Gaussian под Linux

[Yeugen2018]

Да, и в .bashrc у вас последняя строчка именно такая, как я вам писал?

Один в один как:

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

дайте команду ulimit -a и скиньте скриншот того, что получится.

[Yeugen2018]

"Ошибка "Illegal instruction" имеет отношение к микроархитектуре процессора, тому машинному коду, который не распознается процессором." Так что буду пробовать ставить G09 опять...

[Ahha]

Мысль разумная, но в данном случае, к сожалению, скорее всего не катит. Во-первых, для воды у вас такой же расчет прошел. Сверьте логи, там, где для серняги вылет (l401.exe), для воды все идет на ура. Во-вторых, я сейчас проверил, поскольку у нас есть еще и официальная версия, использующая инструкции avx2, которые мои обе машины не поддерживают, так вот, она вылетает сразу.

Aborted_avx2.jpg

Т.е., если вы правы, то всё получается как-то загадочно: "Тут помню, тут не помню..."©

[Yeugen2018]

Наверное , установил Gaussian 09 сборка ES64L-G09RevE.01 для воды сразу вылетает Illegal instruction.

[Ahha]

Тады ой!

Хотя, просто из любопытства. Запустите всё-таки Midnight Commander (mc) и посмотрите в директории g16 вот хотя бы то место, что на скриншотах: на что похожи размеры ваших файлов?

G16_sse.jpg

G16_avx2.jpg

[Yeugen2018]

Добрый день!

Все тоже что и у Вас...

[Гесс]

сделайте еще какой-то инпут, не связанный с серной кислотой и попробуйте его

[Yeugen2018]

сделайте еще какой-то инпут, не связанный с серной кислотой и попробуйте его

Уже попробовал те которые у меня прошли на Windows - все тоже Illegal Instruction.
Когда скачивал ORCA, на их форуме случайно увидел такую же проблему "Illegal Instruction, Core dumped", которая решилась так: "Strange, but I just deleted library path from .bashrc and it started working " но как пошаманить с библиотеками у меня идей нет так как четыре строки

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

может еще что-то прописать в .bashrc?

[Yeugen2018]

попробовал поудалять с .bashrc, test.gjf работает даже с этими двумя строчками

Код: Выделить всё

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

[Ahha]

Когда скачивал ORCA, на их форуме случайно увидел такую же проблему "Illegal Instruction, Core dumped", которая решилась так: "Strange, but I just deleted library path from .bashrc and it started working "

Это не имеет отношения к вашему случаю, 99.(9)% . Вырванная из контекста, эта фраза и впрямь очень странная: возможно, человек перемудрил с переменными и назадавал их слишком много и неправильно, фиг знает.

Вот этого

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

для работы гауссиана должно хватать. Во-первых, так пишет "Таймс" инструкция, во-вторых, у меня именно так всё работает, что как бы намекает на то, что инструкция не врёт. Что именно не так у вас - я, не разбираясь в гауссиане, могу только фантазировать:
1) Вы зачем-то что-то попортили в файле g16.profile
2) Вы сорвали джекпот и получили "поломанную" сборку. Два раза, да.
3) Вы сорвали мегаджекпот и пытаетесь запускать гауссиан на процессоре, который не поддерживает какой-то стандартный тип инструкций.
4) ??????

[Ahha]

попробовал поудалять с .bashrc

Если не перелогинились/не запустили новую терминальную сессию, будет работать по-старому. Если перелогинились, тоже будет, но временные файлы будут писаться в текущую директорию.

[Yeugen2018]

Вообще снес ОС, переустановил.
обновил и установил это sudo apt-get update && sudo apt-get install bash
и это sudo apt-get install csh
прописал в .bashrc
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
создал папку /home/yevs/scratch
далее запустил
mkdir -p $HOME/opt/gaussian/scr
export g16root=$HOME/opt/gaussian
tar xvjf G16-A03-SSE42.tbz -C $g16root
export GAUSS_EXEDIR=$g16root/g16
export GAUSS_SCRDIR=$g16root/scr
chmod -R 700 $GAUSS_EXEDIR
cd $GAUSS_EXEDIR
./bsd/install
И ничего нового все по старому.
Буду пробовать на другом ПК (больно уж linux понравился), но попозже...

[Yeugen2018]

Добрый вечер!
С установкой все получилось на другом ПК.
Всем спасибо за помощь!!!
Вот H2SO4_6-31.gjf