Молекулярный докинг непротеинов

[Rusia]

Занимался ли кто-то докингом, где в качестве макромолекулы выступает соединение без аминокислот?

Потому как софта, который такое может очень мало либо очень платный.

[uchebnik fiziki]

Что конкретно интересует? Классическим программам докинга довольно-таки всё равно, что выступает в качестве рецептора. Всё упирается в доступность параметров.

[Rusia]

Конкретно - цепочка производного целлюлозы-амилозы (достаточно длинная) и в качестве лиганда - фонтурацетам.

[uchebnik fiziki]

У этой цепочки есть чётко выраженный карман для связывания?

[Rusia]

Да, туда это молекула вполне свободно может помещаться. Но там этик карманов достаточно много.

[uchebnik fiziki]

Если совсем свободно, то это не совсем карман. Впрочем, ваш метод выбора -- в любом случае AutoDock, у меня коллега им чуть ли не в цеолиты докировал. Поставьте только сэмплинг побольше: результаты анализировать придётся долго, зато надёжно.

Либо если вы хотите совсем честно -- молдинамика, в том числе steered. Но это долго.

[Rusia]

Оказывается, glide вполне нормально генерирует рецепоры для непротеинов. Только надо в различных местах генерировать, так как окно поиска рецепторов маленькое.

У аутодока гораздо больше проблем с интерфейсом и созданием инпута.

[uchebnik fiziki]

да ладно, чем вам MGLTools не угодили? Лучше всё-таки не в разных местах генерить, а один большой бокс, методически это вернее.

[Rusia]

чем вам MGLTools не угодили?

Скажем так, не самым удобным и интуитивно понятным интерфейсом.

Лучше всё-таки не в разных местах генерить, а один большой бокс, методически это вернее.

Вот с этим согласен, ещё буду пытаться заставить его работать, как мне нужно.

[uchebnik fiziki]

чем вам MGLTools не угодили?

Скажем так, не самым удобным и интуитивно понятным интерфейсом.

Ну с make_receptor опенаевским не сравнить, конечно, но сделать там всё необходимое при использовании инструкций несложно. Да и другие альтернативные интерфейсы подготовки есть.

Лучше всё-таки не в разных местах генерить, а один большой бокс, методически это вернее.

Вот с этим согласен, ещё буду пытаться заставить его работать, как мне нужно.

Вам надо ещё убедиться, что у него везде используются оценки на силовом поле или максимально к нему приближенные. Оценочные функции другой природы (эмпирические, например) могут сильно врать при рецепторах небелковой природы, а если они используются при оптимизации позы, это важно. Ну я думаю, что вы и без меня это понимаете.