Dl_poly error

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Чеширский кот
Сообщения: 14
Зарегистрирован: Пт дек 07, 2012 1:45 pm

Dl_poly error

Сообщение Чеширский кот » Вс авг 11, 2013 8:35 pm

Начинаю работать с Dl_poly (версия Classic 1.9), а именно с металлических кластеров. Для примера взял тестовую задачу 23 (Test 23). В целом Field файл в данном тесте понятен. Система представляет собой элементарную ячейку из 3-х атомов Cu и 1-го атома Au. В дальнейшем такая ячейка повторяется 64 раза.
Однако когда дело доходит до создания кластера со случайным распределением частиц (например 124 атомов Au, 48 Cu, файлы Field1, Config1 ) запись по образу и подобию файла Field (Test 23) становится неприменимой, вылетает следующая ошибка (файл Output1):

..................................................................
167 Au 196.9 670.00000 0.00000 2 0
169 Cu 63.54 60.00000 0.00000 1 0
170 Au 196.9 670.00000 0.00000 2 0
172 Cu 63.54 60.00000 0.00000 1 0


number of specified metal potentials 3


atom 1 atom 2 key parameters


Cu Cu gupt 1.71000E-01 2.55600E+00 1.09600E+01 1.22400E+00 2.27800E+00


DL_POLY terminated due to error 463


error - unidentified atom in metal potential list
Хотя я учел последовательность атомов в кластере в таком виде (файл Field1):
molecular types 1
Copper-Gold
nummols 1
atoms 172
Au 196.9670 0 1
Cu 63.5460 0 1
Au 196.9670 0 2
Cu 63.5460 0 1
Au 196.9670 0 4
Cu 63.5460 0 1
Au 196.9670 0 4
Cu 63.5460 0 2
Au 196.9670 0 1
Cu 63.5460 0 1
Au 196.9670 0 3
Cu 63.5460 0 1
......
На тестовом примере, состоящим из 1-й элементарной ячейки (14 атомов в сумме, Cu, Au в различных соотношениях), такая последовательность перечисления последовательности атомов в Field файле была критичной и таки позволяла запускать задачу. В случае больших систем это не срабатывает. Почему-то появляется ошибка с атомами Cu в потенциалах.

Также я пытался сгенерировать Field файл на основе CONFIG1 с помощью Java GUI, получилось следующее:
MOLECULES 0
VDW 3
Au Au TYPE 0.00000000 1.00000000 0.00000000
Au Cu TYPE 0.00000000 1.00000000 0.00000000
Cu Cu TYPE 0.00000000 1.00000000 0.00000000
TBP 6
Au Au Au TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Au Au Cu TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cu Au Cu TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Au Cu Au TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Au Cu Cu TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cu Cu Cu TYPE 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000
CLOSE
Непонятно, зачем в такой системе трехатомный потенциал TBP? Или как его переписать применительно к такой системе. В расчетах кластеров вполне обходятся парными Гупта потенциалами.

Буду признателен за любые советы и комментарии.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей