Размер .rwf файла в Gaussian

[somebody]

Здравствуйте,
Столкнулся с проблемой нереалистично большого (216.5 Гб) .rwf файла при расчете SPE комплекса в 28 атомов на уровне теории mp2/6-311++g(2df,pd) в Gaussian 09RevB.01, система - Ubuntu 12. Сталкивался ли кто с подобным? Не могу проверить что гауссиан будет делать дальше - места существенно не хватает. Может кто-нибудь подсказать - насколько большими вообще могут быть .rwf файлы при таких расчетах? Стоит ли искать дополнительные объемы памяти, или это результат каких-то глюков гауссиана? Вкладываю input и output файлы.

P.S. На всякий случай - комплекс оптимизирован на b3lyp/6-311++g(d,p).

[Гесс]

viewtopic.php?t=9217 вроде по теме

If disk space in the scratch directory is limited, but space is available elsewhere on the system, you may want to split the scratch files among several disk locations. The following commands allow you to specify the names and locations of the other scratch files:

%RWF=path Read-Write file
%Int=path Integral file
%D2E=path Integral Derivative file
In general, the read-write file is by far the largest, and so it is the one for which an alternate location is most often specified.

[somebody]

Спасибо, но это не совсем по теме. У меня проблема не в превышении лимита размера .rwf файла - в 64-битном гауссиане его нет, а в том, что он становится настолько большим, что никак не влезает на жесткий диск. Стоит еще отметить, что, скажем, при расчете частот этого же комплекса на b3lyp/6-311++g(d,p), размер .rwf файла всего 700 Мб.

[amge]

MP2 действительно жрет очень много ресурсов, и, судя по моему опыту в GAMESS, direct SCF в этом случае не очень то помогает.
Хотел было посоветовать riMP2, который гораздо экономнее, но что-то не нашел такого в гауссиане.

В гауссиане для МР2 есть слово

Код: Выделить всё

FullDirect
Forces the fully direct algorithm, which requires no external storage beyond that for the SCF. Requires a minimum of 2OVN words of main memory (O=number of occupied orbitals, V=number of virtual orbitals, N=number of basis functions). This is seldom a good choice, except for machines with very large main memory and limited disk.

но тогда нужно очень много оперативки.

А зачем такой огромный базис? Неужели с более маленькими результаты заметно иные?

[Гесс]

Внешний терабайтник возможно спасет отца демократии.

[somebody]

О, спасибо, про FullDirect алгоритм не заметил в мануале, стоит попробовать. Они еще пишут, что гауссиан, если опция не указана, сам выбирает нужный алгоритм mp2 в зависимости от параметров MaxDisk и mem, не знаете - где-то можно найти каким интервалам значений этих параметров соответствуют какие алгоритмы? Или хотя бы можно ли в .log файле найти что выбрал гауссиан?
Базис действительно нужен большой, так как в этих комплексах - парах азотистых оснований - нужно будет анализировать водородные и Ван-дер-Ваальсовые связи. Значения их энергий диссоциации довольно значительно различаются: на 4-6 ккал/моль для такого базиса и 6-31g.
Если не хватит оперативки для этого алгоритма, то, видимо, внешний жесткий диск - единственный выход, но меня смущает, что я так и не знаю, какой максимальный размер файла создаст гауссиан.
Вообщем, спасибо, попробую посчитать - отпишусь.

[EvgeniX]

Пишем:
%rwf=/disk1/file1,100Gb,/disk2/file2,100Gb,/disk3/file1,-1
и в итоге разбиваем rwf на несколько файлов, которые лежат на нескольких дисках.
-1 - значит безграничный файл (когда file1 и file2 будут заполнены)

[amge]

Базис действительно нужен большой, так как в этих комплексах - парах азотистых оснований - нужно будет анализировать водородные и Ван-дер-Ваальсовые связи. Значения их энергий диссоциации довольно значительно различаются: на 4-6 ккал/моль для такого базиса и 6-31g.

Нашли с чем сравнить . Кто бы сомневался, что 6-31g проврется. Его сейчас даже для самых тяжелых вычислений не используют. Мне кажется, что для Вашего случая вполне адекватным будет 6-31++g(d,p). Не пробовали?

[amge]

%rwf=/disk1/file1,100Gb,/disk2/file2,100Gb,/disk3/file1,-1

Любопытно, что эффективнее, такой подход или raid из нескольких дисков?

[somebody]

Мне кажется, что для Вашего случая вполне адекватным будет 6-31++g(d,p). Не пробовали?

Возможно мой базис действительно уж слишком большой. Но просто у коллег есть уже некоторое количество похожих комплексов с энергиями на этом базисе, так что для сравнения мне придется на нем досчитать.
Задача до сих пор считается. Вот почему для бионформатиков, скажем, есть куча бесплатных серверов на которые можно ставить свои расчеты, а для квантовой химии - нет?
Понятное дело, с гауссианом так не сделаешь, но есть же бесплатные программы.

[VTur]

Для mp2 и 28 атомов файл для хранения амплитуд не такой уж и большой. Нормальный размер. Если хотете чтобы считалось за обозримое время., имейте нужного размера жесткий диск, без разбиения на директории. Внешний диск существенно замедлит расчет.

[ Post made via Android ]