GAUSSIAN программа

[EvgeniX]

А ещё выше строчек на 10 можно привести?

[Neitrino]

Конечно можно, выше идет таблица

Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System
---------------------------------------------------------------------------------

Atom a.u. MegaHertz Gauss 10(-4) cm-1 Axes
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ __
89 H(1) Bbb -0.0047 -2.487 -0.888 -0.830 -0.5916 -0.5318 0.6059
Bcc 0.0659 35.152 12.543 11.726 -0.6944 0.7180 -0.0478

Baa -0.0688 -36.714 -13.101 -12.247 0.9840 0.1781 -0.0017
90 H(1) Bbb 0.0119 6.350 2.266 2.118 -0.1218 0.6797 0.7233
Bcc 0.0569 30.364 10.835 10.128 -0.1299 0.7116 -0.6905

Baa -0.0646 -34.466 -12.298 -11.497 0.3609 0.9313 0.0484
91 H(1) Bbb 0.0054 2.868 1.023 0.957 0.5493 -0.2542 0.7961
Bcc 0.0592 31.598 11.275 10.540 0.7537 -0.2607 -0.6033


---------------------------------------------------------------------------------

[Yurii]

Gaussian 09/B.01 уже довольно долго "болтается" на просторах инета. Там пофиксено довольно много ошибок.

[Neitrino]

Gaussian 09/B.01 уже довольно долго "болтается" на просторах инета. Там пофиксено довольно много ошибок.

Я считаю на программе, которую официально у купили у Gaussian Inc.

[Neitrino]

Строю поверхности на GaussView5. Вначале задаю Cube spin density then surface spin density получается одна поверхность, затем строю cube total density - surface spin density получается другая поверхность, которая, по моему мнению, отражает спиновую плотность, строю cube spin density - surfase total density получаю третью поверхность. И все три поверхности разные. Кто-нибудь может мне их объяснить. Мне нужна поверхность спиновой плотности и электронной плотности.

[Yurii]

Gaussian 09/B.01 уже довольно долго "болтается" на просторах инета. Там пофиксено довольно много ошибок.

Я считаю на программе, которую официально у купили у Gaussian Inc.

Плохо, что при покупке автор NBO не позволяет вставлять в g09 свою последнюю версию: приходится пользоваться g03 или другими программами, для которых реализовано это самое NBO и самому делать вставку или замену NBO.

[VTur]

Строю поверхности на GaussView5. Вначале задаю Cube spin density then surface spin density получается одна поверхность, затем строю cube total density - surface spin density получается другая поверхность, которая, по моему мнению, отражает спиновую плотность, строю cube spin density - surfase total density получаю третью поверхность. И все три поверхности разные. Кто-нибудь может мне их объяснить. Мне нужна поверхность спиновой плотности и электронной плотности.

Это таже фича, как с орбиталями. По определению, любая орбиталь занимает всё пространство молекулы - все орбитали пересекаются. Но при их прорисовке есть параметр отсечения, до которого это дело рисуется.
С плотностью один в один. Во-первых, если есть возможность, прорисовывайте AimAll. Там зашиты три величины озоповерхности 0.001, 0.002, 0.004 а.е. Но можно пересчитать к любой другой. Если нет возможности. Посмотрите на дефолтные параметры - сетку, величину отсечки. Они всегда должны быть одни и те же. Да, и кубе файл старайтесь рассчитать не ГаусВью, а утилитой Гауссиана.

[Yurii]

Gaussian 09/B.01 уже довольно долго "болтается" на просторах инета. Там пофиксено довольно много ошибок.

Да, одни ошибки исправили, а другие понаделали: например, на больших высокосимметричных системах глючит сторонняя функция dsyevd (от предложенного алгоритма до программной реализации ушло 10 лет, но и сейчас далеко не все могут справиться с задачей). Конечно, это не критично, т.к. в случае возникновения ошибки данная функция заменяется на "железобетонную", но очень медленную dsyev.

[sanyakl]

Доброго времени суток!
Есть такой вот ламерский вопросик по гауссиану...
Требуется найти порядок связи (точно не знаю как это на русском, на англ. bond order), запускаю анализ pop=bonding, в результате получаю немного не то что хочется По идее мне надо найти разницу между bonding и antibonding electrons... Может быть изначально модель рассчета неверная?
Заранее спасибо.

[sanyakl]

уже разобрался

[Love]

Добрый день.
При сканировании ППЭ в G03 при постановке задачи через Gauss-View пишет в окне:
additional user input is required!
Что еще за additional user input? Пробовала забить на эту надпись и запускать как есть, но он убирает из z-матрицы столбцы, определяющие количество шагов и размер шага. При этом он ругается даже на свою тестовую задачку, которая идет в пакете с гауссианом.

[asp99]

Добрый день.
При сканировании ППЭ в G03 при постановке задачи через Gauss-View пишет в окне:
additional user input is required!
Что еще за additional user input? Пробовала забить на эту надпись и запускать как есть, но он убирает из z-матрицы столбцы, определяющие количество шагов и размер шага. При этом он ругается даже на свою тестовую задачку, которая идет в пакете с гауссианом.

Наверное имеются в виду внутренние координаты, по которым должно происходить сканирование, их нужно указывать в последних строках файла. Вот пример - сканирование ППЭ бутана по внутренней координате, соответствующей вращению вокруг центральной связи С-С.

[cut]# opt=modredundant pm6

Butane scan

0 1
C
H 1 B1
H 1 B2 2 A1
C 1 B3 3 A2 2 D1 0
H 4 B4 1 A3 3 D2 0
H 4 B5 1 A4 3 D3 0
C 4 B6 1 A5 3 D4 0
H 7 B7 4 A6 1 D5 0
H 7 B8 4 A7 1 D6 0
H 7 B9 4 A8 1 D7 0
C 1 B10 4 A9 7 D8 0
H 11 B11 1 A10 4 D9 0
H 11 B12 1 A11 4 D10 0
H 11 B13 1 A12 4 D11 0

B1 1.07000000
B2 1.07000000
B3 1.54000000
B4 1.07000000
B5 1.07000000
B6 1.54000000
B7 1.07000000
B8 1.07000000
B9 1.07000000
B10 1.54000000
B11 1.07000000
B12 1.07000000
B13 1.07000000
A1 109.47121829
A2 109.47123134
A3 109.47120255
A4 109.47123134
A5 109.47120255
A6 109.47120255
A7 109.47120255
A8 109.47123134
A9 109.47120255
A10 109.47120255
A11 109.47120255
A12 109.47123134
D1 119.99998297
D2 180.00000000
D3 -60.00014130
D4 59.99985130
D5 180.00000000
D6 -60.00004130
D7 59.99995130
D8 -60.00014130
D9 84.63488520
D10 -155.36510000
D11 -35.36510740

* 4 1 * R
D 11 1 4 7 S 59 6.000000[/cut]
В двух последних строках - параметры сканирования - сначала удаляем все двугранные углы, содержащие вращаемую связь, а потом создаем одну координату с этой связью. Шаг сканирования здесь 6 градусов, будет сделано 59 шагов. - полный оборот вокруг связи

[SergeyICP]

Дайте пожалуйста ссылку на gaussian в свободном доступе

[sanya1024]

В свободном доступе гауссиана нет, это очень коммерческая программа. Торрент Вам в помощь.

[Love]

Пытаюсь расчитать медь в гауссиане с использованием PBS. При этом ставила разное количество к-точек (от gammaonly до 10).
Но при расчете гауссиан замирает на I502.exe. Пишет что он в процессе, но уже сутки ни в какую сторону не двигается. Подскажите пожалуйста, в чем проблема.

Инпут прикрепляю:

[alxyppv]

поставьте #p вместо #, тогда Вы хотя бы все итерации видеть будете, а так он Вам результат покажет только когда закончит - если закончит. возможно у него ССП расходится, а Вы этого не знаете. к тому же они честно предупреждают, что с гибридными фунционалами периодика будет очень долго считаться. вообще гауссиан все-таки не для периодики создавался, и считает он скорее всего не очень эффективно. если Вы планируете периодикой серьезно заниматься, лучше переходить на специальные пакеты

[Love]

Спасибо, alxyppv, я попробую.
По поводу специализированных программ - свои задачи считаю исключительно ими.
Но вот попросили помочь в расчете. Может подскажете какую-нить програмулину чтобы можно было считать периодику на собственном компутере и под виндой? У меня только гауссиан сразу в голове всплыл - он по крайней мере может. Я и подсказала на свою голову...

[downloadsi]

Добрый день, уважаемые участники форума.
Возникла проблема с расчетом простых кластеров меди и кобальта. При попытках оптимизировать структуру кластера М4 (исходная плоская квадратная со стороной, равной длине связи М-М), программа постоянно выдает ошибку (резко увеличивается количество циклов на схождение). Пробовал менять базис (считал sto-3g, lanl2dz, dgdzvp и др.), функционал (b3lyp, pw91, blyp и др.) - ни разу до конца структура не соптимизировалась.
Подскажите, пожалуйста, в чём может быть проблема.
ЗЫ: гауссиан wo3, c.01, без распараллеливания.

[sanya1024]

В металлическом кластере вообще. Металлические кластеры вовсе не обязаны демонстрировать хорошую сходимость в одноконфигурационных методах типа ХФ и DFT.
Можно попробовать поиграть с мультиплетностью. Проще сначала свести задачу с максимально высоким спином (на каждом атоме макс. мультиплетность, спин всего кластера -- сумма атомных) и постепенно уменьшать. Запросто может оказаться, что наинизшую энергию даст состояние не с максимальной и не с минимальной мультиплетностью, а с какой-то промежуточной.
Еще можно (если не поможет мультиплетность) свести ССП для безумного катиона (ободрать по максимуму все электроны, чтобы осталась только замкнутая оболочка) и использовать эти орбитали в качестве старта для последующего ССП нормального кластера (не забудьте про мультиплетность!)
Но по-любому лучше такие системы изучать в CASSCF (опять-таки взяв в качестве старта сошедшиеся МО катиона или высокоспинового состояния). Сразу предупреждаю: в Гауссиане, тем более не параллельном, CASSCF Вы делать не сможете. Переходите на FireFly.

[o-oxhem]

Добрый день, уважаемые участники форума.
функционал (b3lyp, pw91, blyp и др.) - ни разу до конца структура не соптимизировалась.
ЗЫ: гауссиан wo3, c.01, без распараллеливания.

Так все же, Вы не указали - структура распалась, не сошлось ССП или при опт. геометрии начались осцилляции. Ответ будет определяться ответом, что именно происходит.