Визуализировать колебание

[Гесс]

Господа, вопрос возможно глупый, но чем/как можно визуализировать колебание если есть только геометрия, скажем

Geometry (in Angstrom), charge = 0, multiplicity = 1:

O 0.000000000000 -0.000000045102 -1.167573636709
C 0.000000000000 -0.000000045102 -0.000000002217
O 0.000000000000 0.000000078940 1.167573638373

и само колебание, скажем

Frequency: 673.84
Force constant: 0.0172
X Y Z mass
O 0.369 0.000 0.000 15.994915
C -0.853 0.000 0.000 12.000000
O 0.369 0.000 0.000 15.994915

(Для конкретного случая я уже из координат вижу что это будет изгиб, но хотелось бы именно визуализировать)

[amge]

Несложно преобразовать в molden format, только все координаты нужно перевести в bohr

Код: Выделить всё

[Molden Format]
[FREQ]
  673.84
[FR-COORD]
  O    0.0000000   -0.0000000   -1.1675736
  C    0.0000000   -0.0000000   -0.0000000
  O    0.0000000    0.0000000    1.1675736
[FR-NORM-COORD]
vibration   1
   0.369 0.000 0.000
  -0.853 0.000 0.000
   0.369 0.000 0.000

molden format, вроде, кроме самого молдена и некоторые другие программы понимают

[Гесс]

А какое разрешение должно быть у молденовского файла?
Попробовал открывать кемофисом и габедитом - пусто.
Буду опять ставить молден.

[Lantano]

Попробуйте .molden для Chemcraft.

[amge]

Еще из тех программ, что у меня стоят, molden format понимают (и анимируют колебания) jmol и wxMacMolPlt.

[Гесс]

Попробовал открывать кемофисом и габедитом - пусто.

Иногда мне стоит думать что я пишу. Кемкрафтом и Габедитом.

Попробуйте .molden для Chemcraft.

Попробовал, непомогло, однако спасибо ибо

Еще из тех программ, что у меня стоят, molden format понимают (и анимируют колебания) jmol и wxMacMolPlt.

"поставил" JMol и он файл с расширением .molden сьел и отобразил.

[amge]

файл с расширением .molden сьел и отобразил.

У меня было расширение .freq и тоже нормально. Вообще, в *nix и, соответственно, в программах с корнями оттуда принято тип файла определять по содержимому, так что расширение м.б. любым.