Ещё не один вопрос по "светлячку" :)

[LKalvin]

Уважаемые форумчане, здравствуйте!

Возник вопрос: я привёл выше (2.txt) кусок input файла, как определить по нему в чём производится оптимизация геометрии (в вакууме или каком нибудь растворителе по дефолту)?

Заранее премного благодарен!

[sanya1024]

Никаких растворителей по дефолту не бывает. Вакуум, если Вы сами ручками не задали группу $PCM. Если группа $PCM есть, то... цитата из мануала:

The default solvent name is
INPUT
which indicates you will specify your solvent by giving the following 8 numerical values

Т.е., даже если Вы ручками задали группу $PCM, то никакой дефолтный растворитель не включается. Забыли задать название растворителя -- программа считает, что Вы зададите все его параметры вручную.

Это Гауссиан лучше Вас знает, что Вам нужно. Программы семейства Гамесс (GAMESS и FireFly) не считают пользователя идиотом. Наоборот, эти программы требуют, чтобы Вы полностью осознавали, что делаете и зачем. По-моему, полезное требование

[LKalvin]

Иными словами можно считать, что если растворитель не указан явно, то оптимизация геометрии была выполнена для вещества находящегося в твёрдой фазе, так?

[sanya1024]

Для вещества, находящегося в газовой фазе.
Потому что в твердой (кристаллической или аморфной) фазе -- могут быть всякие эффекты соседей. Если есть основания полагать, что влияние соседей пренебрежимо мало, то можно считать полученную геометрию пригодной и для твердой фазы. Просто утверждать это надо осторожно.

[LKalvin]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Возникло 2-а вопроса:

1. Какой операционной системе при расчётах с помощью FF отдать предпочтение Windows 7 32-bit или Windows 7 64-bit и какой выигрыш во времени получится и сколько как минимум оперативной памяти надо иметь?

P.S. шибко умных, что типа linux быстрее прошу не флудить Интересует конструктивный ответ ибо я уверен что кто-нибудь уже такое сравнение проводил ...

2. Имеется ли у кого-нибудь из уважаемых форумчан данные по ДМФА и хлорбензолу (по отдельности) для учёта их в качестве растворителя в FF-расчётах при оптимизации геометрии а также спектров поглощения?

P.P.S. как-то проскакивало сообщение что с помощью Gaussian 03 можно данные такого характера получить, однако данной программы не имею также как и опыта по её использованию в связи с чем был бы Вам очень благодарен если бы Вы помогли мне эти данные получить.

Заранее Вам очень признателен и благодарен!

[sanya1024]

Ну, вот тут http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 067-00.htm, например, обсуждаются проблемы с использованием памяти в FF под Виндой (конечно, 64-битная система по-любому лучше в этом отношении). Пожалуй, память -- единственная проблема, мешающая нормально пользоваться FF под Виндой: все-таки линух под свои нужды отъедает гораздо меньше памяти, оставляя ее для работы программы.

Что касается растворителей, прямо сейчас я не могу добыть необходимые данные (позже сделаю), но могу порекомендовать GAMESS-US (у него ввод во многом похож на FF, так что больших сложностей не будет). Там в последней версии есть PCM SMD модель растворителя, в к-рой зашит весьма обширный (не сравнить со стандартным) список растворителей, в т.ч. и ДМФА, и хлорбензол. PCM в Гамессе быстрее, численно стабильнее, и вообще более современный, а с SMD еще и охватывает больше растворителей.