Gaussian нужна помощь

[Asb]

Доброго времени суток коллеги!
Скажу сразу, что я активный пользователь mac и до этого считал только на 32 разрядном Gaussian 09W.
Проблема в том, что сейчас у меня Mac Pro 2013 года с 6 ядрами и мне необходима Gaussian 09W 64 разрядная, чтобы задействовать все ядра.
Если у кого то есть установочные файлы 64 разрядного gaussian под виндовс (пардон, на торрентах не нашел) моя благодарность не знала бы границ.
Ну а теперь о главном, поставил Ubuntu Linux 14.04 Desktop на руках есть СD-RW с Gaussian 09D_Intel. В Linux я полный ноль.
Найдется ли среди коллег, специалист который объяснит как мне установить программу на мой компьютер!
С огромным вниманием и благодарностью отнесусь к любому КОМПЕТЕНТНОМУ мнения.

[uchebnik fiziki]

а зачем под винду, если у вас мак? Мак же лучше

[Asb]

Коллега, у Вас есть установочный Gaussian 09M?

[YuraM]

Good afternoon,

In your home directory(/home/your_name/) create a folder "programs". Then, in this forlder create another one "g09". And copy everyhting from the disk into this folder (/home/user_name/programs/g09).

Then, in your home directory (/home/user_name/) type "ls -a". There should be a file ".bashrc". Open it "gedit .bashrc" and add the following lines:
# Gaussian 09
qchemroot=/home/user_name/programs
export GAUSS_EXEDIR=$qchemroot/g09
export GAUSS_SCRDIR=/home/user_name/tmp/g09
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR/lib
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR

Then it is done. You can run gaussian from every folder:
/home/user_name/programs/g09/g09 file.inp file.out

[Asb]

Спасибо, но не могли бы детально пояснить как запустить теперь расчет?

[Гесс]

Спасибо, но не могли бы детально пояснить как запустить теперь расчет?

несовсем понял вопроса

/home/user_name/programs/g09/g09 file.inp file.out

это все что вам надо:

Код: Выделить всё

/полный_адрес_гауссиана/g09 имя_инпут_файла имя_аутпут_файла

инпут файл ЕМНИП может быть без расширения. Гарантированно сьедобным расширениям является com, другие современнын должны быть gjf и inp
Если имя аутпута не указывать то будет то же имя что и у инпута (имхо удобно), с расширениями log или out.
Вгде проблема-то конкретно, в содержимом инпута?

[Asb]

Здравствуйте Гесс. Пожалуйста^ строго не судите так как кухня Linux мне в новинку.
Я прописал все в bashrc, что до этого написал Yura M, но я не понимаю как запустить расчет.
Во первых, где сохранять исходные Gif файлы (кстати можно ли использовать файлы получение в GaussView для Windows?)
Как прописать используемое количество ядер и оперативки?
Ну и наконец как запустить данный гиф?

[Гесс]

вы там user_name на реальные адреса поменяли?
инпут файлы ложите в любую удобную для вас папку и оттуда же запускайте команду расчета.
Запускать можно и из другой папки, указывая адрес инпута, но зачем такие сложности.
Файлы да, наверное можно, покажите их шапки.
Количество ядер и оперативу можно указывать в инпуте, перед строкой кейвордов в самой шапке файла.
%mem=160Gb
%nproc=80

[Asb]

Имя я заменил.
"инпут файлы ложите в любую удобную для вас папку и оттуда же запускайте команду расчета". Это значит, что имя файла должно задаваться тоже в виде пути в моем случае типа /home/parallels/programs/g09/g09 /home/parallels/programs/g09/example/test.gif

[Asb]

Проще говоря, как запускать расчет из удобной для меня папки.

[Asb]

Вот что набрал в терминале parallels@ubuntu:~$ /home/parallels/programs/g09/g09 /home/parallels/programs/test/test0484.com
вот, что получил
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
Segmentation fault (core dumped)
parallels@ubuntu:~$

[Asb]

Попытался сгенерировать gif файл, вот что получилось при запуске
строка в терминале parallels@ubuntu:~$ /home/parallels/programs/g09/g09 /home/parallels/programs/test/test
ответ
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/parallels/tmp/g09/Gau-13237.inp
In source file ml0.f, at line number 195

Текст gif файла %nprocshared=1

%chk=test

# opt freq b3lyp/aug-cc-pvtz geom=connectivity



Title Card Required



0 1

H 1.46690910 -0.77197150 -0.01134846

H 0.86690910 -0.77197150 -0.01134846



1 2 1.0

2

Как быть коллеги?

[Гесс]

Имя я заменил.
"инпут файлы ложите в любую удобную для вас папку и оттуда же запускайте команду расчета". Это значит, что имя файла должно задаваться тоже в виде пути в моем случае типа /home/parallels/programs/g09/g09 /home/parallels/programs/g09/example/test.gif

нет, это значит

Then it is done. You can run gaussian from every folder:
/home/user_name/programs/g09/g09 file.inp file.out

что полного пути для инпута указывать необзательно (но можно если сильно хотите)

Код: Выделить всё

сd /home/parallels/programs/g09/example/
/home/parallels/programs/g09/g09 test.gif

должно работать при оптимальных раскладах.
Раз не работает - будем искать.

No executable for file l1.exe.

это выдается в консоль или в аутпут? Если в консоль - попробуйте

Код: Выделить всё

/home/parallels/programs/g09/g09 test.gif test.out

хотя странно
Если в аутпут то посмотрите viewtopic.php?f=71&t=9422 и гугл по запоросу

No executable for file l1.exe.

ответ
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/parallels/tmp/g09/Gau-13237.inp

Это ответ системы а не гауссиана, то есть вы его пока не вызвали (может и вызывали но недозвались).
Попробуйте докинуть первой строкой инпута $RunGauss
По инпуту
Коннективити атомов (последние строки) указывать необязательно, строку из кейвордов тоже можно для начала убрать.
%nprocshared=1 я бы убрал для начала, пока не удастся запустить хотябы в сериальном режиме.
У вас при копировании сюда дополнительная пстая строка влезла после каждого перехода строки?

[EvgeniX]

Во первых, где сохранять исходные Gif файлы (кстати можно ли использовать файлы получение в GaussView для Windows?)
...
Ну и наконец как запустить данный гиф?

Не гиф, а джи-джей-эф! ^GJ_F - Gaussian Job File!

[Asb]

Глубокоуважаемый коллега! Давайте писать тут по существу, а не вдаваться в тонкости произношения и аббревиатур! Можете помочь, пишите, нет, так будьте добры не захламляйте эфир!!!

[Asb]

Доброе утро, Гесс!
Все по прежнему не работает, все те же ошибки выдаются в консоли. И кстати, что касается .out файлов, они вообще не появляются.
Ту ссылку которую Вы писали, я видел уже до того как написать сюда, и честно говоря там ничего не понятно. Роясь по интернету я нашел, что все пишут разные вещи в этот пресловутый .bashrc файл. Еще хочу раз подчеркнуть, что Linux для меня система новая и не понятная. Могли бы Вы описать алгоритм установки с самого начала. Напомню, у меня Ubuntu Linux 14.04 Gausiann скачал с торрента E6L-103X.tgz Gaussian 09 D.01 for Linux INTEL 64 bit.
Заранее благодарю Вас за Вашу помощь!!!

[amge]

Сейчас попробовал воспроизвести рецепт от YuraM, все работает.

Похоже, ошибка типа

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/parallels/tmp/g09/Gau-13237.inp

возникает, когда в строке в .bashrc
export GAUSS_SCRDIR=/home/user_name/tmp/g09
задается имя несуществующей директории. Предварительно создайте нужную папку, причем желательно на самом быстром диске и в партиции, где больше всего места.

Еще нужно иметь в виду, что изменения в .bashrc вступают в силу только в новом терминале.

И кстати, gjf и gif отличаются не только произношением. gif - стандартное расширение широко распространенного графического формата, и давать его гауссиановским иннутам - это, по меньшей мере, вводить в заблуждение систему (хотя гауссиану, вроде бы, все равно)..

[Гесс]

Вот Гауссиан я еще на Линукс не ставил )))).
В .bashrc пишите все подряд. Обычно хуже от этого не становится, даже если 99% строк оказываются ненужными. Потом почистите.
покажите что вы уже туда вписали и покажите полный адрес вашей папки гауссиана.
как вообще консоль реагирует на фразы типа export GAUSS_EXEDIR=папка_гауссиана ? Может у вас вообще не export а setenv
В фразах

export GAUSS_EXEDIR=$qchemroot/g09
export GAUSS_SCRDIR=/home/user_name/tmp/g09

вам надо указывать по папку включительно, то есть последний g09 соответствует папке а не исполнительному файлу.

[Гесс]

возникает, когда в строке в .bashrc
export GAUSS_SCRDIR=/home/user_name/tmp/g09
задается имя несуществующей директории. Предварительно создайте нужную папку, причем желательно на самом быстром диске и в партиции, где больше всего места.

Мне мысль нравится. Если не заработает - попробуйте дать GAUSS_SCRDIR то же самое значение что и для самой папки гауссиана.
В практической реализации это жутик, но при том что пока задача - запустить молекулу водорода в сериальном режиме - покатит. Доведение системы до ума оставим ТС на потом.

[amge]

Может у вас вообще не export а setenv

Не, это же.bashrc.