CFOUR

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

CFOUR

Сообщение Гесс » Чт фев 20, 2014 11:57 pm

У кого либо была ситуация чтобы CFOUR оптимизировал геометрию прочь от геометрии найденной другими прогами?
У меня
*CFOUR(CALC=CCSD,BASIS=cc-pVDZ)
*
с геометрией оптимизированной в молпро, пси4 и гауссиане в том же базисе. По идее минимум должен быть найден за 1 итерацию. Но какого то странного хрена геометрию начинает косить и колбасить десяток итераций вплоть до падения по причине несходимости.
С CALC=CCSD(T) то же самое

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Вс фев 23, 2014 12:10 am

Армянскоерадио само себе отвечает - очевидно лажа с конкретной структурой, не то нестабильность решения вблизи геометрии минимума не то еще какие то чудеса - CCSD(T) колбасило около 15 итераций вкривь и вкось, по геометрии и энергии, потом вернулось к практически исходной геометрии и энергии и потихоньку свелось. Счас пробую накручивать базис с применением для улучшения FCM файлов предыдущих расчетов - эффекта пока незаметно.

Распараллелить пока не пытался, но даже на одном ядре считает может в несколько раз медленнее чем Молпро на 16ти.

kbob
Сообщения: 1718
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: CFOUR

Сообщение kbob » Чт фев 27, 2014 8:59 am

Добрый день.
На странице http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour ... n.Features я увидел примечания (not part of the public release)
например
Multireference CC calculations (not part of the public release)
вы не вкурсе как приобрести непубличный релиз CFOUR? Это делается за деньги?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Чт фев 27, 2014 11:44 am

К сожалению не имею ни малейшего представления. Я бы предположил что это какие то фичи в разработке.
Можем написать письмо авторам, либо вы либо я, как вам больше нравится, потом выложим тут ответ.
Вы распараллеливали? А то чтото я кажется перехвалил скорость на одном проце, в случае опен-шелла не фонтан.

kbob
Сообщения: 1718
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: CFOUR

Сообщение kbob » Чт фев 27, 2014 1:13 pm

Гесс писал(а):К сожалению не имею ни малейшего представления. Я бы предположил что это какие то фичи в разработке.
Можем написать письмо авторам, либо вы либо я, как вам больше нравится, потом выложим тут ответ.
Вы распараллеливали? А то чтото я кажется перехвалил скорость на одном проце, в случае опен-шелла не фонтан.
У меня нет лицензии на CFOUR, но мне хотелось бы иметь аналитический градиент для MR-CCSD, который не является частью публичного релиза.
Вы кстати лицензионное соглашение отправляли факсом?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Чт фев 27, 2014 1:29 pm

Я планировал посылать письмом (в пределах германии дошло бы за день), но насколько я знаю у нас было "письмо от организации".
Вообщем я уточню у умных людей что я могу задавать Юрген Гауссу вопросы и напишу им куда то в сторону info@cfour.de
А в чем фишка MR-CCSD ? Так вам удалось распараллелить? А то я пока в сомнениях стоит ли мне за это браться, пока живых удачных примеров не видел - нехоцца.

kbob
Сообщения: 1718
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: CFOUR

Сообщение kbob » Чт фев 27, 2014 5:22 pm

Гесс писал(а):Я планировал посылать письмом (в пределах германии дошло бы за день), но насколько я знаю у нас было "письмо от организации".
Вообщем я уточню у умных людей что я могу задавать Юрген Гауссу вопросы и напишу им куда то в сторону info@cfour.de
А в чем фишка MR-CCSD ? Так вам удалось распараллелить? А то я пока в сомнениях стоит ли мне за это браться, пока живых удачных примеров не видел - нехоцца.
Я считаю переходное состояние с разрывом связи C-C, приходится использовать мультиреференсные методы.
Как начальное приближение взял CASSCF и NEVPT2 в ORCA, но для модельных соединений данные не совпали с экспериментом. Попробовал MRACPF и MRAQCC в Columbus - уже лучше, но имперические коррекции размерной консистентности, как то настораживают. В итоге перешел на MR-CCSD и MR-CCSD(T) в PSI4 - энергия активации для модельных соединений совпала с экспериментом с точностью ~5%. Причем в PSI4 хорошо учитывается симметрия, что резко уменьшает необходимый для расчетов размер оперативной памяти=увеличивает скорость.
Чем не удовлетворяет PSI4, так это тем что для MR-CCSD и MR-CCSD(T) градиент и гессиан получаются численным дифференциированием. Это иногда вызывает численные неустойчивости при поиске седловой точки.

Заметил, что в CFOUR есть аналитический градиент, вот и хочу попробовать.
Multireference CC Calculations

Multireference coupled-cluster calculations using Mukherjee's ansatz can be performed at the Mk-MRCCSD, Mk-MRCCSD(T), and Mk-MRCCSDT levels of theory using two-determinantal reference functions (i.e., TCSCF or open-shell singlet ROHF).

Analytic gradients are available at the Mk-MRCCSD and Mk-MRCCSDT levels of theory.
MR-CCSD я не паралелю, поскольку на один процесс требуется большое количество оперативной памяти, а на n процессов в n-раз больше.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Чт фев 27, 2014 5:43 pm

Перевирая ответ умных людей - это персональная фишка девелоперов, которую она не раздают.
Попробуйте у них таки получить лицензию и сразу запросить эту фичу, может они вам и дадут свою версию.
Мне в проблемы меня не касающиеся рекомендовано не лезть.

kbob
Сообщения: 1718
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: CFOUR

Сообщение kbob » Чт фев 27, 2014 8:16 pm

Гесс писал(а):Перевирая ответ умных людей - это персональная фишка девелоперов, которую она не раздают.
Попробуйте у них таки получить лицензию и сразу запросить эту фичу, может они вам и дадут свою версию.
Мне в проблемы меня не касающиеся рекомендовано не лезть.
С девелоперским фишечками я не связываюсь. :lol: Пусть додевелоперять сначало до ума, потом и воспользуюсь.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Чт фев 27, 2014 8:59 pm

Дык на шару же. В чем сложность то?

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: CFOUR

Сообщение Yu/2 » Пт фев 28, 2014 10:43 pm

Гесс писал(а):У кого либо была ситуация чтобы CFOUR оптимизировал геометрию прочь от геометрии найденной другими прогами?
В cfour по дефолту все электроны участвуют в корреляционном расчете. В других прогах чаще всего по дефолту остовные электроны заморожены. Проверяли это?

kbob
Сообщения: 1718
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: CFOUR

Сообщение kbob » Вс июн 01, 2014 11:06 am

Обнаружил, что вышла CFOUR V2.00beta
http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour ... RV2.00beta

очень много вкусностей.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Вс июн 01, 2014 2:14 pm

kbob писал(а):Обнаружил, что вышла CFOUR V2.00beta
http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour ... RV2.00beta

очень много вкусностей.
а распараллелить пробовали?
я поставил но не пытался, но как то долговато получается, если будет хоть один удачный пример - попробую.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: CFOUR

Сообщение Yu/2 » Пн июн 02, 2014 12:05 pm

Просто для информации. Если используете Intel Fortran 14.x, то осторожно с оптимизирующими ключами. А лучше вообще не используйте эту версию компилятра для Cfour.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Пн июн 02, 2014 12:10 pm

Yu/2 писал(а):Просто для информации. Если используете Intel Fortran 14.x, то осторожно с оптимизирующими ключами. А лучше вообще не используйте эту версию компилятра для Cfour.
У мну 13.0.1
CFOUR работает. Вопрос скорее о перспективах параллелизма.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: CFOUR

Сообщение Yu/2 » Пн июн 02, 2014 12:26 pm

А в чем проблема? Для Cfour v1 могу дать мои параметры к конф. скрипту для сборки с Intel Fortran, MKL и MPICH2.
Да, собственно, все описано у них на сайте.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Пн июн 02, 2014 12:38 pm

А ткните меня носом в правильное место сайта. А то я по нему лажу-лажу и нахожу только левую лажу.

--enable-mpi=vendor
--with-mpirun=prog
в компиляции? В инпутах-пбсах ничего дополнительно не пишется?
Счас попробуем накомпилить...

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: CFOUR

Сообщение Yu/2 » Пн июн 02, 2014 12:50 pm

Прямой линк для движка их сайта сложно дать. Но по шагам могу объяснить. С главной страницы cfour.de идем по ссылке Installation слева. Там на странице есть ссылка examples в пятой строке (если не считать заглавие).

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: CFOUR

Сообщение Yu/2 » Пн июн 02, 2014 12:55 pm

Параллельный cfour собирается с MPI несколько нетрадиционным образом. Там прямо на этапе конфигурирования перед сборкой нужно указывать строку запуска программ cfour через mpirun. Эта строка намертво потом вкомпилируется и можно только рулить переменной окружения CFOUR_NUM_CORES. Соответственно запуск идет не как обычно $ mpirun -mp xxx program.ex, а просто $ xcfour >& log.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: CFOUR

Сообщение Гесс » Пн июн 02, 2014 1:16 pm

Yu/2 писал(а):Прямой линк для движка их сайта сложно дать. Но по шагам могу объяснить. С главной страницы cfour.de идем по ссылке Installation слева. Там на странице есть ссылка examples в пятой строке (если не считать заглавие).
чето отконфигил, счас попробуем собрать и посмотреть на результат
Yu/2 писал(а):Параллельный cfour собирается с MPI несколько нетрадиционным образом. Там прямо на этапе конфигурирования перед сборкой нужно указывать строку запуска программ cfour через mpirun. Эта строка намертво потом вкомпилируется и можно только рулить переменной окружения CFOUR_NUM_CORES. Соответственно запуск идет не как обычно $ mpirun -mp xxx program.ex, а просто $ xcfour >& log.
Это наверное даже хорошо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 20 гостей