Природа

[EvgeniX]

Тоже подскажите пожалуйста, я считаю, а оно не считает! В чём может быть проблема?

[sanya1024]

Образец инпута в студию!

[Любитель_Манниха]

Гм. Интересно, что я делаю не так Я правильно понимаю, что расчёт запускается так: "p6 инпут-файл.in"? Запускаю образцовые инпуты, например

$system memory=512 disk=10 path=. $end
$control theory=dft task=optimize basis=»3z.bas» $end
$dft functional=PBE $end
$optimize steps=100 $end

$molecule charge=0 mult=1 z-matrix
1
7 1 1.026
1 2 1.026 1 105.116
8 2 1.464 3 102.846 1 107.322
1 4 0.972 2 101.187 1 -125.643
$end

программа выдаёт следующее:

System options:
Memory: 512 (512) MB
Disk: 10 GB '.'


molecule input: ''
' ?matrix

И на этом вылетает Пробовал делать инпут для свой молекулы, с XYZ-координатами, выдаёт то же самое, только "?rtesian" пишет.

PS: я в винде, cygwin есть

[EvgeniX]

Гм. Интересно, что я делаю не так Я правильно понимаю, что расчёт запускается так: "p6 инпут-файл.in"?

p6 1.in 1.out

Запускаю образцовые инпуты, например

$system memory=512 disk=10 path=. $end
$control theory=dft task=optimize basis=»3z.bas» $end
$dft functional=PBE $end
$optimize steps=100 $end

$molecule charge=0 mult=1 z-matrix
1
7 1 1.026
1 2 1.026 1 105.116
8 2 1.464 3 102.846 1 107.322
1 4 0.972 2 101.187 1 -125.643
$end

Только заменить на basis="3z.bas"

программа выдаёт следующее:

System options:
Memory: 512 (512) MB
Disk: 10 GB '.'


molecule input: ''
' ?matrix

И на этом вылетает Пробовал делать инпут для свой молекулы, с XYZ-координатами, выдаёт то же самое, только "?rtesian" пишет.

Скорее всего проблема в UNIX-строках (нужно вначале сделать с файлом dos2unix или FAR->1.in-F4->shift+F2->UNIX(LF)->F2)

[Любитель_Манниха]

Спасибо, EvgeniX! Действительно dos2unix исправил положение
Теперь вот с многоядерностью проблема, пишу, как в образце инпута: path=/tmpa:/tmpb:/tmpc:/tmpd , не работает

[EvgeniX]

Запускаете под Linux? Под Windows многоядерности нет.
По поводу "path=" для многоядерности достаточно "path=/tmp", несколько дисков пишут, когда есть несколько независимых скоростных дисков.

Запуск расчёта на нескольких ядрах - "p6 -np 2 1.in 1.out", где "-np 2" - количество ядер.
Большинство задач распараллеливается только на 2 ядра, оптимизация/сканирование/IRC/энергия иногда работает на 4-х.

Вообще, много инфы по ПРИРОДе есть на кукеме.ру.

[Любитель_Манниха]

Под Windows многоядерности нет.

Понятненько Но даже на 1 ядре скорость порадовала

Вообще, много инфы по ПРИРОДе есть на кукеме.ру

Начинаю почитывать Я пока не понял, существует ли в природе (применительно не только к "природе") программы визуализации расчётных ЯМР-спектров, или только текстовый формат кроме лицензионного кемофиса

[amge]

Я пока не понял, существует ли в природе (применительно не только к "природе") программы визуализации расчётных ЯМР-спектров, или только текстовый формат кроме лицензионного кемофиса

Я пользуюсь самописными скриптами.
pri2mol из аутпута Природы создает текстовый файл с расширением xyzppm, в котором содержатся координаты и хим. сдвиги (пятой колонкой). Этот файл можно посмотреть molden'ом, Label - atom+charge подпишет атомы хим. сдвигами.
xyz2jmod рисует из xyzppm-файла спектр.

Все это, скорее всего, сразу заработает в линухе, для винды наверняка придется кое-что доставлять (Perl, X server (f.e. Xming), gnuplot).

[Любитель_Манниха]

Коллеги, подскажите пожалуйста, почему при таком инпуте природа делает у меня только оптимизацию? Конечно не проблема потом посчитать ЯМР по новым координатам, но всё же...

Код: Выделить всё

$system mem=512 disk=10 path=. $end
$control
 task=optimize
 task=NMR
 theory=DFT basis=3z.bas
$end
$grid accur=1e-8 $end
$optimize tol=1e-5 $end
$nmr standard(1)=31.3867 standard(6)=181.9781 $end
 
$molecule charge=0 mult=1 cartesian
.......

[sanya1024]

Потому что из "комбинированных" задач Природа понимает только task=optimize+hessian, и то не во всех версиях.

[amge]

Если потребность в комбинированных расчетах возникает часто, то можно использовать скрипт pri. Он обрабатывает инпуты с task=optimize+nmr и т.п.

[SergeyICP]

Коллеги подскажите пожалуйста что означает задача task=optimize+hessian

[sanya1024]

Значит, оптимизация с последующим расчетом гессиана в оптимизированной геометрии. Очень удобно: соптимизировали геометрию и сразу посмотрели, минимум получился или есть мнимые частоты. Аналог в GAMESS: $statpt hssend=.t. $end

[Elbereth]

Здравствуйте. У меня природа 6. есть ли возможность в этой программе как-то учесть влияние растворителя?

[sanya1024]

В Природе ни в какой версии нет такой возможности

[EvgeniX]

Если только учёт растворителя явно, по дискретной модели.

[Elbereth]

Если только учёт растворителя явно, по дискретной модели.

Уважаемый Евгений, а не могли бы более подробно объяснить об этом явном учете растворителя по дискретной модели?
и еще а есть ли возможность посмотреть заряды в моей молекуле? После оптимизации геометрии что-то ничего такого найдено не было( Не там смотрю?

[Elbereth]

Считаете гессиан, потом
S=S,
H=E+ddH,
G=E+ddG.

С учётом того, что E - в хартри, ddH и ddG - в ккал/моль.

Я совсем недавно работаю в природе, простите, если задаю глупые вопросы. А ddG, ddH где можно выудить?
И еще слышала, что при расчете энтропии и энтальпии в природе есть какая-то ошибка. Как ее можно учесть или избавиться от нее?

[sanya1024]

Явный учет растворителя -- значит, в явном виде "накидать" молекулы растворителя в количестве, скажем, 100 штук... Если в молекуле есть явные места, куда растворитель может координироваться, то все просто: посадить растворитель только туда (вряд ли понадобится больше десятка молекул) и соптимизировать геометрию. Но для учета неспецифической сольватации этого недостаточно.

Заряды смотрите на Overlap populations: (малликеновские) и Atomic partitions of the density: (хиршфельдовские)

[EvgeniX]

С учётом того, что E - в хартри, ddH и ddG - в ккал/моль.

Я совсем недавно работаю в природе, простите, если задаю глупые вопросы. А ddG, ddH где можно выудить?
И еще слышала, что при расчете энтропии и энтальпии в природе есть какая-то ошибка. Как ее можно учесть или избавиться от нее?[/quote]

Код: Выделить всё

 T =  298.000 K      ln(Q)       S          U          H          G
                              cal/mol*K  kcal/mol   kcal/mol   kcal/mol
 ----------------------------------------------------------------------
 translational      17.7957    40.3319     0.8883     1.4805   -10.5384
 rotational         12.9277    28.6710     0.8883     0.8883    -7.6557
 vibrational         3.2744    15.7332    64.1572    64.1572    59.4687
 total              33.9978    84.7361    65.9338    66.5259    41.2746
 ----------------------------------------------------------------------

S=[S,total]; ddH=[H,total]; ddG=[G,total]

На слухи про ошибку не обращайте внимание, там единственно не понятно как считает для одноатомных молекул (присутствует лишний вклад RT).