чем проверить DFT
чем проверить DFT
Господа, коллеги,
Тут столкнулся с такой, на первый взгляд неожиданной, но вполне известной проблеммой.
Опимизирую геометрию в оснвном состоянии (S0) - и в зависимости от функционала получаю различную геометрию. При этом разница настолько большая что в случае B3LYP и PBE0 получается симметричная (более или менее - Cs), а в случае функционалов группы миннесоты (M05 и M06[ -2X, -2HF]) - минимумом оказывается структура в корне различная (С1), при том что стартую с одной стартовой геометрии.
Решил проверить, а вдруг в случае М06 на кривой для Cs структыры тоже есть минимум. Увел стартовую геомтрию в Cs (а известно, что гауссиан например, не умеет выбираться из стартово заданой симметрии) и оптимизнул в М06. На выходе одна отрицательная частота, как раз в направлении оптимальной стректуры в сучае С1 стартовой геометрии (Cs ломается в C1).
Резюмируя, могу отметить только то что релаксированные геометрии совершенно разные.
И теперь собстывенно вопрос: нужаюсь в совете о том чем проверить (MP2, MP3, CASSCF ???) правильность (достоверность) геометрии того или иного функционала.
Оптимизируемая структура (серия структур) на 30+- 10 атомов, из которых легких (Н) только 10, остальные CNO. Basis- Данинговский TZ (++**).
Заранее признателен за любые наводки.
Тут столкнулся с такой, на первый взгляд неожиданной, но вполне известной проблеммой.
Опимизирую геометрию в оснвном состоянии (S0) - и в зависимости от функционала получаю различную геометрию. При этом разница настолько большая что в случае B3LYP и PBE0 получается симметричная (более или менее - Cs), а в случае функционалов группы миннесоты (M05 и M06[ -2X, -2HF]) - минимумом оказывается структура в корне различная (С1), при том что стартую с одной стартовой геометрии.
Решил проверить, а вдруг в случае М06 на кривой для Cs структыры тоже есть минимум. Увел стартовую геомтрию в Cs (а известно, что гауссиан например, не умеет выбираться из стартово заданой симметрии) и оптимизнул в М06. На выходе одна отрицательная частота, как раз в направлении оптимальной стректуры в сучае С1 стартовой геометрии (Cs ломается в C1).
Резюмируя, могу отметить только то что релаксированные геометрии совершенно разные.
И теперь собстывенно вопрос: нужаюсь в совете о том чем проверить (MP2, MP3, CASSCF ???) правильность (достоверность) геометрии того или иного функционала.
Оптимизируемая структура (серия структур) на 30+- 10 атомов, из которых легких (Н) только 10, остальные CNO. Basis- Данинговский TZ (++**).
Заранее признателен за любые наводки.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: чем проверить DFT
я такое ловил для олигомеров воды - кардинально разные минимумы.
А если попробовать CCSD/L1 в природе, думаете не влезет? Для самой мелкой молекулы чтобы посмотреть кто из двух вариантов верный.
есть еще СС2 но у меня с ним результаты не совпадали с ССSD (в частотах, не в геометрии).
Ну и да, MP2 тоже наше все.
А если попробовать CCSD/L1 в природе, думаете не влезет? Для самой мелкой молекулы чтобы посмотреть кто из двух вариантов верный.
есть еще СС2 но у меня с ним результаты не совпадали с ССSD (в частотах, не в геометрии).
Ну и да, MP2 тоже наше все.
Re: чем проверить DFT
Пересчитайте все снова, но принудительно снимите симметрию.
А проверка МР2
[ Post made via Android ]
А проверка МР2
[ Post made via Android ]
После отстоя требуйте долива
Re: чем проверить DFT
Да, о минесоте - у них есть серия новых функционалов, вшитых в Д-версию гауссиана. Если у вас ее нет но ваша задача маленькая и кошерненькая - могу прогнать.
Re: чем проверить DFT
Возможно я неправ, но вот эту фразуVTur писал(а):Пересчитайте все снова, но принудительно снимите симметрию.
я понял как "выглядящая симметрично но считаемая в C1". Так что боюсь это не решение проблемы.surius писал(а): в случае B3LYP и PBE0 получается симметричная (более или менее - Cs), а в случае функционалов группы миннесоты (M05 и M06[ -2X, -2HF]) - минимумом оказывается структура в корне различная (С1)
Re: чем проверить DFT
Просто здесь орбитали КШ. И используется оптимальная электронная плотность, а симметрия хороша для ХФ. Наложение симметрии - дополнительное условие, которое может приводить к появллению пупыря в минимуме на ППЭ
[ Post made via Android ]
[ Post made via Android ]
После отстоя требуйте долива
Re: чем проверить DFT
Ого-го, почти аншлаг собрался. Спасибо за проявленный интерес.
И так попорядку.
С одной стороны интересно, с другой боюсь укасть у вас время и не получить профита. Минимально есть 30 атомов (20 не Н) и ниже 6-311+g(d,p) не годиться, к сожалению.
Интересуюсь на предмет того, что у меня подруками только средне/мало производительный ноутбук и доступ до нескольких кластерных машин, но не на одной из них нет Природы.
MP2 запустил считать некоторое время назад, еще в процессе.
И так попорядку.
С таки да, без дифф. функций совсем никак, плюс к имеющемуся в последующие шаги должны включать в себя такую же оптимизацию сопряженного основания A- - а это уже анионная форма (HA= H+ + A-)alxyppv писал(а):А если диффузные функции убрать? или без них никак?
Новая версия это как? уже не М06? или они просто чуть условия перепараметризации поменяли?Гесс писал(а):Да, о минесоте - у них есть серия новых функционалов, вшитых в Д-версию гауссиана. Если у вас ее нет но ваша задача маленькая и кошерненькая - могу прогнать.
С одной стороны интересно, с другой боюсь укасть у вас время и не получить профита. Минимально есть 30 атомов (20 не Н) и ниже 6-311+g(d,p) не годиться, к сожалению.
а у вас природа на кластере (ск, гриде) стоит или на личной машине?Гесс писал(а):А если попробовать CCSD/L1 в природе, думаете не влезет? Для самой мелкой молекулы чтобы посмотреть кто из двух вариантов верный.
Интересуюсь на предмет того, что у меня подруками только средне/мало производительный ноутбук и доступ до нескольких кластерных машин, но не на одной из них нет Природы.
VTur писал(а):Пересчитайте все снова, но принудительно снимите симметрию.
А проверка МР2
Правильно абсолютно, выглядит как Cs, но по факту считалась в условиях C1. Тут то и самый цимес. Для B3LYP что Cs, что C1 дают практически одинаковые значения энергий и геометрий тоже, конечно (длины связей и углов до 3 знака равны). А вот в миннесоте, различия просто фатальные. плюс к этому Cs, не является минимумом вовсе (1 мнимая частота).Гесс писал(а):я понял как "выглядящая симметрично но считаемая в C1". Так что боюсь это не решение проблемы.
MP2 запустил считать некоторое время назад, еще в процессе.
строго говоря я стартовал с разной геометрии (и Cs, и Cslike (C1 в действительности) , да и просто откровенного С1- далеко от Cs). Вне зависимости от этого результат зависит только от функционала.VTur писал(а):Просто здесь орбитали КШ. И используется оптимальная электронная плотность, а симметрия хороша для ХФ. Наложение симметрии - дополнительное условие, которое может приводить к появллению пупыря в минимуме на ППЭ
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
- Лечащий Врач
- Сообщения: 382
- Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
- Контактная информация:
Re: чем проверить DFT
И я не удержусь
Тут уже вопрос не "чем проверить DFT", а "можно ли выделить координату, которой отвечает двухъямный потенциал в одних методах и одноямный в других". Из традиционных примеров я знаю перенос протона в некоторых симметричных окружениях.
По идее, расчет в Cs уже ответ дал, что это за координата, впрочем.
Проверять обязательно MP2 (если посчитали миннесотовскими функционалами, то и MP2 потянете), а дальше думать о природе системы. Потому что никто не говорит, что MP2 всегда право. Есть экспериментальные данные по похожим?
И да, конечно, если речь идет о растворах (судя по возникающему термину "сопряженное основание"), проверьте, как себя та же система ведет в PCM.
Тут уже вопрос не "чем проверить DFT", а "можно ли выделить координату, которой отвечает двухъямный потенциал в одних методах и одноямный в других". Из традиционных примеров я знаю перенос протона в некоторых симметричных окружениях.
По идее, расчет в Cs уже ответ дал, что это за координата, впрочем.
Проверять обязательно MP2 (если посчитали миннесотовскими функционалами, то и MP2 потянете), а дальше думать о природе системы. Потому что никто не говорит, что MP2 всегда право. Есть экспериментальные данные по похожим?
И да, конечно, если речь идет о растворах (судя по возникающему термину "сопряженное основание"), проверьте, как себя та же система ведет в PCM.
Re: чем проверить DFT
Т.е. писали в явном виде NoSymm?
Просто при генерации внутренних координат гауссиан может сохранять исходное число степеней свободы по своему усмотрению, исходя из стартовой геометрии. Поэтому желательно всегда писать в явном виде.
Просто при генерации внутренних координат гауссиан может сохранять исходное число степеней свободы по своему усмотрению, исходя из стартовой геометрии. Поэтому желательно всегда писать в явном виде.
После отстоя требуйте долива
Re: чем проверить DFT
Эммм, но он пишет в ходе расчета в какой точченой группе он считает. И в архивном блоке это тоже указывается. Разве С1 там недостаточно чтобы быть уверенным что он не повысил себе симметрию? (да и вообще он ее вроде в ходе расчета не повышает, только если на старте определит симметрию то потом может сбросить, обратного процесса я еще не видел хотя у меня все мои штуки симметричные).VTur писал(а):Т.е. писали в явном виде NoSymm?
Просто при генерации внутренних координат гауссиан может сохранять исходное число степеней свободы по своему усмотрению, исходя из стартовой геометрии. Поэтому желательно всегда писать в явном виде.
Re: чем проверить DFT
Не знаю, но Бейдеровский анализ чуть лучше идет, если указать NoSymm.
С1 еще не значит, что все внутренние координаты будут различными.
С1 еще не значит, что все внутренние координаты будут различными.
После отстоя требуйте долива
Re: чем проверить DFT
Здравствуйте,
интересно, а какая разница в энергии между структурами Cs (седловая точка) и C1 согласно M06? Около 0,5 ккал/моль? Сложно что-то предполагать не видя структуры. Мне кажется, было бы интересно попробовать M06, но с более тонкой сеткой интегрирования (это беда M06*). Интересно также посмотреть на другие современные ф-лы, например B3LYP-D3(BJ) или B97XD. Если они поддержат M06 - возможно дело в нековалентных вз-иях.
На мой субъективный взгляд, проверить теорию можно только толковым экспериментом...
интересно, а какая разница в энергии между структурами Cs (седловая точка) и C1 согласно M06? Около 0,5 ккал/моль? Сложно что-то предполагать не видя структуры. Мне кажется, было бы интересно попробовать M06, но с более тонкой сеткой интегрирования (это беда M06*). Интересно также посмотреть на другие современные ф-лы, например B3LYP-D3(BJ) или B97XD. Если они поддержат M06 - возможно дело в нековалентных вз-иях.
На мой субъективный взгляд, проверить теорию можно только толковым экспериментом...
Кто смел тот и съел
Re: чем проверить DFT
Ну, строго говоря вы правы, разница между С1 и Сs и есть около 0.001hartree (0.6kcal). Ваше предложение прогнать с более тонкой сеткой выглядит весьма разумным. По крайней мере это легко сделать. Сейчас поставлю.YuraM писал(а):Здравствуйте,
интересно, а какая разница в энергии между структурами Cs (седловая точка) и C1 согласно M06? Около 0,5 ккал/моль? Сложно что-то предполагать не видя структуры. Мне кажется, было бы интересно попробовать M06, но с более тонкой сеткой интегрирования (это беда M06*).
Про современные функционалы, тут все не однозначно. Я прогнал структуру в B3LYP, PBE0, CAM-B3LYP, M06, M062X. Первые 2 (B3LYP, PBE0) дают Cs, все другие + HF+ MP2 приводят к C1. В тоже время, для некоторый других схожих (другие заместители) соединений B3LYP, PBE0 поддерживают остальные функционалы. Короче говоря, не могу определить той закономерности (причины) которая ведет к краху.YuraM писал(а):Интересно также посмотреть на другие современные ф-лы, например B3LYP-D3(BJ) или B97XD. Если они поддержат M06 - возможно дело в нековалентных вз-иях.
А по поводу функционалов с поправкой D3, D3BJ - не уверен, что они тут так уж важны. в конце концов речь не идет о межмолекулярном взаимодействии типа стакингов - просто молекула.
Да я согласен с вам абсолютно, только смею вас заверить, мне пока не известны пути синтезировать те объекты которые я сейчас считаю (а я, собственно, один из пионеров этой химии )YuraM писал(а):На мой субъективный взгляд, проверить теорию можно только толковым экспериментом...
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: чем проверить DFT
Ну оно явно невредно посмотреть. Для готовых геометрий можно очень быстро достать дисперсионную поправку с помощью DFT-D3.surius писал(а): А по поводу функционалов с поправкой D3, D3BJ - не уверен, что они тут так уж важны. в конце концов речь не идет о межмолекулярном взаимодействии типа стакингов - просто молекула.
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.ph ... ng=english ставится само.
То есть скажем взять обе оптимизированные геометрии, сделать их синглпоинты в одном и том же методе а потом скормить их в DFT-D3 и посмотреть на энергии без и с поправкой.
Можно делать оптичизацию с D3 коррекцией, например в орке.
Re: чем проверить DFT
ну так оно строго говоря можно и в Г09 замутить.Гесс писал(а): Ну оно явно невредно посмотреть. Для готовых геометрий можно очень быстро достать дисперсионную поправку с помощью DFT-D3.
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.ph ... ng=english ставится само.
То есть скажем взять обе оптимизированные геометрии, сделать их синглпоинты в одном и том же методе а потом скормить их в DFT-D3 и посмотреть на энергии без и с поправкой. Можно делать оптичизацию с D3 коррекцией, например в орке.
Сейчас и это поставлю, для очистки совести.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: чем проверить DFT
Вести с полей
1. В описаном ранее конфликтном случае MP2 отдал предпочтение структуре с симметрией C1 (т.е. как и функционал группы миннесота 06)
2. Так же для очистки совести пересчитал (пер оптимизировал) структуры в М06, но с Grid=UltraFine (по совету, YuraM в связи с известной особенностью функционалов граппы M06) - к сожалению/счастью (нужное подчеркнуть) картина практически не изменилась (длины связей - во 2-3 знаке, углы в первом).
3. Примененная дисперсионная поправка практически не оказала никакого эффекта.
В общем надеюсь, на Гесса и его CCSD/L1. Если подтвердит MP2 (M06) - ок и поехали дальше, если нет -ХЗ
1. В описаном ранее конфликтном случае MP2 отдал предпочтение структуре с симметрией C1 (т.е. как и функционал группы миннесота 06)
2. Так же для очистки совести пересчитал (пер оптимизировал) структуры в М06, но с Grid=UltraFine (по совету, YuraM в связи с известной особенностью функционалов граппы M06) - к сожалению/счастью (нужное подчеркнуть) картина практически не изменилась (длины связей - во 2-3 знаке, углы в первом).
3. Примененная дисперсионная поправка практически не оказала никакого эффекта.
В общем надеюсь, на Гесса и его CCSD/L1. Если подтвердит MP2 (M06) - ок и поехали дальше, если нет -ХЗ
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: чем проверить DFT
боюсь даром надеетесь.
за 126 часов он не сделал даже одного шага оптимизации. Памяти ему хватило на 400-500% эффективность (то есть в работе 5 ядер из .
Как вам вот такая строчечка?
Можно попробовать пойти в СС2 в PSI4 или Turbomole.
за 126 часов он не сделал даже одного шага оптимизации. Памяти ему хватило на 400-500% эффективность (то есть в работе 5 ядер из .
Как вам вот такая строчечка?
Я еще недельку постерегу его, если ко мне не придут добрые люди с недобрыми словами и если процесс не наладится то наверное придется убить.time: integral transformation : 601353.7 [ 88316.8 86689.2[...]
Можно попробовать пойти в СС2 в PSI4 или Turbomole.
Re: чем проверить DFT
охо-хо. Миленько он колом встал. Даже не знаю что и сказать, с одной стороны верилось (хотелось верить) что хотя бы одну итерацию он совершит. Гасите неверное его, чего впустую токи гонять, да диски перемагничивать. А жаль.Гесс писал(а):боюсь даром надеетесь.
за 126 часов он не сделал даже одного шага оптимизации. Памяти ему хватило на 400-500% эффективность (то есть в работе 5 ядер из .
Как вам вот такая строчечка?Я еще недельку постерегу его, если ко мне не придут добрые люди с недобрыми словами и если процесс не наладится то наверное придется убить.time: integral transformation : 601353.7 [ 88316.8 86689.2[...]
Можно попробовать пойти в СС2 в PSI4 или Turbomole.
Поставил сегодня его в G09 в CCSD/3-21g, посмотрим, если за вменяемое время пройдет, то пойду клянчить сотню гигов памяти и неделю времени. (сильно сомневаюсь).
В любом случае, Гесс, спасибо за попытку.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: чем проверить DFT
В орке делали? У неё же нет аналитического градиента в вариантах CCSD. У меня тоже при попытках оптимизации чего-нибудь серьёзного встаёт колом и не двигается. Сделает несколько первых градиентов и зависнет.Гесс писал(а):боюсь даром надеетесь.
за 126 часов он не сделал даже одного шага оптимизации. Памяти ему хватило на 400-500% эффективность (то есть в работе 5 ядер из .
Как вам вот такая строчечка?Я еще недельку постерегу его, если ко мне не придут добрые люди с недобрыми словами и если процесс не наладится то наверное придется убить.time: integral transformation : 601353.7 [ 88316.8 86689.2[...]
Можно попробовать пойти в СС2 в PSI4 или Turbomole.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей