NICS неплоских молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Вт авг 05, 2014 12:13 pm

Уже несколько раз видела в статьях обсуждения NICS неплоских молекул. А имеет ли это смысл? Например, можно ли сравнивать NICS бензола с NICS его тяжелых аналогов (гексасила-, гексасермабензол), которые не плоские?
Соавторы просят добавить NICS'ы ко всему, чему можно, а у меня руки не поднимаются считать NICS неплоских молекул.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Гесс » Вт авг 05, 2014 12:52 pm

Cveto4ek писал(а):Уже несколько раз видела в статьях обсуждения NICS неплоских молекул. А имеет ли это смысл? Например, можно ли сравнивать NICS бензола с NICS его тяжелых аналогов (гексасила-, гексасермабензол), которые не плоские?
Соавторы просят добавить NICS'ы ко всему, чему можно, а у меня руки не поднимаются считать NICS неплоских молекул.
Создатель никсов Шляйер применял их ко всему, включая 3d ароматические и гомоароматические системы. В некоторых случаях оно типа даже согласуется с ожидаемым. С другой стороны вы не первая кому не нравится идея применения Никсов для неплоских систем. Сравнивать Никсы между собой Шляйер категорически не рекомендовал, типа это параметр для определения ароматична система или нет, а не "насколько система А ароматичнее системы Б". Я уже искал критерий ароматичности для неплоских систем, потому как мой Никс меня не устраивал. Лучшее (единственное) что я нашел это D3BIA, но это отдельная песня - по нему аж 3 статьи (все одной группы), которые сравнительно слабо цитированы, по неплоским системам вторая и третья, в них использованы разные формулы (точнее использовано или нет домножение кажется на 1000).
По физическому смыслу специалист VTur, но на мой взгляд NICSzz и NICS1 для обьемных систем тупо бессмысленны, а вот типичный NICS0 - а че экранированию то будет?
Может имеет больший смысл смотреть на делокализацию орбиталей, укорочение-удлинение связей и энергию напряжения в сравнении с чем-нибудь?

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Вт авг 05, 2014 1:14 pm

Спасибо за ответ!
Да, я и собиралась, если считать, то NICS0.
А другие критерии (делокализация орбиталей, укорочение-удлинение связей и энергия напряжения) почти все уже рассмотрены. Однако, им мало цифр, хотят еще. Искать что-то другое уже нет времени, а насчет расчетов тогда еще немного подумаю, включать ли эти NICSы... Уж больно они будут притянуты за уши.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Вт авг 05, 2014 2:52 pm

А почему не посчитать то? Быстро и еще один общепризнанный критерий ароматичности.

Считать в данном случае действительно лучше NICS в центре - по крайней мере в случае гексасилабензола (причем как кресла, так и плоского) там он максимально отрицательный (в отличие от самого бензола и другой "обычной" ароматики, где NICS1 более отрицателен).

Любопытно, кстати, что по NICS плоский гексасилабензол (который ПС) более ароматичен, но, тем не менее, менее стабилен, чем кресловидный.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Гесс » Вт авг 05, 2014 3:08 pm

amge писал(а):Любопытно, кстати, что по NICS плоский гексасилабензол (который ПС) более ароматичен, но, тем не менее, менее стабилен, чем кресловидный.
:offtop: Нечто похожее было показано для самой известной 3Д-ароматичной системы - дикатиона норадамантана (2е-4с ароматичность) - для того чтобы стать ароматичной, системе надо так напрячь свои углы что весь выиграш от ароматизации пропадает и лучше быть ненапряженно-неароматичной.

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Вт авг 05, 2014 3:25 pm

amge писал(а):А почему не посчитать то? Быстро и еще один общепризнанный критерий ароматичности.
Любопытно, кстати, что по NICS плоский гексасилабензол (который ПС) более ароматичен, но, тем не менее, менее стабилен, чем кресловидный.
Более точный критерий ароматичности - NICS(пи), и по нему плоский гексасилабензол как раз менее ароматичен, но у меня сейчас нет ни возможности, ни времени его считать. А обычные NICS у меня уже готовы, вот только я никак не решу, включать их или нет. Они на выводы не влияют, ничего нового не вносят. Ради украшательства?..

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Вт авг 05, 2014 3:33 pm

Cveto4ek писал(а): А обычные NICS у меня уже готовы, вот только я никак не решу, включать их или нет. Они на выводы не влияют, ничего нового не вносят. Ради украшательства?..
По моему скромному мнению, если рецензенты хотят, и выводам не противоречит, то проще включить, чем объясняться с рецензентами...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Вт авг 05, 2014 3:35 pm

Cveto4ek писал(а):Более точный критерий ароматичности - NICS(пи)
Это да, но где ж IGLO то взять :)

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Вт авг 05, 2014 3:41 pm

amge писал(а): По моему скромному мнению, если рецензенты хотят, и выводам не противоречит, то проще включить, чем объясняться с рецензентами...
Это пока не рецензенты, а соавторы)) Но я учту ваше мнение, большое спасибо!
*ушел думать*

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Вт авг 05, 2014 3:42 pm

amge писал(а):но где ж IGLO то взять :)
Это да! Но мне так глубоко копать сейчас и не нужно.

Reizen
Сообщения: 69
Зарегистрирован: Пт ноя 21, 2008 12:54 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Reizen » Вт авг 05, 2014 5:13 pm

Может быть, лучше предъявить NICS плоской конформации? С такой логикой рассуждений, что "а если бы эту молекулу какая-то сила заставила стать плоской, и, таким образом, сопряжение при этом стало бы максимальным, то NICS этой ароматичной системы был бы вот таким..."
...Reveal your face to me, guide me through the Stygian fields,
Enthral my soul to Sepedet's beams to serve your will!

(Nightwish - "The Pharaoh Sails To Orion")

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Ср авг 06, 2014 10:31 am

Reizen писал(а):Может быть, лучше предъявить NICS плоской конформации?
Нет, это не пойдет, мне нужны реальные молекулы, а плоскими они быть не могут.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Чт авг 07, 2014 6:02 am

Коллега, а Вы не пробовали считать "бензолы" для нижних элементов группы? А то у меня для Pb6H6 получилось нечто выносящее мозг:
Pb6H6_chair.L1.O.xyz
Pb6H6_flat.L1.O.xyz
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Гесс » Чт авг 07, 2014 11:03 am

Это в каком методе? Вторая структура выглядит занимательно.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Чт авг 07, 2014 12:22 pm

Занимательно - не то слово :). По мне так они обе дикие.
Это DFT/PBE Природой, полноэлектронный релятивистский базис уровня cc-pVDZ

Cveto4ek
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт янв 24, 2013 1:02 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Cveto4ek » Пт авг 08, 2014 9:38 am

amge писал(а):Коллега, а Вы не пробовали считать "бензолы" для нижних элементов группы? А то у меня для Pb6H6 получилось нечто выносящее мозг
Я только Si6H6 и Ge6H6 смотрела, мне было достаточно.
(ваши картинки не вижу, постараюсь дома глянуть)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение Гесс » Пт авг 08, 2014 4:32 pm

amge писал(а):Занимательно - не то слово :). По мне так они обе дикие.
Это DFT/PBE Природой, полноэлектронный релятивистский базис уровня cc-pVDZ
Скайфайндер мне друг, и из него вытащил я вот такую занятную статью.
911-922.pdf
Впрочем в силу того что кластеры (PbH)n ваааще никаким боком не касаются вопроса ТС, я считаю это здесь жутким оффтопом и предлагаю перенести обсуждение в отдельную тему или еще куда.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: NICS неплоских молекул

Сообщение amge » Пн авг 11, 2014 11:13 am

Гесс, спасибо за статью! Теперь не удивительно то что у меня получилось.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 18 гостей