Учет растворителя в гауссиане

[helicase]

полагаю, что д.б.
scrf=(solvent=water, pcm, read)
проверьте, что последнюю строку от вышенаписанного - в вашем файле - отделяет одна пустая строка

[EvgeniX]

К сожалению я не занимаюсь расчетами с учетом сольватации..., однако могу дать несколько работ и одну презентацию , где люди чего-то про приемущества того или иного метода говорят:!:

Ни у кого презентации не осталось?

[Neitrino]

полагаю, что д.б.
scrf=(solvent=water, pcm, read)
проверьте, что последнюю строку от вышенаписанного - в вашем файле - отделяет одна пустая строка

Чтобы посчитать deltaG я использовал ключевые слова scrf(pcm,externaliteration,dovacuum,solvent=water) без ключевых слов opt and freq, т.к. ключевое слово externaliteration используется при расчетах только энергии. Но теперь не могу получить энергии кавитации и др.

[Izberg]

как-то так вроде бы

Код: Выделить всё

%chk=mon-acet.chk
%mem=10000mb
%nproc=4
# freq b3lyp/6-311++g(df,p) scrf=(solvent=acetonitrile, pcm, read, dovacuum) opt=(maxcycle=100)

Title Card Required

0 1
8       -0.748390000      0.121996000      0.000000000
1       -1.150458000     -0.750296000      0.000000000
6        0.666040000     -0.020226000      0.000000000
1        1.084485000      0.986874000      0.000000000
1        1.028425000     -0.545594000      0.892672000
1        1.028425000     -0.545594000     -0.892671000

radii=uff
dis
cav
rep

--Link1--
%Chk=mon-acet.chk
%mem=10000mb
%nproc=4
# sp b3lyp/6-311++g(df,p) scrf=(solvent=acetonitrile, pcm, read, dovacuum, externaliteration) geom=checkpoint

Title Card Required

0 1

radii=uff
dis
cav
rep

[Neitrino]

все, теперь понял какая у меня ошибка. Всем большое спасибо кто откликнулся мне помочь.

[Vladchimic]

все, теперь понял какая у меня ошибка. Всем большое спасибо кто откликнулся мне помочь.

а можно пояснить так какая же ошибка ? спасибо...

[Neitrino]

Последние четыре ключевых слова я писал в одну строку, когда надо было в четыре строки

[Izberg]

Подскажите пожалуйста как в 09 гауссиане посчитать изменение внутренней энергии при переходе из газовой фазе в раствор.

[Vladchimic]

еще вопрос...
каким образом указывать в Input файле растворитель, не входящий в "LIST OF DEFINED SOLVENTS" ?
насколькоя понял указывается Solvent=Generic и необходима не только диэлектрическая константа, но и:
Eps(infinity)
RSolv = 0.000000 Ang.
Molar volume = 0.000000 cm**3/mol
Thermal expansion coefficient = 0.000000 K**-1
Absolute temperature = 298.150000 K
Numeral density = 0.000000 Ang**-3
Hydrogen bond acidity = 0.000000
Hydrogen bond basicity = 0.000000
Surface tension at interface = 0.000000 (cal/mol)*Ang**-2
Carbon aromaticity = 0.000000
Electronegative halogenicity = 0.000000
или нет ?
если да - как определить все эти параметры ?

[YuraM]

I am not an expert, but I suppose there are
two ways:
1) the easiest - take the solvent from the list of defiend solvent whch is the most similar to your solvent in its properties
2) the hard way - go to the library and find out the above mentioned parameters for your unique solvent

[Vladchimic]

легкий путь не подходит - растворителя нет в списке программы.
необходимые параметры тоже не найдешь в "библиотеке"... возможно их можно посчитать ???

[Гесс]

орке требуется кажется всего два параметра. Мне кажется очень странным чтоб гауссиану требовалось это все.

[Tonnie Fox]

в faq`е гауссиана же

Additional Input for PCM Calculations
Additional input keywords may be specified for PCM SCRF calculations. They are placed in a separate input section, terminated as usual by a blank line, as in this example:

# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,Read)

Water, solvation by methanol, re-defined as generic solvent.

0 1
O
H,1,0.94
H,1,0.94,2,104.5

stoichiometry=C1H4O1 Input section for PCM keywords
solventname=methanol
eps=32.63
epsinf=1.758
…
Blank line terminates PCM input

The PCM input section ends as usual with a blank line.
The following keywords are available for controlling PCM calculations (arranged in groups of related items).

DEFINING SOLVENT PARAMETERS

The solvent for the PCM calculation is generally specified using the normal Solvent option to the SCRF keyword. You can use the following keywords to override some default values for known solvents.

Eps=x

Specifies the static (or zero-frequency) dielectric constant of the solvent.

EpsInf=x

Specifies the dynamic (or optical) dielectric constant of the solvent.

RSolv=x

Specifies the solvent radius (in Angstroms). Relevant only when using AddSph or Surface=SAS.

Unspecified parameters default to the values for the solvent specified with the Solvent option (or to water if this option is omitted).

неужели этих величин нигде не найти?

[Tonnie Fox]

дубль

[Гесс]

итого 3 величины? Eps, EpsInf, RSolv
Растворитель то какой? а то обсуждение сферического коня )))

Насчет посчитать руцями - вот посмотрите http://www.researchgate.net/post/How_to ... aussian_09 ответ Alexander S. Gentleman (предпоследний по времени)
И еще ссылки отсюда http://www.ccl.net/cgi-bin/ccl/message- ... +05+14+009

[Vladchimic]

растворитель например [EMIM][NTf2] или иная ионная жидкость.....

[Vladchimic]

спасибо за ссылки. уже смотрю...

[Гесс]

а какие континиумные модели работают с ионными жидкостями? У мну есть подозрение что физический смысл у ионных жидкостей отличается от заложенного в приближение континиумных моделей для органики.

http://www.wag.caltech.edu/publications/sup/pdf/778.pdf - они брали параметры серки

[amge]

До кучи: во вложении есть параметры для TfOH и FSO3H.
Но я бы не стал доверять подобным расчетам. Скажем, в приложенной статье на основании расчетов делается вывод, что индантрион в TfOH не должен протонироваться, а эксперимент показывает обратное.

[XIlyaX]

Доброго времени суток. Недавно начал заниматься расчетами, как приложением к экспериментальной части и хотелось бы узнать какой базисный набор наиболее оптимален для расчета энергии сольватации этилендиамина в метаноле, ДМСО и ацетонитриле? Кроме того, расчет энергии сольватации в рамках pcm модели для перечисленный растворителей дает результаты, отличающиеся между собой на 0,1-0,2 кДж, хотя экспериментальное значение изменения энергии сольватации (метод межфазного распределения)- порядка 3кДж. Задача сводится к оценке экспериментальных и расчетных данный по энергии сольватации (переноса) из одного растворителя в другой.

# hf/6-311++g scrf=(pcm,ExternalIteration,DoVacuum,solvent=acetonitrile) geom=connectivity

Для ацетонитрила:
Self-consistent PCM results
===========================
<psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -189.229065
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = -189.238751
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = -189.239658
<psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = -189.228048
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -189.239653
(Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -6.08
(Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -7.28
Solute polarization (kcal/mol) = 0.64
Total electrostatic (kcal/mol) = -6.64
--------------------------------------------------------------------
DeltaG (solv) (kcal/mol) = -6.64
Для ДМСО:
Self-consistent PCM results
===========================
<psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -189.229065
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = -189.238862
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = -189.239792
<psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = -189.228021
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -189.239787
(Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -6.15
(Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -7.38
Solute polarization (kcal/mol) = 0.66
Total electrostatic (kcal/mol) = -6.73
--------------------------------------------------------------------
DeltaG (solv) (kcal/mol) = -6.73