Теоретический ИК спектр

вопросы строения молекул и квантовой химии
Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Чт апр 24, 2014 4:43 pm

Подскажите пожалуйста, имеются результаты расчета молекул в гауссиане, в результате так же получен теоретический ИК спектр, визуально можно провести отнесение частот к типу колебания в гаусвью. Но, как можно определить (оценить) вклад данного типа колебаний на суммарный пик поглощения?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Чт апр 24, 2014 9:21 pm

Нужно брать производную от частоты этого колебания по силовым постоянным всех координат и смотреть вклад. Вроде, в каких-то пакетах это реализовано. Типа внутренний колебательный анализ. Не помню. Посмотрите ГАМЕСС.
После отстоя требуйте долива

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Чт апр 24, 2014 9:27 pm

А можно чуточку подробней, а то я знаю про гамесс только по наслышке?!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение amge » Пт апр 25, 2014 6:50 am

Rupreht писал(а):как можно определить (оценить) вклад данного типа колебаний на суммарный пик поглощения?
Немного непонятно, что Вы имеете в виду. Суммарный пик поглощения - это неразрешенный пик (как в реальном спектре), в котором наложились несколько отдельных нормальных колебаний? Или это пик одного единственного сложного нормального колебания, а определить требуется вклад колебательного движения отдельного фрагмента?

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Пт апр 25, 2014 8:31 am

Именно оценить вклад в неразрешенный пик частоты конкретного колебания.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение amge » Пт апр 25, 2014 11:15 am

Тогда почему не отношение интенсивности конкретного колебания к сумме интенсивностей всех колебаний, попадающих в неразрешенный пик?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Пт апр 25, 2014 12:04 pm

Rupreht писал(а):Именно оценить вклад в неразрешенный пик частоты конкретного колебания.
А! Я понял немного по-другому. Но, если будет полезно, Глава 8, параграфы 1-3
Коптев Расчет колебаний молекул.pdf
После отстоя требуйте долива

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Пт апр 25, 2014 2:08 pm

спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Пт апр 25, 2014 3:08 pm

Rupreht писал(а):спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)
Ну, тогда, я понял правильно. Читайте ту книгу, что я подгрузил.

В ГАМЕССе это как-то реализовано
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9594
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Гесс » Пт апр 25, 2014 5:08 pm

Rupreht писал(а):спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Пт апр 25, 2014 8:23 pm

VTur писал(а): Ну, тогда, я понял правильно. Читайте ту книгу, что я подгрузил.

В ГАМЕССе это как-то реализовано
Книга хорошая, не спорю, но она не отвечает на мой основной вопрос, как это сделать (так, чтобы, извините, не вручную сидеть и пересчитывать интенсивности и.т.п.).
Повторюсь, расчеты проводил в гауссиан, логи уже есть со спектрами, соответственно можно ли этот лог открыть, допустим в гамесс и получить то что я хочу.
А то пардон, получается что я спрашиваю как сварить сардельку, а мне начинают рассказывать об основах животноводства.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Пт апр 25, 2014 11:04 pm

В ГАМЕССе пересчитывать не хотите?

Сделайте рестарт в ГАУССИАНЕ с freq(readfc,InternalModes). Но конкретизацию выдачи нужно смотреть в каких-то статьях по этому поводу.
После отстоя требуйте долива

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Сб апр 26, 2014 1:28 pm

Пересчитывать не особенно хочется, т.к. время поджимает.

Спасибо за совет, попробую (подскажите только как сделать рестарт), банально запустить расчет этого же файла или указывать ещё доп параметры для рестарта (ну помимо, разумеется, того что Вы советовали)?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Сб апр 26, 2014 2:04 pm

В директорию Scratch помещаете тот же chk файл и пишите
%chk=тотжеchk
# freq(readfc,InternalModes) int=ultrafine geom=allcheck guess=read
За секунду пересчитается

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение amge » Пн апр 28, 2014 11:01 am

Rupreht писал(а):лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота.
Может, пригодится: молден рисует интерактивный спектр - тыкаешь в нем на какую-нибудь полосу, и он визуализирует колебание и показывает соответствующую строчку в таблице частот.
Rupreht писал(а):Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)
Думаю, что готового софта, который делает все это, просто не существует: слишком узкоспециальная задача (если я правильно ее понимаю). Но могу легко написать скрипт, которому указываешь интервал частот, а он парсит лог и печатает частоты, попадающие в этот интервал, и их вклады.

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Пн апр 28, 2014 6:07 pm

Посмотрите софт в приложении. запускается через командную строку. Пишем:FtirF.exe name.log
Есть ли альтернатива данной программе?

не смог добавить как вложение, вот ссылка на яндекс диск http://yadi.sk/d/4no_ZejFNXzsp

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение VTur » Пн апр 28, 2014 8:10 pm

Rupreht, вы пересчитали спектр во внутренних координатах Гауссиана? Там должны быть вклады от координат

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение amge » Вт апр 29, 2014 6:21 am

Rupreht, помните, я спрашивал, что же Вы хотите анализировать:
- неразрешенный пик (как в реальном спектре), в котором наложились несколько отдельных нормальных колебаний?
- или пик одного единственного сложного нормального колебания, а определить требуется вклад колебательного движения отдельного фрагмента?
Тогда Вы выбрали 1-й вариант. А сейчас интересуетесь программой, которая отвечает на 2-й вопрос. В итоге я окончательно запутался, что нужно.
Rupreht писал(а):Есть ли альтернатива данной программе?
Насколько я понимаю, именно ее и предлагает VTur.

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение Rupreht » Вт апр 29, 2014 8:30 am

Извиняюсь, сам уже запутался. Первый вариант можно сделать и в гаусвью, второй вариант сложнее и он то в основном и вызывал вопрос. Ситуация более менее прояснилась. Спасибо

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Теоретический ИК спектр

Сообщение amge » Вт апр 29, 2014 10:16 am

Rupreht писал(а):второй вариант сложнее и он то в основном и вызывал вопрос.
Нечто родственное обсуждалось: viewtopic.php?f=11&t=49893

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Tonnie Fox и 2 гостя