[Guide]NCI Plot

[Гесс]

Здравствуйте дорогие читатели.
Это не вопрос, не спам и даже не реальная возможность заработать.
Просто я наткнулся на програмулину, заинтересовавшую меня тем что она делает.
До функционала я пока не добрался, убив полдня на выяснение как ее запускать.
Собственно этим знанием я и хочу здесь поделиться.

Программа называется NCI Plot и поначалу я скачал ее отсюда http://www.chem.duke.edu/~yang/Software ... reNCI.html (размер архива 75 Мб).
В мануале утверждается что после распаковки достаточно сделать

Код: Выделить всё

ifort nciplot.f -o nciplot.x

и при этом возникнет исполнительный файл nciplot.x.
Интеловского фортрановского компилятора у меня не было, я его ставил (он распространяется Интелом бесплатно), он матерился на библиотеки, отсутствие всякой фигни, при запуске вышеназванной команды создавал nciplot-1.0.о и убивал nciplot-1.0.x который изначально есть в архиве. Как оказалось все это абсолютно ненадо. Достаточно сделать имеющийся nciplot-1.0.x исполнительным. Однако в отчаяньи бродя по интернету я наткнулся на http://www.lct.jussieu.fr/pagesperso/co ... iplot.html с 2 другими версиями. Мануал у всех трех одинаковый, однако если версия 1 похожа на скачанную ранее (размер архива 337 метров, файл nciplot-1.0.x 1.7 Мб против 1.0 Мб) то версия 3 заметно отличается. В ее мануале точно также рассказано про ifort однако в README прописан метод для этой версии:

Код: Выделить всё

make mrproper
make
export NCIPLOT_HOME=/home/xxxx/src/nciplot

Также повторенный в коментариях тут: http://quantumchemistryniser.wordpress. ... /#comments и тут http://gatsby.ucmerced.edu/wiki/Nciplot
В этом виде установка проходит без мата.

На редкость неочевидным, несмотря на мануал, папку "тестов" и папку "упражнений" (http://www.lct.jussieu.fr/pagesperso/co ... cises.html) оказался запуск.
Несмотря на то что в простейшем случае проге просто скармливается 1 xyz файл, делается это с помощью еще одного файла, содержащего 2-3 строки:
1 строка - Количество xyz файлов которые следует прочесть
2-n строки - Имена xyz файлов которые следует прочесть
n+1 - Кейворды.
Вопреки написанному тут: http://quantumchemistryniser.wordpress. ... /nci-plot/ расширение этого уродства не имеет значения, во всяком случае у меня запустилось вообще без расширения.
Интересно что размеры куб-файлов и дат-файлов генерируемых "первой" и "третьей" неодинаковы для одного и того же инпута, скажем для димера бензола (геометрия взята из конца мануала) размеры дат-файлов 18 и 25 Мб соответственно для "первой" и "третьей" версий.

Еще раз повторюсь - я пока очень смутно представляю что программа может визуализировать. Если это кого то заинтересует - прошу по ссылкам выше или в статью NCIPLOT: A Program for Plotting Noncovalent Interaction Regions (DOI: 10.1021/ct100641a).

[Гесс]

У меня таки добрались руки опять до этой программы.
Соответственно сегодня я расскажу как получить картинку.
При запуске как было рассказано в первой серии (скармливание nciplotу файла-указателя на координаты), создается несколько файлов.
1-2) Оочень большие файлы *.dat и *.ncichk, с использованием которых я не разобрался
3-4) Два cube-файла: *-dens.cube и *-grad.cube. С ними мы далее и будем работать
5) масюпусечный файл-скрипт *.vmd, содержание которого есть в мануале и запуск которого по идее должен при наличии самого VMD сделать все сам, быстро и чисто.
У меня есть подозрение что "быстро и чисто" все делается в линуксе, но мы не ищем легких путей, поэтому все делалось в Винде и вручную.
Во первых нам конечно понадобится VMD, с коим я был до сегодня к сожалению (а может и к счастью) незнаком.
Достать эту прелесть можно тут: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Down ... geName=VMD
Установка в стиле всех виндузячих прорамм - далее, далее, готово. Яндекс-бара и Дельта-поиска нет.
Итак, ближе к телу:
Открываем VMD, File – New Molecule, Находим свой *-xyz, загружаем его, он отображается в окне VMD но мы его игнорим, опять делаем File – New Molecule, находим свой *-dens.cube файл, загружаем его, и вот тут начинается самое интересное. Теперь мы делаем File – Load data into molecule, и загружаем *-grad.cube именно таким манером, так а не через File – New Molecule. После этого Molecule File Browser можно закрывать.
Далее делаем Graphics – Representations, и работаем в нем.
Сначала имхо стоит навести марафет на саму молекулу, для этого в верху означенного окна выбираем xyz (их там два, в выпадающем меню, один для молекулы второй для поверхности).
Drawing method – Bonds or CPK, молекула несколько посолиднеет и можно переходить к более интересной части.
Выбрав сверху cube-файл вводим ему в соответствующие поля:
Coloring method – Volume
Drawing method – Isosurface
Draw – Solid Surface
Show – Isosurface
У нас попрежнему нет никакой поверхности на картинке, это нормально, теперь делаем вводим в поле Isovalue - 0.3 или 0.4 (можно поиграться выбирая симпатичный размер). Впрочем не стоит рассчитывать что на этом сказка закончится. Все отобразившиеся взаимодействия одного цвета!!!
Поэтому мы идем в том же окне во вкладку Trajectrory и указываем границы Color scale data range как -4 и 4 (опять же можно поиграть, но вроде это вполне норм, к тому же это цифры указаннные по дефолту в вышепомянутом скрипте). Теперь наши взаимодействия окрасились в разные цвета, но это нифига не цвета из статьи и мы до сих пор незнаем где у нас притяжение а где отталкивание. Поэтому теперь, закрыв окно Graphical Representations, мы идем в Grafics – Colors и во вкладке Color Scale меняем Method на BGR. Уряяя! - теперь attractive синенький а repulsive красненький. Желтенькое слабое.
Перед тем как пить, надо сохранить картинку. Если принтскрин вас не устраивает, то идем в File – Render. Выбор казалось бы вполне приличный, но у меня вначале результаты рендера как в *.bmp так и в *.tga неоткрылись. Я так и не понял что именно я сделал, возможно поиграл в Display - Rendermode, но сейчас у меня создаются вполне симпатичные оба формата. *.bmp открывается стандартными средствами винды, *.tga - с применением IrfanView или Picasa3.

У меня существует мануал с скриншотами, но он великоват для форума, 11 метров в доксе или 15 в пдфе, если кому надо - обращайтесь кину на почту.
Также возможно кому то хватит вот этого http://www.lct.jussieu.fr/pagesperso/co ... ns-vmd.pdf, мне не хватило.
С применением мануала VMD http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutoria ... torial.pdf думаю можно навести еще больший лоск.

Всем приятной визуализации.

[alxyppv]

Да, VMD оочень удобная штука для разной красивой визуализации. Т.е. в реальной жизни я обычно пользуюсь Chemcraft (он гораздо быстрее и менять параметры молекулы намного проще), но для статей прорисовку обычно делаю VMD. Ну и для просмотра траекторий мол. динамики VMD незаменим. Пара моментов: если есть CUDA, то горазо выше качество получается если сделать Display->Rendermode->GLSL.

Для сохранения картинки в хорошем разрешении надо в Render выбрать Taychon, а Render Command что-то типа
"C:\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 12 %s -format Targa -o %s.tga -res 2000 2000

Если Вы хотите сохранить все параметры визуализации на будущее, то можно сделать File-> Save Visualization State... и сохранить файл с названием, скажем, test.vmd. Это просто скрипт с набором всех параметров визулизации и всех Ваших действий.
Чтобы потом открыть все как было, надо набрать

vmd.exe -e test.vmd

и Вы получите такую-же картинку (при этом все задействованные файлы, типа cube и прочие должны оставаться на своих местах). Ну разве что Rendermode автоматом не выставляется как надо, и оси придется вручную отключить.




GIMP прекрасно понимает tga

[Гесс]

Да, VMD оочень удобная штука для разной красивой визуализации. Т.е. в реальной жизни я обычно пользуюсь Chemcraft (он гораздо быстрее и менять параметры молекулы намного проще), но для статей прорисовку обычно делаю VMD.

Я тоже привык к кемкрафту. Но действительно VMD выглядит очень красиво.

Пара моментов: если есть CUDA, то горазо выше качество получается если сделать Display->Rendermode->GLSL.

Я поставил версию с КУДОй, но пока в ней не разбирался.

"C:\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 12 %s -format Targa -o %s.tga -res 2000 2000

В "диалоговом режиме" я конечно работаю, но вообще я исторически привык искать кнопку по которой кликнуть, а не придумывать команду в консоль.

vmd.exe -e test.vmd

Небось так и *.vmd у NCIPlota работает.

и оси придется вручную отключить.

Ну я не стал здесь прописывать "ортогонализацию", изменение цвета фона и отключение осей. Эти вещи в VMD мне показались достаточно интуитивными и не касающимися напрямую получения картинки из NCIPlot.

надо в Render выбрать Taychon

Для tga использовался интернальный Taychon, обычный не тестил.

GIMP прекрасно понимает tga

GIMP у меня когда то кажется был, но почему-то незапомнился.

Большое спасибо за рекомендации.

[alxyppv]

Пара моментов: если есть CUDA, то горазо выше качество получается если сделать Display->Rendermode->GLSL.

Я поставил версию с КУДОй, но пока в ней не разбирался.

"C:\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 12 %s -format Targa -o %s.tga -res 2000 2000

В "диалоговом режиме" я конечно работаю, но вообще я исторически привык искать кнопку по которой кликнуть, а не придумывать команду в консоль.

...
GIMP у меня когда то кажется был, но почему-то незапомнился.

GIMP - это просто бесплатный аналог фотошопа. Я в какой-то момент решил постараться минимизировать нелицензионный софт, и оказалось что для моих нужд GIMPа вполне достаточно.

Что касается "консольных команд" - так их там нет почти. Строчка, которую я привел, появляется сама в меню Render после выбора Taychon. Ее просто надо чуть-чуть отредактировать (ну типа название файа дать и разрешение поменять если надо)

А CUDA - там и не надо ничего дополнительного делать, VMD сам видит если есть CUDA, и тогда просто повляется возможность выбора режима GLSL.

[flip111]

Здравствуйте уважаемые форумчане! С установкой vmd с поддержкой CUDA, под linux были проблемы, но все же поставил. Все красиво и быстро.
Но теперь другая проблема, для частоты эксперимента нужно чтоб построение молекулы было через CPU а не GPU.
Возможно ли отключить Cuda?


Заранее спасибо если откликнитесь!

[uchebnik fiziki]

Но теперь другая проблема, для частоты эксперимента нужно чтоб построение молекулы было через CPU а не GPU.

Што?

[Beiri]

Возможно ли отключить Cuda?

Да, удаляйте драйвер видеокарты.