Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

Спасибо.
Другой вопрос:
А есть какой либо формат или обходной трюк который позволит отобразить периодическую ячейку и иметь на атомах некие величины (скажем заряд)?

В смысле, чтобы на эквивалентных атомах отображалось одно и то же число? Вы открываете файл в котором напечатаны и заряды на атомах, и PBC, и надо это совместить?

Нет, мне достаточно в рамках одной ячейки. Так чтоб я видел вектора ячейки и видел "число на атоме". Не, можно конечно вручную с помощью Custom vectors and planes нарисовать 12 палочек вокруг "непериодической" стуркутуры, но мне этот лайфхак не нравится.

[Vit Nhoc]

Нет, мне достаточно в рамках одной ячейки. Так чтоб я видел вектора ячейки и видел "число на атоме". Не, можно конечно вручную с помощью Custom vectors and planes нарисовать 12 палочек вокруг "непериодической" стуркутуры, но мне этот лайфхак не нравится.

А разве надписи на атомах пропадают, если вы слева выбираете Crystallography tools/Show crystal cell? Или вам надо именно размножить атомы (тогда да надписи пропадают)?
Сразу упомяну, что опция Custom vectors and planes позволяет сначала скопировать в Clipboard в текстовом формате все палочки, которые нарисованы стандартной опцией, потом вы можете как угодно менять текущую молекулу, и далее вернуть эти же палочки из Clipboard-а (Edit/Custom vectors in planes/Add.. in text format).

[Гесс]

А разве надписи на атомах пропадают, если вы слева выбираете Crystallography tools/Show crystal cell? Или вам надо именно размножить атомы (тогда да надписи пропадают)?

А можно мне пример файла (в котором был бы crystal cell) в котором можно было бы на атомах отобразить некое записанное где то в файле свойство (не номер и не название атома).
Условно говоря - я хочу отобразить ячейку NaCl, (пусть даже всего 2 или 8 атомов, неважно), при этом чтобы на Na было написано +1 и на хлоре -1 (эти цифры я готов вписать в нужное место файла) - как это сделать? Это чтото на основе POSCAR? На основе cif? Везде где я вижу "Crystallography tools" кнопка "show atomic properties" неактивна.

[Vit Nhoc]

А разве надписи на атомах пропадают, если вы слева выбираете Crystallography tools/Show crystal cell? Или вам надо именно размножить атомы (тогда да надписи пропадают)?

А можно мне пример файла (в котором был бы crystal cell) в котором можно было бы на атомах отобразить некое записанное где то в файле свойство (не номер и не название атома).
Условно говоря - я хочу отобразить ячейку NaCl, (пусть даже всего 2 или 8 атомов, неважно), при этом чтобы на Na было написано +1 и на хлоре -1 (эти цифры я готов вписать в нужное место файла) - как это сделать? Это чтото на основе POSCAR? На основе cif? Везде где я вижу "Crystallography tools" кнопка "show atomic properties" неактивна.

Я поискал эти варианты, и сходу ничего не нашёл. Честно говоря я не запоминаю такие моменты, т.е. может с каким-то форматом такое и есть; вероятно, это должно быть с гауссиановскими файлами, я для них вроде сделал поддержку PBC. Попробуйте пока поискать сами. Если же такого формата пока нет, а он нужен, я могу в след версии это сделать для какого-то формата, который вы выберете, т.е. вы сами его назовите.
И мне пока не совсем понятна ваша задача; напоминаю, что можно например выделить все атомы данного типа и поместить произвольный лейбл на выделенные атомы. Ещё можно использовать View/Release all captions..., вы раньше не экспериментировали с этой опцией?

[Гесс]

напоминаю, что можно например выделить все атомы данного типа и поместить произвольный лейбл на выделенные атомы.

Да, если я не придумаю как это сделать через гауссиановский инпут-файл (как задать там PBC я знаю, а вот как допихать туда дополнительную цифру-свойство надо посмотреть...) - то буду давать каждому интересующему меня атому свой caption (у меня не все цифры одинаковые, NaCl был просто простейшим примером)
Спасибо.

[Vit Nhoc]

напоминаю, что можно например выделить все атомы данного типа и поместить произвольный лейбл на выделенные атомы.

Да, если я не придумаю как это сделать через гауссиановский инпут-файл (как задать там PBC я знаю, а вот как допихать туда дополнительную цифру-свойство надо посмотреть...) - то буду давать каждому интересующему меня атому свой caption (у меня не все цифры одинаковые, NaCl был просто простейшим примером)
Спасибо.

Насколько я помню, из инпут файла PBC не читаются, хотя точно не уверен; если так, то вам надо сгенерировать стандартный out файл, это должно быть несложно, просто взять шаблон (если я правильно понял вашу идею, что вы хотите написать программу, которая генерирует такие файлы для Chemcraft).

[Гесс]

Fakewater.jpg

да, со стандартным гауссиановым инпутом (в периодике) работает так как мне вцелом надо.
просто нужно сгенерировать фейковый расчет. К сожалению ввиду тормознутости гауссиана для периодических задач даже

LSDA/3-21G SCF=VerySleazy Int=CoarseGrid

на 80-атомную систему это не так быстро как хотелось бы от фейка.
А полуэмпирика че то с периодикой не хочет...

UpD. Задолбался ждать и накидал "псевдоаутпут" вручную. Не с первой попытки но работает.

[Vit Nhoc]

У меня вопрос ко всем: насколько нужен экспорт картинок с прозрачностью? Мне предложили для этого сделать поддержку .svg формата. А метафайлы прозрачность не поддерживают?

[Гесс]

прозрачность невредна. В зависимости от того сколько времени тратится на постобработку.
Скажем если вы втыкаете структуры на график энергетического профиля реакции и собираете это скажем в GIMP то каждую для каждой из структур надо вручную удалять фон.

PictureProf.png

Метафайлы - так их мало что поддерживает и мало кто использует, ИМХО.

[Vit Nhoc]

Спасибо, а какие ещё форматы поддерживают прозрачный фон? Вроде gif? Подозреваю что удобнее будет использовать gif для таких задач.

[Гесс]

Ну svg это векторник, то есть его качество не портится от приближения. С другой стороны работа с векторниками то еще удовольствие. Лично я его стараюсь избегать, но тут "на вкус и цвет фломастеры разные", никого ни к чему не призываю.

[Vit Nhoc]

Пользователь попросил сделать удобное рисование прозрачных плоскостей на ароматических кольцах, вроде этого:

xRIngShown.png

Насколько для вас это было бы актуально?

[Гесс]

а че, веселенько и прикольненько, я одобрямс.

[Vit Nhoc]

а че, веселенько и прикольненько, я одобрямс.

А есть какая-то мода или там правила на рисунки такого рода?

[Гесс]

Я не в курсе, мне напомнило PaperChain (название примерное по памяти) mode в VMD.
Я бы просто сказал "красивое". Даже если без колец. Но и с кольцами неплохо. Но зато потом к вам придут и попросят еще и рваные кольца когда сигма-комплекс присоединения к бензолу

[Vit Nhoc]

Возник такой вопрос. Я уже писал, что Linux версию Chemcraft покупает мало народу, хотя казалось бы. Один человек написал интересную мысль, что большинство Linux юзеров отказываются ставить Chemcraft по соображениям безопасности. Он сказал, что в Unix (Linux и Mac) другие подходы к безопасности; в частности их отталкивает то, что на сайте Chemcraft предупреждается о возможности ложных срабатываний антивирусов, а ещё Linux версия Chemcraft пишет в разные каталоги без спросу и так не принято. Ещё он предложил почитать, что такое понятие песочницы у программистов, я сходу не разобрался что он имеет в виду:

https://en.wikipedia.org/wiki/Sandbox_( ... velopment)
https://www.comparitech.com/blog/inform ... andboxing/
https://learn.microsoft.com/en-us/windo ... x-overview

Просьба прокомментировать.

[Vit Nhoc]

Ещё вопрос: как часто квантовики запускают расчёты на Linux, а их результаты смотрят в Windows?

[alex7851]

Ещё вопрос: как часто квантовики запускают расчёты на Linux, а их результаты смотрят в Windows?

Я - все время: расчеты на удаленных машинах/кластерах с Linux, а рабочие локальные компьютеры (управление кластерами, обработка результатов, написание статей, играние в игры) под Windows.

[alexp51]

Аналогично, за исключением игр . То есть в игры ваще не играю. Может возраст

[Vit Nhoc]

Я кажется обнаружил баг или проблему. Когда Chemcraft читает файлы Quantum Espresso, она рассчитывает параметры кристаллографической ячейки (a,b,c,alpha,beta,gamma) из трёх векторов, приведённых в секции crystal axes: (cart. coord. in units of alat). И тут возникает нестыковка, поскольку, насколько я понял, в стандартных кристаллографических файлах эти три вектора имеют три нулевых компонента (A.y, A.z, B.z), а в Quantum Espresso эти компоненты могут быть ненулевыми и отсюда возникают ошибки пересчёта. Правильно ли я понимаю, что выдача Quantum Espresso имеет очень отдалённое отношение к параметрам ячейки a,b,c,alpha.., поэтому лучше вообще эти параметры не пересчитывать?