Запуск FireFly на Linux

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Запуск FireFly на Linux

Сообщение alien308 » Пн янв 27, 2014 7:08 pm

Распаковал firefly из файла firefly8_linux_mpich1-ssh.zip. Как я понял, в этом варианте библиотека параллелизации собрана статически и не требуется 32 битного MPI на 64 разрядной машине.
запускаю:
./firefly8 -i EXAM01.INP ./
получаю:
p0_6414: p4_error: semget failed for setnum: 0
Что делать?
Система Debian 7 (wheezy) 64 битная

comcon1
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср дек 18, 2013 12:12 pm

Re: Запуск FireFly на Linux

Сообщение comcon1 » Пн янв 27, 2014 7:41 pm

У нас такая ерора выскакивала при переполнении пула семафоров. Я нашел где-то в сети такой скрипт и пускал его. Вообще файр мы пускаем отдельным питонячим скриптом.


Вот скрипт чистки семафоров. Попробуйте.

#!/bin/bash

ME=`whoami`

IPCS_S=`ipcs -s | egrep "0x[0-9a-f]+ [0-9]+" | grep $ME | cut -f2 -d" "`
IPCS_M=`ipcs -m | egrep "0x[0-9a-f]+ [0-9]+" | grep $ME | cut -f2 -d" "`
IPCS_Q=`ipcs -q | egrep "0x[0-9a-f]+ [0-9]+" | grep $ME | cut -f2 -d" "`


for id in $IPCS_M; do
ipcrm -m $id;
done

for id in $IPCS_S; do
ipcrm -s $id;
done

for id in $IPCS_Q; do
ipcrm -q $id;
done

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Запуск FireFly на Linux

Сообщение alien308 » Пн янв 27, 2014 9:35 pm

Скрипт из под root-а запускать?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Запуск FireFly на Linux

Сообщение alien308 » Пн янв 27, 2014 9:54 pm

Запустил скрипт. Теперь так:

Код: Выделить всё

./firefly8 -i EXAM01.INP ./ 
Running on host debian-wheezy-000
 FATAL ERROR INITIALIZING FIREFLY! CHECK YOUR COMMAND LINE OPTIONS!
 ON MASTER NODE, ERROR CODE IS : 0x00000001
    Unable to open input file
Есть такой файл, что надо?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Запуск FireFly на Linux

Сообщение alien308 » Пн янв 27, 2014 10:32 pm

Для FF oказался слишком длинный путь до рабочей директории. Скопировал в директорию с коротим именем и поближе к корню -- запустилось.
"И сколько багов чудных готовит просвещенья дух"

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Запуск FireFly на Linux

Сообщение amge » Вт янв 28, 2014 4:27 am

ЧуднО! Возможно, это связано с другой фичей, заключающейся в том, что длина строки в инпут-файле не должна превышать 80, кажется, символов.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей