Сравнение скорости квантово-химических программ

[amge]

Не так давно Noel O'Boyle начал и к нему присоединились другие люди. Теперь уже есть на что посмотреть.
erkale - NWChem
DALTON - MPQC - NWChem - ORCA - Q-Chem
erkale - MPQC - PSI4 - NWChem
Gamess(US) - Firefly - Q-Chem
По моему мнению, тестовые задачки выбраны нежизненные, но все же какое-то представление о производительности различных программ получить можно.

[Yu/2]

Гауссиана нет. Автор, видимо, боится попасть в список http://www.bannedbygaussian.org :)

[amge]

Более того, в правилах тестирования так прямо и сказано: "And please, no Gaussian input files or results".

[Гесс]

С половиной пакетов незнаком, но если я правильно понимаю это надо читать как "ORCA и NWChem наше все (если может быть применено)"

[amge]

Не факт. Все же условия тестирования весьма специфические. Вот я прогнал через них Природу, получил 1.2 (HF) и 1.3 (B3LYP) мин/шаг. Т.е. весьма средние результаты. А взять большую молекулу, хороший базис и pure DFT функционал, а после еще гессиан посчитать - и все будет совсем по другому.

[Гесс]

А энергия и пр. хорошо совпали? Это впринципе оффтоп но не кинете ли ссылку, где то я видел говорилось о сравнении Природы то ли с Гауссинаом то ли с чем то "большим и толстым", типа доказательство что Природа считает быстро не потому что врет.

[Shorku]

А энергия и пр. хорошо совпали? Это впринципе оффтоп но не кинете ли ссылку, где то я видел говорилось о сравнении Природы то ли с Гауссинаом то ли с чем то "большим и толстым", типа доказательство что Природа считает быстро не потому что врет.

здравомыслящие люди трижды подумают, прежде чем устраивать тесты с участием гауссиана.

ЗЫ и у многих наверняка уже скопились примеры систем, где конкретный пакет почему-то лажает.

PSS Впрочем, бугагашеньки: http://www.intel.com/content/www/us/en/ ... ences.html

[Гесс]

здравомыслящие люди трижды подумают, прежде чем устраивать тесты с участием гауссиана.

А мне и ненужна критика Гауссиана, мне нужны экспериментальные, пердпочтительно публикнутые подтверждения что Природа это не только быстро но хорошо. Насчет "возьмите и сами и сравните" - уже взял и сравнил, хочу прсмотреть что люди насравнивали.

ЗЫ и у многих наверняка уже скопились примеры систем, где конкретный пакет почему-то лажает.

Гыыы. В моих расчетах легче найти проект где лажало все чем те в которых нелажало ничего. Ручки конечно из жопки, но пакеты имеют разную кривизну.

[kbob]

ORCA не учитывает симметрию (абелеву), PSI4 и NWCHEM учитывают. Возьмите молекулу с D2h и посчитайте, а потом молекулу с С1 - разница на порядки.
Есть алгоритмы in-memоry, out-of-memory в разных пакетах реализованы по разному в плане скорости.
В psi4 HF расчет ведеся с DF-базисом, а после схождения несколько итераций обычного HF. В ORCE без DF. Тоесть HF в базисе QZVP будет отличатся на порядок по времени выполнения.

Я могу найти задачу в которых psi4 будет обгонять ORCA на порядки, а могу в которой наоборот.
В чем смысл?
Я для себя открыл новый пакет erkale. и только.

[amge]

А энергия и пр. хорошо совпали? Это впринципе оффтоп но не кинете ли ссылку, где то я видел говорилось о сравнении Природы то ли с Гауссинаом то ли с чем то "большим и толстым", типа доказательство что Природа считает быстро не потому что врет.

Энергия HF (-644.6757062134) совпадает. В случае B3LYP (-648.5911688764) заметно различается. Думаю, это из-за того что были разные варианты B3LYP (как известно, их несколько). С другим функционалом (BLYP) было совпадение как по энергии, так и по оптимизированной геометрии:

Код: Выделить всё

http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimicheskie-priblizheniya/raznye-metody-raznye-znacheniya/msg325/#msg325
http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimicheskie-priblizheniya/raznye-metody-raznye-znacheniya/msg348/#msg348

Про сравнение Природы с Гауссианом знаю только одну статью, но там про хим. сдвиги. Подобные сравнения, тем более с Гауссианом, не приняты в научных работах.

Код: Выделить всё

Беляков П.А., Анаников В.П. "Моделирование спектров ЯМР и отнесение сигналов с помощью расчётов методом DFT/GIAO в режиме реального времени" // Изв.АН. Сер.хим., 2011, №5, стр.765-771.

По собственному опыту (несколько раз довелось пересчитывать Природой в PBE полученные как правило в гауссиане (B3LYP) результаты конформационного анализа) - по структуре конформеров и по их относительной энергии почти всегда совпадение. Различающиеся менее чем на 0.2 ккал/моль конформеры могут поменяться местами, не более того. Но это для обычных нейтральных соединений.

Резюмируя, мне не попадались случаи, чтобы Природа явно провиралась и чтобы это было связано именно с самой программой, а не с методом/базисом.

[Yurii]

здравомыслящие люди трижды подумают, прежде чем устраивать тесты с участием гауссиана.

А какие ресуры, в том числе и временные, требуются в других пакетах для расчета адамантан-1,3,5-триильного супердодекаэдрана C260F260 (M06-2X/6-311G(d), ЖСХ. 2013. Т. 54, №5)?

[Гесс]

Это додекаэдран, каждый атом С которого заменен на адамантан, а каждая связь заменена на этинильный фрагмент?
Оно удерживалось в икосаэдр-симметрии или считалось как C1?

[Yurii]

Ih, Opt(Tight) Integral(UltraFine), 9360 basis functions, время счета на 12-ти ядерной машине ~ 14 часов.

[VTur]

Yurii, есть сравнение результатов расчета с экспериментом?

[ Post made via Android ]

[alien308]

Хм, а можно поподробнее о фекалиях от Gaussian, Inc. Как то противоречит не только научной но и коммерческой практике.
Пусть мир знает своих героев.

[VTur]

Гауссиан нельзя сравнивать с дргими программами. А баги там есть

[ Post made via Android ]

[Yurii]

Yurii, есть сравнение результатов расчета с экспериментом?

Не думаю, что на данной стадии развития химии такое можно синтезировать: выводы из результатов расчета довольно интересные.