Вопрос по оптимизации геометрии

[gliclazid2013]

Здравствуйте!
У меня следующий вопрос. Подскажите, как вообще производится выбор метода оптимизации геометрии (есть ли подходы какие-нибудь или это сугубо часы работы и опыт)? Натолкнулся на статейку одну (см. прикрепленный файл). Интересно было бы нечто подобное сделать и мне, только для флавоноидов (в основе строения дифенилпропановый скелет (С6-С3-С6), различной степени окисленности и замещения). Но судя по статье и по тому, что я раньше почитать успел, выбирают метод исходя в основном из соответствия экспериментальным данным по геометрии. А если нет данных РСА, что тогда? В статье семь методов проверяли и если нет с чем сравнить, что выбрать? Опять таки может статьи или литература какая-нибудь есть по данному вопросу.
Заранее благодарен за помощь и советы.

[Tonnie Fox]

да просто по аналогии: найти свежую статейку, в которой описано теоретическое изучение аналогичных вашему соединений и посмотреть какими методами проводилось исследование. У них то там наверняка будет соответствие экспериментальных данных теоретическим. Сэкономите много времени.
а базис подобрать исходя из... ну хотя бы https://bse.pnl.gov/bse/portal

[sanya1024]

Давайте отделим мух от котлет, а то они тут все свалены в кучу.
Проблема №1: выбор метода расчета (ХФ, DFT, MPx, CC, MCSCF или что-то еще). Проблема №2: выбор базиса (меньше чем 6-31G* сейчас считается неприличным). Проблема №3: выбор стартового приближения для геометрии (например, нужно изучить какой-то конкретный таутомер, или среди множества конформеров молекулы интересуют наиболее выгодные). Насколько я понимаю, у ТС главная проблема -- №3: откуда взять стартовую геометрию, если нет рентгена. Если повезет, найдется рентген родственных соединений. Если не повезет -- придется перебирать различные варианты.
Для таких игр отлично подходит Природа (посмотрите соотв. тему на форуме), а самое начальное приближение удобно строить в HyperChem (нарисовать углеродный скелет, сделать AddH&ModelBuild, поправить, если, например, построился цис изомер вместо транс, предварительно соптимизировать в мол. механике). Иногда используют ChemOffice, наверняка есть и другие пакеты.

[gliclazid2013]

Спасибо за помощь и ответы.

Если повезет, найдется рентген родственных соединений. Если не повезет -- придется перебирать различные варианты.

А какие есть варианты?

[Tonnie Fox]

Спасибо за помощь и ответы.

Если повезет, найдется рентген родственных соединений. Если не повезет -- придется перебирать различные варианты.

А какие есть варианты?

это же от вашего соединения зависит, цис-транс изомеры там, или вращение сигма-связей. Перебрать все возможные варианты и вычленить несколько наиболее стабильных, то есть с наименьшей энергией.

[chemistryandron]

это же от вашего соединения зависит, цис-транс изомеры там, или вращение сигма-связей. Перебрать все возможные варианты и вычленить несколько наиболее стабильных, то есть с наименьшей энергией.

Исходя из прочитанного такой вопрос возник. А как правильно провести расчет наименьшей энергией для различных соединений. Здесь же опять приходим к необходимости применять для расчетов различные методы (если про ту же молекулярную механику говорить-MM+,AMBER и т.д.)?

[amge]

А как правильно провести расчет наименьшей энергией для различных соединений. Здесь же опять приходим к необходимости применять для расчетов различные методы (если про ту же молекулярную механику говорить-MM+,AMBER и т.д.)?

Вы имеете в виду, какое силовое поле применять для поиска наиболее стабильных конфигурационных и конформационных изомеров? Если да, то я бы посоветовал MMFF94 - оно хорошо для большинства обычных органических молекул. И специальные программы-генераторы конформеров в случае нежестких молекул.

[chemistryandron]

Вы имеете в виду, какое силовое поле применять для поиска наиболее стабильных конфигурационных и конформационных изомеров? Если да, то я бы посоветовал MMFF94 - оно хорошо для большинства обычных органических молекул. И специальные программы-генераторы конформеров в случае нежестких молекул.

Спасибо за помощь!