нафталин, MP2, сёдла и книги

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Ср мар 26, 2014 11:54 am

Прочитав сообщение:
viewtopic.php?t=28803&p=775751
sanya1024 писал(а):MP2 действительно, бывает, врет чудовищно. Классический пример: в MP2 плоский нафталин -- это седло. Там мнимая частота соответствует складыванию "книжкой". А в MP4 в том же 6-31G* базисе все становится на места.
попробовал посчитать нафталин методом MP2 в орке. Книжек, сёдел и отрицательных частот не обнаружил. Оптимизируется в плоский блин.

Код: Выделить всё

!PAL4
!MP2 RHF 6-31G(d)  TightSCF slowconv Opt NumFreq
! NODIIS
%scf
DirectResetFreq 1
end

%geom
TolE 5e-6
TolRMSG 1e-5 # RMS gradient (a.u.)
TolMaxG 1e-5 # Max. element of gradient (a.u.)
TolRMSD 1e-5 # RMS displacement (a.u.)
TolMaxD 1e-5 # Max. displacement (a.u.)
end

%mp2 MaxCore 10000
end

* xyz 0 1
  C     -0.000053    0.716661    0.122552
  C      0.000053   -0.716661    0.144119
  C      1.242484    1.404573    0.125131
  C      1.242461   -1.404604    0.127328
  C     -1.242460    1.404604    0.139346
  C     -1.242484   -1.404572    0.141535
  C      2.434390    0.707809    0.114285
  C      2.434431   -0.707872    0.124534
  C     -2.434431    0.707871    0.142131
  C     -2.434391   -0.707809    0.152374
  H      1.241695    2.493946    0.116077
  H      1.241747   -2.493978    0.136392
  H     -1.241747    2.493978    0.130288
  H     -1.241695   -2.493946    0.150589
  H      3.379339    1.246834    0.113019
  H      3.379318   -1.246921    0.114987
  H     -3.379318    1.246921    0.151676
  H     -3.379339   -1.246835    0.153632
*

Оптимизированная геометрия

Код: Выделить всё

---------------------------------
CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
---------------------------------
  C     -0.000053    0.716661    0.122551
  C      0.000053   -0.716661    0.144117
  C      1.242484    1.404573    0.125131
  C      1.242461   -1.404604    0.127325
  C     -1.242460    1.404604    0.139343
  C     -1.242484   -1.404572    0.141535
  C      2.434390    0.707809    0.114287
  C      2.434431   -0.707872    0.124534
  C     -2.434431    0.707871    0.142131
  C     -2.434390   -0.707809    0.152377
  H      1.241695    2.493946    0.116078
  H      1.241747   -2.493978    0.136388
  H     -1.241747    2.493978    0.130282
  H     -1.241695   -2.493946    0.150589
  H      3.379339    1.246834    0.113024
  H      3.379318   -1.246921    0.114988
  H     -3.379318    1.246921    0.151677
  H     -3.379339   -1.246835    0.153637
Частоты нормальных колебаний

Код: Выделить всё

-----------------------
VIBRATIONAL FREQUENCIES
-----------------------
   0:         0.00 cm**-1
   1:         0.00 cm**-1
   2:         0.00 cm**-1
   3:         0.00 cm**-1
   4:         0.00 cm**-1
   5:         0.00 cm**-1
   6:       169.64 cm**-1
   7:       182.37 cm**-1
   8:       225.24 cm**-1
   9:       361.11 cm**-1
  10:       369.84 cm**-1
  11:       440.12 cm**-1
  12:       449.56 cm**-1
  13:       485.12 cm**-1
  14:       514.07 cm**-1
  15:       522.12 cm**-1
  16:       631.20 cm**-1
  17:       709.57 cm**-1
  18:       762.68 cm**-1
  19:       781.66 cm**-1
  20:       807.93 cm**-1
  21:       814.76 cm**-1
  22:       818.41 cm**-1
  23:       860.80 cm**-1
  24:       870.76 cm**-1
  25:       872.73 cm**-1
  26:       891.68 cm**-1
  27:       944.11 cm**-1
  28:      1058.86 cm**-1
  29:      1071.18 cm**-1
  30:      1165.88 cm**-1
  31:      1193.73 cm**-1
  32:      1212.67 cm**-1
  33:      1213.35 cm**-1
  34:      1275.97 cm**-1
  35:      1284.04 cm**-1
  36:      1312.35 cm**-1
  37:      1439.47 cm**-1
  38:      1471.21 cm**-1
  39:      1495.23 cm**-1
  40:      1514.78 cm**-1
  41:      1520.23 cm**-1
  42:      1585.89 cm**-1
  43:      1646.07 cm**-1
  44:      1662.24 cm**-1
  45:      1709.33 cm**-1
  46:      3206.43 cm**-1
  47:      3207.44 cm**-1
  48:      3209.31 cm**-1
  49:      3211.65 cm**-1
  50:      3227.63 cm**-1
  51:      3227.91 cm**-1
  52:      3240.49 cm**-1
  53:      3241.38 cm**-1
Что бы это значило?

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Ср мар 26, 2014 12:33 pm


kbob
Сообщения: 1995
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение kbob » Ср мар 26, 2014 12:38 pm

Базис какОй-то странный 6-31G(d) для MP2. Возьмите cc-pVTZ.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Ср мар 26, 2014 1:33 pm

Так с этим базизом книжки с сёдлами должны получатся, а не получаются. С большими базисами тоже артефактов не замечено.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение amge » Ср мар 26, 2014 1:37 pm

alien308 писал(а):попробовал посчитать нафталин методом MP2 в орке. Книжек, сёдел и отрицательных частот не обнаружил.
В той же теме несколько ранее было родственное обсуждение. Тут и далее. И там же ссылка на статью, подтверждающая небезосновательность того, о чем писала sanya1024: Popular Theoretical Methods Predict Benzene and Arenes To Be Nonplanar. Попробуйте с теми базисами, что в этой статье.

И вообще, в свете работ Шишкина неплоская ароматика не видится таким уж голимым артефактом :).

kbob
Сообщения: 1995
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение kbob » Ср мар 26, 2014 2:13 pm

Detailed mathematical analysis reveals that an insidious, geometry-dependent, two-electron basis set incompleteness error (BSIE) is responsible for the problem and that balanced, correlation-consistent constructions of basis sets are generally required to ensure reliable predictions for arenes with correlated wave functions.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Ср мар 26, 2014 9:50 pm

незаметно подкрадывающияся ошибка -- это сильно :)

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Ср мар 26, 2014 10:14 pm

Спасибо за статью, попробую ещё потрясти.

kbob
Сообщения: 1995
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение kbob » Чт мар 27, 2014 4:41 am

Вспомнил в связи с этим N6-бензол.
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/j100205a037
Думаю пересчитать на уровне CCSD(T)
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение amge » Чт мар 27, 2014 1:48 pm

kbob писал(а):Вспомнил в связи с этим N6-бензол.
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/j100205a037
Думаю пересчитать на уровне CCSD(T)
Если надумаете, у меня есть несколько структур, не представленных в этой статье (до кучи):

Код: Выделить всё

http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/N6/

kbob
Сообщения: 1995
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение kbob » Чт мар 27, 2014 2:14 pm

amge писал(а):
kbob писал(а):Вспомнил в связи с этим N6-бензол.
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/j100205a037
Думаю пересчитать на уровне CCSD(T)
Если надумаете, у меня есть несколько структур, не представленных в этой статье (до кучи):

Код: Выделить всё

http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/N6/
Бартлет в свое время понасчитал вагон таких структур.
http://www.clas.ufl.edu/users/rodbartl/ ... Tobita.pdf

Энергия активации разложения только не извесна.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: нафталин, MP2, сёдла и книги

Сообщение alien308 » Вт апр 01, 2014 9:14 pm

Попробую посмотреть, когда доберусь. А нафталин у меня пока упорно плоский, правда не все базисы попробовал.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей