Ограничение расчетов одной плоскостью в HyperChem

[Gwinbleind]

Искал долгое время ответ на этот вопрос в интернетах, но ничего вразумительного так и не нашел. Для курсовой работы провожу геометрическую оптимизацию графинового монослоя, и заметил, что при расчетах достаточно большого куска (от 150 атомов) возможны отклонения по оси Z даже в том случае, если исходный слой создавался с Z=0. В дальнейшем по полученным координатам ведется расчет энергии связи между слоями. Подскажите пожалуйста, имеется ли возможность ограничения расчетов одной плоскостью? Отклонения конечно не очень большие по сравнению с длиной атомной связи, но "для чистоты эксперимента" хотелось бы их исключить.

[amge]

Из общих соображений, можно задать подходящую группу симметрии (например, Cs) или зафиксировать все z-координаты. Но не знаю, есть ли в HyperChem такие возможности (никогда не пользовался).

Если после оптимизации молекула осталась плоской, можно ее переориентировать либо симметризовать (некоторые квантово-химические вьюверы умеют).

[Gwinbleind]

Так в этом и заключается вопрос - как зафиксировать z-координаты? Потому что при оптимизации большого слоя он перестает оставаться идеально плоским.

[Гесс]

Не работал с Гиперхемом, но универсальный метод для всех программ (и весьма трудоемкий) - описать все атомы через Z-matrix, диэдральный угол каждого атома принять равным равным 0 (или 180) и законстрейнить как написано в мануале (в главе Constrain Bond Torsion). (для каждого атома отдельно или если есть такая опция - то задать все диэдральники одной (или двумя) переменными и потом присвоить им значение и законстрейнить).

[Ferom]

Gamess умеет замораживать в декартовых координатах. Но я бы не стал этого делать, ибо отклонения от плоскости во многом говорят об ошибках расчета. Чем больше графИн, тем больше отклонений - можно использовать для оценки погрешности расчета.

[Гесс]

Gamess умеет замораживать в декартовых координатах. Но я бы не стал этого делать, ибо отклонения от плоскости во многом говорят об ошибках расчета. Чем больше графИн, тем больше отклонений - можно использовать для оценки погрешности расчета.

Это другой вопрос. Насчет графИна незнаю, а графЕн вполне реализуется волнами, как расчетно так и если не ошибаюсь экспериментально. Так что неплоскость не обязана свидетельствовать об ошибке. Плюс еще зависит от того чем терминированы куски бруска. Так что если бы вопрос стоял "надо ли замораживать" - я бы сказал "лучше ненадо", но иногла возникают задачи дурноватой констрейнутости, и тогда встает вопрос "как заморозить". Я скажем когда-то давно считал поведение атома в срезе нанотрубки, то есть мне нужно было заморозить координату вдоль ее оси, причем сама нанотрубка не морозилась, это было реализовано весьма зубодробительной Z-matrix.

[uchebnik fiziki]

да даже порфирины неплоские

[amge]

Gamess умеет замораживать в декартовых координатах.

С Gamess то понятно. В нем можно и не замораживать ничего, достаточно исходным координатам (с нулями по z) задать симметрию Cs.

Кстати, вроде бы, HyperChem умеет периодические структуры. Может, этим воспользоваться?

[Gwinbleind]

Ясно, нужно либо сильно заморачиваться с представлением самого слоя, либо менять программу расчета. Отклонения менее 1% длины связи как-то того не стоят ) Жаль, что в функционале HyperChem отсутствует возможность заблокировать часть декартовых степеней свободы.

Кстати, вроде бы, HyperChem умеет периодические структуры. Может, этим воспользоваться?

А вот насчет этого ничего не скажу, ибо не знаю, как это делается.