов Ваших тестов.
Мой первый же тест Вашего базиса провалился по причине линейной зависимости -- о чем я и предупредила в одном из первых постов (я же теоретик). Как Гауссиан справляется с линейно-зависимыми базисами, я не знаю, не пробовала.
Пример CUO, где на легких элементах cc-pVTZ, а на U U500, не очень хорош: базис несбалансированный. Кстати, а есть с чем сравнивать? есть ли эксп. данные по таким частицам? или данные других расчетов? Потому что в противном случае Ваш результат будет "сферическим конем в вакууме".
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

starless

Re: Базисный набор U500

Сообщение starless » Вт янв 10, 2012 9:37 pm

Учитываю. Я не имею в виду полную оптимизацию, конечно. Рутинно используемые базисы уже были оптимизированы в достаточной степени, чтобы не было нужно заниматься бессмысленной делинеаризацией.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Вт янв 10, 2012 10:00 pm

starless писал(а):Рутинно используемые базисы
Базис U500 таковым, очевидно, не является.
sanya1024 писал(а):Эх, Droog_Andrey! Я просила не обижаться, а Вы обиделись...
С чего Вы взяли? Мне вообще незнакома эта бессмысленная деятельность - обижаться.
sanya1024 писал(а):жду результатов Ваших тестов.
Думаете, я их не жду? :-)
sanya1024 писал(а):Мой первый же тест Вашего базиса провалился по причине линейной зависимости -- о чем я и предупредила в одном из первых постов (я же теоретик). Как Гауссиан справляется с линейно-зависимыми базисами, я не знаю, не пробовала.
Раз Гауссиан справляется, значит, проблема не в линейной зависимости, а в программе. Процедура SCF сошлась для того же CUO за 18 итераций.
sanya1024 писал(а):Пример CUO, где на легких элементах cc-pVTZ, а на U U500, не очень хорош: базис несбалансированный.
Базису U500 до лампочки сбалансированность - это, кстати, ещё одно преимущество.
sanya1024 писал(а):Кстати, а есть с чем сравнивать? есть ли эксп. данные по таким частицам? или данные других расчетов?
Разумеется, есть. И то, и другое. Этот и некоторые другие Ваши вопросы ставят под сильное сомнение Ваши слова
sanya1024 писал(а):Я Вас не студентом считаю
:-)
2^74207281-1 is prime!

starless

Re: Базисный набор U500

Сообщение starless » Вт янв 10, 2012 10:16 pm

Droog_Andrey писал(а):Базис U500 таковым, очевидно, не является.
То есть больше одного расчёта вы с его помощью производить не собираетесь, правильно я понимаю? Какой процент расчётного времени при его применении тратится полезно?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Вт янв 10, 2012 10:24 pm

starless, хватит троллить.
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Вт янв 10, 2012 10:31 pm

Droog_Andrey писал(а):
sanya1024 писал(а):Кстати, а есть с чем сравнивать? есть ли эксп. данные по таким частицам? или данные других расчетов?
Разумеется, есть. И то, и другое. Этот и некоторые другие Ваши вопросы ставят под сильное сомнение Ваши слова
Минуточку -- не поняла? я не делала лит. поиска по CUO по той простой причине, что только что первый раз услышала про эту частицу. Я занимаюсь совсем другими задачами, в т.ч. комплексами тяжелых металлов. Поэтому область эта мне не совсем чуждая. Но конкретики про такие экзотические частицы (кстати, где они встречаются?) я действительно не знаю. Кстати, кратенький рассказ о них не повредит: что это, где встречаются, чем интересны, что мы можем о них узнать из расчетов. Если в форум писать лень, просто дайте ссылки на статьи.

Могу сказать, что в моей работе мне достаточно Лайковских полноэлектронных базисов и существующих базисов с псевдопотенциалами. Методы, к-рыми я работаю (DFT, CASSCF/XMCQDPT, HSO) не требуют таких запредельных базисов как U500, пример объекта исследования я приводила в одном из предыдущих постов. Результаты хорошо воспроизводят эксп. данные и имеют предсказательную силу -- что еще надо?

Я решила прогнать простенький тестик Вашего базиса той программой, к-рой обычно пользуюсь, благо сконвертировать один формат базиса в другой несложно. Тест провалился. Можно попробовать тот же тест (H2O) прогнать Турбомолем, или Оркой, или Молпро, но я не настолько хорошо с ними обращаюсь, чтобы экспериментировать. Может, кто-то более искушенный в этих программах попробует. Природой пробовать не стоит -- там нет нормального RHF :(
С другой стороны, Вы говорите, что Гауссиан скушал этот пример за милую душу? Тогда покажите инпут и выдачу.
Один мой коллега говорит, что Гауссиан -- как стервозная жена: что-то сделает по-своему и тебе не скажет. Возможно, Г. просто сам выкинул те экспоненты, к-рые ему показались лишними, и прекрасно посчитал на оставшихся функциях.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

starless

Re: Базисный набор U500

Сообщение starless » Вт янв 10, 2012 10:39 pm

Droog_Andrey писал(а):starless, хватит троллить.
Какой к чёрту троллинг? Вы занимаетесь вычёрпыванием бассейна пипеткой. Нет, конечно, идея заполнить всю доступную вычислительную мощность -- это хорошо, можно попилить бюджет на очередной мегакластер с петафлопной производительностью, но лучше заняться нормальной оптимизацией и считать те же системы на самом обычном кластере с терафлопной производительностью.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Вт янв 10, 2012 11:28 pm

Droog_Andrey писал(а):Этот и некоторые другие Ваши вопросы ставят под сильное сомнение Ваши слова
sanya1024 писал(а):Я Вас не студентом считаю
:-)
Поняла, sorry :) Нет, я действительно не считаю Вас студентом. Я такого рода вопросы всем задаю, даже своему шефу. И про релятивизм Вам 100-й раз напоминаю, и про сравнение с лит. данными, и прочая, и прочая. Даже самый квалифицированный человек может что-то забыть, упустить, не учесть. Вовремя заданный вопрос может натолкнуть на мысль :) Да и рецензент при публикации задаст первым делом эти же вопросы, так что лучше их прояснить заранее.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Базисный набор U500

Сообщение amge » Ср янв 11, 2012 4:54 am

starless писал(а):можно попилить бюджет на очередной мегакластер с петафлопной производительностью
starless, уже даже не смешно. При чем тут бюджет, да еще другой страны?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2697
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Базисный набор U500

Сообщение Droog_Andrey » Ср янв 11, 2012 5:54 am

sanya1024 писал(а):Но конкретики про такие экзотические частицы (кстати, где они встречаются?) я действительно не знаю. Кстати, кратенький рассказ о них не повредит: что это, где встречаются, чем интересны, что мы можем о них узнать из расчетов.
Это опять же офтоп. Частица эта изоэлектронна уранил-катиону и образуется при взаимодействии атомарного урана с угарным газом; интересна способностью образовывать комплексы с благородными газами за счёт координационной ненасыщенности урана: http://140.123.79.88/~ppmpk/paper/5-c.pdf
sanya1024 писал(а):Могу сказать, что в моей работе мне достаточно Лайковских полноэлектронных базисов и существующих базисов с псевдопотенциалами.
Ну и замечательно. Значит, Вам этот универсальный базис не нужен. Но это вовсе не значит, что он не нужен никому :-)
sanya1024 писал(а):С другой стороны, Вы говорите, что Гауссиан скушал этот пример за милую душу? Тогда покажите инпут и выдачу.
Один мой коллега говорит, что Гауссиан -- как стервозная жена: что-то сделает по-своему и тебе не скажет. Возможно, Г. просто сам выкинул те экспоненты, к-рые ему показались лишними, и прекрасно посчитал на оставшихся функциях.
Ничего гауссиан здесь не выкидывает, т.к. в поисках оптимальных диапазонов экспонент я пробовал выкидывать вручную разные и отслеживал полную энергию, она изменялась вполне правдоподобно. Конкретно молекулу воды я не запускал и не вижу в этом смысла, т.к. заранее уверен в результате на основании других проведённых тестов.
2^74207281-1 is prime!

asp99
Сообщения: 254
Зарегистрирован: Вт май 11, 2010 3:47 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение asp99 » Ср янв 11, 2012 1:08 pm

Мне кажется, что все обсуждение стало бы гораздо полезнее, если бы Droog_Andrey привел хотя бы маленькую табличку с результатами своих расчетов и сравнение их с экспериментальными данными и другими расчетами. А еще лучше (конечно, на это понадобится время) - ссылку на опубликаванную работу в рецензируемом издании. Тогда можно говорить, что предложен новый базис, или разработан новый алгоритм и тому подобное.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Ср янв 11, 2012 1:41 pm

Droog_Andrey писал(а):Это опять же офтоп. Частица эта изоэлектронна уранил-катиону и образуется при взаимодействии атомарного урана с угарным газом; интересна способностью образовывать комплексы с благородными газами за счёт координационной ненасыщенности урана: http://140.123.79.88/~ppmpk/paper/5-c.pdf
Вовсе не оффтоп. Вы меня убедили, что частица эта -- не конь в вакууме, интересная частица. Статью посмотрела, там можно разбирать долго (есть огрехи в теор. части, и авторы сами отмечают слабости своего подхода) -- это точно будет оффтоп. Но да, частица заслуживает внимания.
Droog_Andrey писал(а):Ну и замечательно. Значит, Вам этот универсальный базис не нужен. Но это вовсе не значит, что он не нужен никому :-)
Согласна, поэтому и взялась за простенький тест.
Droog_Andrey писал(а): Ничего гауссиан здесь не выкидывает, т.к. в поисках оптимальных диапазонов экспонент я пробовал выкидывать вручную разные и отслеживал полную энергию, она изменялась вполне правдоподобно. Конкретно молекулу воды я не запускал и не вижу в этом смысла, т.к. заранее уверен в результате на основании других проведённых тестов.
Да покажите выдачу-то! хоть одну. Пожалуйста... а то я решу, что показать-то и нечего... Но вообще-то то, что срабатывает для уранила, должно сработать и для воды (пусть почти везде получатся нули, но хотя бы будет видно, что программа все правильно восприняла), поэтому не поленитесь, прогоните задачу с водой.
asp99 писал(а):Мне кажется, что все обсуждение стало бы гораздо полезнее, если бы Droog_Andrey привел хотя бы маленькую табличку с результатами своих расчетов и сравнение их с экспериментальными данными и другими расчетами. А еще лучше (конечно, на это понадобится время) - ссылку на опубликаванную работу в рецензируемом издании. Тогда можно говорить, что предложен новый базис, или разработан новый алгоритм и тому подобное.
Жестко, но справедливо.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Базисный набор U500

Сообщение amge » Ср янв 11, 2012 5:31 pm

Господа коллеги! Почему бы просто не подождать немного? Насколько у меня сложилось впечатление по предыдущим темам, Droog_Andrey не бросает свои задумки просто так, и табличка, очевидно, вскоре будет. А то двух недель с момента представления идеи не прошло, а уже "ссылку на опубликаванную работу в рецензируемом издании" требуете.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Ср янв 11, 2012 10:10 pm

Я добрая :) Но если есть хоть один пример выдачи с данным базисом, почему бы не выложить? я просто хочу увидеть доказательство работоспособности. Что базис в принципе работает.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисный набор U500

Сообщение sanya1024 » Ср янв 11, 2012 10:43 pm

Ну вот, сама попробовала Гауссианом (Г09). Тоже не получилось. Инпут и выдача в аттаче. Может, в консерватории что-то не так?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей