Координата реакции

[YuraM]

Amge,

спасибо за Ваш ответ. Просто чтобы быть уверенным - указал радиус r=0.25

В конце файла получил следующую таблицу для IRC:

===========================================
s | E(s) | E(s) - E(0)
-------------------------------------------
0.000000 -20193.670196 0.000000
0.499689 -20193.670330 -0.000135
0.999341 -20193.670675 -0.000479
1.498931 -20193.671141 -0.000945
1.998456 -20193.671656 -0.001460
2.498029 -20193.672203 -0.002007
2.997660 -20193.672773 -0.002577
3.497148 -20193.673371 -0.003175

.....

Я правильно понимаю, что шаг здесь 0.5 Å•amu**0.5?

[amge]

Раз такое дело, то надо сразу договориться, что будем понимать под шагом IRC. Я использую формулу
шаг = sqrt(sum(m_ir_i²))
где m_i - масса i-го атома, r_i - смещение этого атома при переходе от одной структуры к другой, суммирование по всем атомам (при этом структуры должны быть ориентированы таким образом, чтобы шаг был минимален).
По этой формуле шаг примерно равен задаваемому радиусу. Почему в "Природе" при вычислении distance (s в приведенной Вами табличке) удвоенные значения - непонятно, мне это кажется неестественным.
Заодно хочу обратить внимание: в графе s просто сумма шагов, и 3.5 у последней точки вовсе не означает, что "различие" между ней и 1-й точкой действительно столько. Если вычислить "шаг" между этими точками, то получится меньше, возможно, значительно (как с ломаной линией - ее длина больше расстояния между концами).

[YuraM]

скорее всего я чего-то не понимаю, но в описании Природы написано:

radius=%f radius in mass-weighted coordinates
for IRC path optimization : the distance
between adjacent IRC points will be roughly twice
as much.

[YuraM]

те вроде и должен шаг быть в 2 раза больше

[amge]

те вроде и должен шаг быть в 2 раза больше

По логике - да. Но, видимо, в Природе ошибка и на самом деле реальный шаг примерно равен радиусу.

Чтобы не было сомнений, сейчас проверил, взял пример из GAMESS. Там параметром STRIDE задается шаг (по документации это точно не радиус). Посчитал шаг своей программой (по приведенной выше формуле) и получил точное совпадение с заданным STRIDE.
Аналогичную операцию провел с одним из примеров из гауссиана. И там точное совпадение. Так что формуле можно доверять.

Поэтому просто используйте radius в качестве шага, а distance делите на 2.