FireFly виснет

[Ruevit]

Столкнулся со следующей проблемой:
FureFly виснет, не выдает ошибки, просто в Out-файле прекращают происходить изменения, объем занимаемой памяти не меняется, загрузка ядер меняется в зависимости от наличия или отсутствия других приложений, в таком состоянии он может находиться несколько суток, сколько хватало терпения.
Если кто-то сталкивался с такой проблемой и смог ее решить, подскажите, пожалуйста, как с этим бороться.

[Shorku]

я не специалист, да и firefly не пользовался, но очень похоже на что-нибудь типа дедлока, программа в этот момент использует всю выделенную ей оперативную память? может, существенное увеличение выделенной программе оперативки поможет?

[Ruevit]

памяти с некоторым избытком,
программа резервирует, на сколько я понимаю, 8Гб непрерывной памяти под 4 процесса, использует примерно 1Гб на процесс, один из процессов использует меньше чем три других, но ~1Гб.

Можно ли как-то взаимную блокировку обнаружить, как с ней бороться?

[Shorku]

памяти с некоторым избытком,
программа резервирует, на сколько я понимаю, 8Гб непрерывной памяти под 4 процесса, использует примерно 1Гб на процесс, один из процессов использует меньше чем три других, но ~1Гб.

Можно ли как-то взаимную блокировку обнаружить, как с ней бороться?

А как оно работает в FireFly, программа сама резервирует 8Гб, или Вы самостоятельно явно ей столько выделяете? Сколько (по аналогии с гмесс-юс) mwords=?

[Alex Granovsky]

Столкнулся со следующей проблемой:
FureFly виснет, не выдает ошибки, просто в Out-файле прекращают происходить изменения, объем занимаемой памяти не меняется, загрузка ядер меняется в зависимости от наличия или отсутствия других приложений, в таком состоянии он может находиться несколько суток, сколько хватало терпения.

Здравствуйте,
Я бы мог попробовать Вам помочь, но для этого Вы должны послать мне на почту точные входной и выходной файлы, вызывающие такое поведение.
Кстати, о проблемах с Firefly лучше писать на форум Firefly.

С уважением,
Александр Грановский

[Ruevit]

В архиве inp (без vec) и out (после 3-х суток ожидания)
никаких изменений в файле out в течение 3-х суток не происходило, объем памяти, занимаемый процессами не менялся (смотрел стандартным диспетчером задач).
зарегистрироваться на сайте http://classic.chem.msu.su пока не удалось, поэтому пишу здесь.
Спасибо за ответ!

[Alex Granovsky]

В архиве inp (без vec) и out (после 3-х суток ожидания)
никаких изменений в файле out в течение 3-х суток не происходило, объем памяти, занимаемый процессами не менялся (смотрел стандартным диспетчером задач).

У Вас во входном файле есть пара ошибок. Во-первых, если Вы пускаете задачу параллельно, то в подавляющем большинстве случаев, не надо менять переменные mklnp и np в группе $system. Они должны оставаться на значениях по умолчанию. Иначе, задача будет считаться медленнее из-за того, что считающих потоков будет больше, чем ядер.

Во вторых, у Вас не задана переменная timlim (тоже в группе $system). Поэтому используется е значение по умолчанию, равное 2880 минутам или двум суткам. По потреблении такого количества ресурсов, программа прекращает счет, что у Вас и происходит. Обычно она нормально выходит в такой ситуации, обругавшить примерно так:

SCF IS UNCONVERGED, TOO LITTLE TIME LEFT

Но при некоторых, достаточно редких обстоятельствах (это не зависит от Firefly) программа может прервать счет, но при этом не закончить свое выполнение. Что у Вас и наблюдается.

Что надо делать:

Убрать np и mklnp из входного файла.
Поставить разумный timlim, например 1000000
Использовать лучшее начальное приближение. Для его построения может потребоваться посчитать фрагменты молекулы по отдельности или посчитать положительно заряженную систему.
Подумать, точно ли эта молекула - синглет, при необходимости исследовать другие мультиплетности, возможно - неограниченный вариант HF
Если DFT свести не удастся, попробовать использовать MCSCF, если, конечно, Вы сможете сделать активное пространство довольно компактным.

Удачи,
Александр Грановский