Gaussian под linux

[VIPer]

прогнал те же инпуты.. результаты такие же - примерно все в 2 раза медленнее посчитались. проверил три инпута c single point. выходные энергии одинаковые, вообще всё совпадает... сейчас пошёл один с оптимизацией, но не знаю, есть ли смысл ждать чуда, в винде считался он 3 часа.
похоже те сборки, на которые были ссылки на рутрекере, какие-то не айс..

[VIPer]

коллеги, получается странное - проверил по временам создания файлов, которые были в очереди, потом начал уже засекать прямо сидеть с часами когда был создан файл, и когда он обсчитался. получается следующее - гауссиан привирает аж в 4 раза (!) примерно - т.е. время, которое он отображает в логе в джоб тайм почти в 4 раза выше реального! пока это наблюдаю на относительно коротких расчётах всё тех же, добавил b3lyp сюда, сейчас ещё дождусь оптимизации относительно длинной, и тогда станет ясно.
что же это, он как-то неверно учитывает количество ядер? или это совпадание, что 4 их..
коллега Гесс о чём-то догадывался явно

[Гесс]

тааак. возвращаемся к нашим баранам.
1) дайте какой нибудь аутпут. Мне всеравно какая система (если у вас сверхсекретные расчеты - посчитайте скажем бензол или антрацен).
2) если в аутпутах нет Leave Link - попробуйте длбавить #P, скажем

#P B3LYP/6-31G

и дальше все ваши традиционные ключи.

[uchebnik fiziki]

- гауссиан привирает аж в 4 раза (!) примерно - т.е. время, которое он отображает в логе в джоб тайм почти в 4 раза выше реального! п

используйте команду time

[VIPer]

тааак. возвращаемся к нашим баранам.
1) дайте какой нибудь аутпут. Мне всеравно какая система (если у вас сверхсекретные расчеты - посчитайте скажем бензол или антрацен).
2) если в аутпутах нет Leave Link - попробуйте длбавить #P, скажем

#P B3LYP/6-31G

и дальше все ваши традиционные ключи.

да, с ключом р начинает добавлять данные, когда он вышел из линка
ничего такого секретного вроде)

phnn-stack_pbepbe_1-molec_opt-p.7z

получается, реальное время расчёта около 3 минут, а он прибедняется до почти 9

[Гесс]

Он не прибудняется. Он пишет машинное время.

Машинное деленное на настенное показывает насколько параллельно считалась задача.
Не то чтобы это обьясняло почему машинное время D версии больше машинного времени A версии, но как минимум интересно.

То есть он нормально распараллелен (2 минуты 20 с чем то секунд wall против 8 минут 50 секунд цпушного для такой малой задачи это очень хороший результат).
Почему машинное время на линуксе больше машинного времени на винде, гм... без понятия.
Эта же задача на винде что дает по настенному и машинному?

[VIPer]

настенное на винде не засекал, т.к. тоже был укороченный обычный лог. но машинное так по ощущениям соответствует настенному..

вопрос теперь другой созрел. для скана под линуксом должен быть какой-то другой синтаксис, не как в винде? не могу нигде найти.. раньше я задавал скан для двугранного угла так:
шапка обычная, допустим:

Код: Выделить всё

# opt b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

далее координаты, добавка от гауссвью и собственно строка со сканом. требовалось определённый угол открутить на -20 условно градусов, и сделать скан в 40 шагов с интервалом по 10 градусов (чтобы с небольшим захлёстом в обе стороны и полный оборот), задавалось оно так:

Код: Выделить всё

D 13 10 5 9 += -20.000000 S 40 10.000000

теперь в линуксе так ничего не работает. в ауте пишет, что:

Код: Выделить всё

 The following ModRedundant input section has been read:
 Unrecognized action type "+"
 Error termination via Lnk1e in /usr/local/chem/g09-64-D01/l101.exe at Mon Mar  9 18:52:24 2015.

скан без "+=" приводит по сути к оптимизации, по объёму лог равен обычной оптимизации, и если под виндой там встречалась в строчке с координатами в начале самом Scan на той, которой требовалось сканировать, то здесь в таблице такого нет, и никаких шагов сканирования не производится.. подскажите пожалуйста!

[VIPer]

явно что-то с синтаксисом - задано сейчас сканировать по такому параметру:

Код: Выделить всё

 B 67 68 3.500000 S 15 0.100000

скан в линуксе приводил вот к такой табличке (привожу важный фрагмент, с моей т.зр.):

Код: Выделить всё

 ! R84   R(65,67)                1.3932         estimate D2E/DX2                !
 ! R85   R(67,68)                3.5            estimate D2E/DX2                !

а вот так такой же инпут в виндовом сабже выдаёт на том же месте лога:

Код: Выделить всё

 ! R84   R(65,67)                1.3932         estimate D2E/DX2                !
 ! R85   R(67,68)                3.5            Scan                            !

и далее по тексту.. в линуксе проходит чисто оптимизация, т.к. и параметра скан не появляется, в винде идёт скан:

Код: Выделить всё

  Search for a local minimum.
 Step number   1 out of a maximum of  408 on scan point     1 out of    16

[Гесс]

Счас у меня ни времени ни сил, отвечу в течение недели если останется актуально.

Инпуты для винды и линукса должны быть одинаковы.
geom=connectivity нафиг ненадо как и саму связанность атомов.
примеры констрейнутой оптимизации есть на сайте гауссина и на резерчгейте.
+= ненадо
Определитесь хотите вы делать жесткий скан или скан с оптимизацией (констрейнт).

Если забуду ответить - поднимите тему.

[VIPer]

перешёл плавно на оффтоп, но в линуксе под вайном всё то же самое... пробую задавать скан через гауссвью - результат на скрине. не даёт. geom=connectivity он сам добавляет, я, честно говоря, думал, если мне надо к кольцам подтягивать остальную молекулу, то параметр нужен.
разумеется, готов ждать, т.к. сам пока не вижу решения.. заранее спасибо!

[Гесс]

Z-матрицы делать умеете?
Задайте так чтоб одна половина опиралась на один думмик, вторая на второй. Это очень долго описывать словами, если у вас не получится сделать самому - выложите свой инпут я сделаю. Срок - та же самая неделя (точнее либо сегодня, либо завтра утром, либо на выходных). Рекомендую делать в кемкрафте.

Коннективити - он там после xyz дает кучу строк с описанием связей. В дфт нет связей, поэтому те строки - ручка от попы.

[VIPer]

с z-матрицами у меня беда.. я пробовал сохранить эти же координаты со снятой галкой "декартовы координаты" в гаусс вью, выдал он мне такую матрицу, что сам её обсчитывать не хочет.. не понимаю, почему не прокатывают операции с думми атомами, если они в принципе должны быть операбельны как и обычные...

[VTur]

Обычно программы с мнимыми атомами сканы поддерживать не могут. Т.е. геометрия задается с мнимыми атомами, но в скане указываются только настоящие

[ Post made via Android ]

[VIPer]

хм, но я думаю, выход какой-то есть, т.к. статьи с расчётными данными по стекингу имеются, и не одна. а там скан по центроидам колец мне как-то в голову больше никак не приходит, кроме как с фиктивными атомами..

[Гесс]

Все программы которые я знаю которые умеют держать параметр и которые поддерживают думмики умеют делать сканирование по думмикам.

[VTur]

Скан задается по реальным атомам, но такая координата может быть неудобна и поэтому из каждого шага берется другая координата руками с включением мнимых атомов

Сам так делал, вращая кольца ферроцена.

[ Post made via Android ]

[VTur]

Все программы которые я знаю которые умеют держать параметр и которые поддерживают думмики умеют делать сканирование по думмикам.

В лоб этого сделать нельзя - как посчитать градиенты для этих атомов?

[ Post made via Android ]

[Droog_Andrey]

Машинное время на Линуксе больше потому, что складывается время работы разных распараллеленных процессов.

[Yurii]

Машинное время на Линуксе больше потому, что складывается время работы разных распараллеленных процессов.

Чтобы этого не происходило, надо самому оттранслировать исходники g09 d01 с соответствующими параметрами (под AVX транслятором Intel, лучше всего последней версией).

[Droog_Andrey]

Приветствую вас дорогие форумчане Решил поставить linux ради gaussian`a
Проблема в том что я не могу его запустить,буду точнее, не знаю как.
прошу помощи разобраться с этим недугом.

Код: Выделить всё

tp://ftp.srce.hr/redhat/intern/el6/x86_64/

gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm вот этот архив выбрал
использую openSUSE 13.2 KDE

А как эти rpm-ы под убунтой поставить? Alien ругается что NOKEY.

P.S. Нашёл там выше какой-то ключ и импортнул его. Ошибка NOKEY пропала, осталась Unpacking of 'gaussian09-amd64-sse4a-D-01.x86_64.rpm' failed at /usr/share/perl5/Alien/Package/Rpm.pm line 168. На всякий случай перезакачиваю архив...

P.P.S. Всё стало