Три-п-толилвисмут

[sinigin]

Всем доброго здравия! Тема касается тяжелых металлов, ИК спектров, потому не стал создавать новую тему. Пытаюсь оптимизировать структуру p-Tol3Bi с целью последующей эмуляции ИК-спектра соединения. При попытке скормить firefly .inp файл, в .out получаю: *** ELEMENT "C " BASIS "SVP " WAS NOT FOUND IN THE EXTERNAL BASIS FILE ***
Собственно, заголовок:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=M06 MAXIT=300 $END
$SYSTEM TIMLIM=180000 MEMORY=100000000 MKLNP=2 $END
$BASIS extfil=.t. GBASIS=SVP $END
$DATA
Буду рад любой подсказке.

[Гесс]

Не работая с файерфлаем я бы предположил что либо некорректен формат скармливаемого базиса либо первые пять строк в этом файле лишние.
У Фаерфлая есть образцы скармливаемых базисных файлов? Если нет - то я бы подождал ответа от Darvin56

ECP начиная с криптона. bse.pnl куда вам дали ссылку выше дает базис для любого из элементов. В файерфлай разве карлсруевские базисы не вшиты?

[...] Это все что в него входит. Но я понял как их добавлять.

или от кого либо еще.
Если по теме развернется активное обсуждение - я ее таки выгрызу в отдельную.

[alxyppv]

Всем доброго здравия! Тема касается тяжелых металлов, ИК спектров, потому не стал создавать новую тему. Пытаюсь оптимизировать структуру p-Tol3Bi с целью последующей эмуляции ИК-спектра соединения. При попытке скормить firefly .inp файл, в .out получаю: *** ELEMENT "C " BASIS "SVP " WAS NOT FOUND IN THE EXTERNAL BASIS FILE ***
Собственно, заголовок:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=M06 MAXIT=300 $END
$SYSTEM TIMLIM=180000 MEMORY=100000000 MKLNP=2 $END
$BASIS extfil=.t. GBASIS=SVP $END
$DATA
Буду рад любой подсказке.

sinigin, мне кадется у Вас все-таки формат внешнего файла неправильный. Вот как у меня они выглядят (я правда остовный потенциал всегда ручками добавляю). Грубо говоря, в файле с базисом напротив символа элемента долже быть указан базис - такой же, как и в инпуте в строчке GBASIS=...

[Darvin56]

Всем доброго здравия! Тема касается тяжелых металлов, ИК спектров, потому не стал создавать новую тему. Пытаюсь оптимизировать структуру p-Tol3Bi с целью последующей эмуляции ИК-спектра соединения. При попытке скормить firefly .inp файл, в .out получаю: *** ELEMENT "C " BASIS "SVP " WAS NOT FOUND IN THE EXTERNAL BASIS FILE ***
Собственно, заголовок:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=M06 MAXIT=300 $END
$SYSTEM TIMLIM=180000 MEMORY=100000000 MKLNP=2 $END
$BASIS extfil=.t. GBASIS=SVP $END
$DATA
Буду рад любой подсказке.

Я бы вам посоветовал поступить гораздо проще и сделать так

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=optimize MULT=1 icut=6 icharg=0 $END
 $CONTRL DFTTYP=B3LYP $END
 $CONTRL MAXIT=3000 NZVAR=0 $END
 $SYSTEM TIMLIM=30000 MEMORY=260000000 $END
 $SCF    COUPLE=.TRUE.
         F(1)=1.0, 0.5
         ALPHA(1)=  0.0,  1.0,  1.0
         BETA(1)=   10.0,  0.0,  0.0
 $END
 $STATPT OPTTOL=1.0E-4 NSTEP=3000 $END
!$BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=2 NDFUNC=2 $END
!$BASIS GBASIS=TZV $END
!$GUESS GUESS=moread $END 
 $GUESS GUESS=HUCKEL $END
!$SCF  SORS=.TRUE. $END DIRSCF=.True.  CICOEF=.True.    MVOQ=.TRUE.
 $SCF  DAMP=.TRUE. DMPCUT=0.6 $END
 $DATA
 UHF/6-31G*                                                                     
C1       
CADMIUM     48.0     -1.0261300020     -1.2224121260      1.0786531280
S   2
  1     20.000000000           -0.17401196927    
  2     16.309051661            0.37137277194    
S   1
  1      6.4512709901           1.0000000        
S   1
  1      1.5350047390           1.0000000        
S   1
  1      0.68983631523          1.0000000        
S   1
  1      0.13475720977          1.0000000        
S   1
  1      0.47416874527E-01            1.0000000        
P   4
  1     14.000681404            0.69333062793E-01      
  2      8.3094019872          -0.25420103681    
  3      2.2020058122           0.49200980368    
  4      1.0779246137           0.49702118131    
P   1
  1      0.50111879846          1.0000000        
P   1
  1      0.16000000000          1.0000000        
P   1
  1      0.51600000000E-01            1.0000000        
D   4
  1     30.380789793            0.32545123835E-02      
  2     11.474551578           -0.14212074843E-01      
  3      3.0507394903           0.24961756436    
  4      1.3622028524           0.44905635176    
D   1
  1      0.56399409888          1.0000000        
D   1
  1      0.20916686535          1.0000000        
F   1
  1      1.5981300000           1.0000000          
           
OXYGEN      8.0      0.1035826780     -2.3082859550      2.8526700660
S   5
  1   2266.1767785             -0.53431809926E-02      
  2    340.87010191            -0.39890039230E-01      
  3     77.363135167           -0.17853911985    
  4     21.479644940           -0.46427684959    
  5      6.6589433124          -0.44309745172    
S   1
  1      0.80975975668          1.0000000        
S   1
  1      0.25530772234          1.0000000        
P   3
  1     17.721504317            0.43394573193E-01      
  2      3.8635505440           0.23094120765    
  3      1.0480920883           0.51375311064    
P   1
  1      0.27641544411          1.0000000        
D   1
  1      1.2000000              1.0000000       
           
CARBON      6.0     -0.6717792000      1.5887093530      1.0391686330
S   5
  1   1238.4016938              0.54568832082E-02      
  2    186.29004992             0.40638409211E-01      
  3     42.251176346            0.18025593888    
  4     11.676557932            0.46315121755    
  5      3.5930506482           0.44087173314    
S   1
  1      0.40245147363          1.0000000        
S   1
  1      0.13090182668          1.0000000        
P   3
  1      9.4680970621           0.38387871728E-01      
  2      2.0103545142           0.21117025112    
  3      0.54771004707          0.51328172114    
P   1
  1      0.15268613795          1.0000000        
D   1
  1      0.8000000              1.0000000   

Т.е. в карту $DATA после координат указать базис. Для этого нужно заморозить карту базиса. Сам базис можно взять от сюда https://bse.pnl.gov/bse/portal , как я делал.
Но я не профессионал в этом) поэтому меня могут раскритиковать. Этот метод работал на GAMESS точно, а ФФ это же продолжение.

P/S Вопрос не в тему. А сколько ФФ максимально может использовать памяти под Windows? что делает функция -lp? И если уж на будущее возьмусь за Линух, какой MPICH лучше?(на домашнем компе)

[Гесс]

Я бы вам посоветовал поступить гораздо проще и сделать так

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=optimize MULT=1 icut=6 icharg=0 $END
 [...]
 $SCF  DAMP=.TRUE. DMPCUT=0.6 $END
 $DATA
 UHF/6-31G*                                                                     
C1       
CADMIUM     48.0     -1.0261300020     -1.2224121260      1.0786531280
S   2
  1     20.000000000           -0.17401196927    
[...]
  1      0.15268613795          1.0000000        
D   1
  1      0.8000000              1.0000000   

Т.е. в карту $DATA после координат указать базис.

Чисто из общей логики: А $END карту $DATA закрывать не должен?

[Darvin56]

Я бы вам посоветовал поступить гораздо проще и сделать так

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=optimize MULT=1 icut=6 icharg=0 $END
 [...]
 $SCF  DAMP=.TRUE. DMPCUT=0.6 $END
 $DATA
 UHF/6-31G*                                                                     
C1       
CADMIUM     48.0     -1.0261300020     -1.2224121260      1.0786531280
S   2
  1     20.000000000           -0.17401196927    
[...]
  1      0.15268613795          1.0000000        
D   1
  1      0.8000000              1.0000000   

Т.е. в карту $DATA после координат указать базис.

Чисто из общей логики: А $END карту $DATA закрывать не должен?

Должен, я забыл добавить. У меня просто инпут большой я часть вырезал. Это как основа основ, все закрывать $end
После $DATA у меня еще остовные потенциалы указываются.

[sinigin]

sinigin, мне кажется у Вас все-таки формат внешнего файла неправильный. Вот как у меня они выглядят (я правда остовный потенциал всегда ручками добавляю). Грубо говоря, в файле с базисом напротив символа элемента должен быть указан базис - такой же, как и в инпуте в строчке GBASIS=...

Действительно, заменил "carbon" на "С SVP" и т.д., + удалил из basis.lib операторы "@data" и "@end" С "М06" firefly по-видимому не дружит, заменил на B3LYP И несколько изменил заголовок:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP MAXIT=300 $END
$SYSTEM TIMLIM=180000 MEMORY=200000000 MKLNP=2 $END
$BASIS extfil=.t. GBASIS=SVP $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. DIIS=.T. SHIFT=.T. $END
$DATA
Все запустилось, но на втором часу расчетов вышло: FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART. Отсутствие в заголовке $SCF дает то же самое.
В чем ошибка, и можно ли на Ваш взгляд оптимизировать код?

[Darvin56]

$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP MAXIT=300 $END

Итераций у Вас маловато. Может не успевает сойтись

[Гесс]

$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP MAXIT=300 $END

Итераций у Вас маловато. Может не успевает сойтись

Надо смотреть процесс сведения. Если оно стремилось но неуспело это одно. А если оно осцилировало или даже и не пыталось сойтись - это уже совсем другое.
Гадание на половине инпута - весьма неблагодарное занятие.
sinigin - если ваша система не сверсекретная - выложите аутпут. Если вы этого категорически нехотите - воспроизведите проблему с другой молекулой и выложите ее. Если проблема реализуется только в вашей тайной системе - выкладывайте большие куски из окончания аутпута, хоть бы и без геометрии, хотя это уже крайний случай.

[sinigin]

Гриф секретности снят

[Гесс]

ну энергия понижалась, но в DIIS части не особо весело. Я незнаю сколько обычно хватает файерфлаю. Можете попробовать действительно увеличить скажем до 1000
Неее, погодите, что за ерунда со структурой! Это только у меня такой ужас или он таки есть?
Посмотрел структуру в двух визуализаторах. Я б на месте файерфлая то же отказался это считать. Чудовищное взаимное расположение атомов. Это предполагался комплекс трех толуольных остатков с висмутом? Предоптимизируйте это в чем то дешевом, типа ChemBioOffice. Я не уверен что оно будет координироваться через 1 атом углерода и очень сильно сомневаюсь что оно будет плоским. Какова ваша конечная цель?

[amge]

Координаты, похоже, в борах. Тогда нужно сказать units=bohr в группе $control

[Fanfate]

Прежде чем взяться за оптимизацию закончите SCF процедуру. Сначала кажется, что всё шло прекрасно, но после скачка она начала идти к неправильному минимуму (очень высокие энергии) при включении DIIS начались скачки, которые привели к более низкому минимуму. В самом конце энергия начала плавно понижаться так что расчет вполне можно закончить.
Включите RUNTYP=ENERGY добавьте точность интегрального преобразования (INTTYP=HONDO, ICUT=11, ITOL=20 в $CONTRL)
Я бы поменял функционал на PBE0 (т.к. в нём коэффициент обменного вклада рассчитан из теории возмущения, а B3LYP подразумевался для первых трех рядов таблицы Менделеева. Хотя на самом деле разницы между ними особой нет и для тяжелых атомов, они могут быть совершенно одинаковы).
Столько памяти вам не нужно, он пишет, что использует только 4 миллиона слов, ну поставьте хотя бы 20.
Добавьте $ecpinp len1=200000 len2=200000 $end может сильно повлиять на ССП процедуру.
Чтобы не начинать ССП процедуру сначала из t.dat файла возьмите всю группу $VEC (не забудьте $END) и вставьте в конце вашего вводного файла. Количество итераций оставьте 300.

Перед тем как приступите к оптимизации понадобится группа
$STATPT OPTTOL=0.0001 hssend=.f. NSTEP=1000 METHOD=GDIIS $END
Т.к. по умолчанию стоит 20 итераций для оптимизации + тут ещё несколько полезных команд

[Гесс]

Координаты, похоже, в борах. Тогда нужно сказать units=bohr в группе $control

Да оно в борах, но перед всем прочим рекомендованным его надо как то довести до минимального ума.

[amge]

Координаты, похоже, в борах. Тогда нужно сказать units=bohr в группе $control

Да оно в борах, но перед всем прочим рекомендованным его надо как то довести до минимального ума.

Сейчас посмотрел внимательнее. Действительно, структура, хоть в борах, хоть в ангстремах, никуда не годится. длины С-Н более-менее, а С-С от 1.6 до 2.8 ангстрем.

[sinigin]

Собрал .inp (с заголовком еще работать и работать) в Avogadro. Знакомый утверждал, что предварительная оптимизация никак не нужна, мол "firefly производит оптимизацию несколько часов, неужели ты думаешь, что двухминутная оптимизация в Avogadro сделает разницу?"

Это предполагался комплекс трех толуольных остатков с висмутом? Предоптимизируйте это в чем то дешевом, типа ChemBioOffice. Я не уверен что оно будет координироваться через 1 атом углерода и очень сильно сомневаюсь что оно будет плоским. Какова ваша конечная цель?

Да, три толуольных остатка - три-п-толилвисмут (для любознательных прикрепляю .cif). Промежуточная цель - получение IR спектра соединения. Цель конечная - выработка оптимального алгоритма действий для эмуляции ИК спектров ЭОС Pb, Sn, Sb, Bi.
От души благодарю всех за дельные советы, постараюсь воплотить их в жизнь.

[Гесс]

Попробуйте стартануть с этой геометрии.[cut]43

BI 7.525 2.554 1.194
C 6.188 0.794 1.244
C 6.662 -0.454 0.846
C 4.851 0.948 1.604
C 5.804 -1.555 0.833
C 3.992 -0.152 1.590
C 4.465 -1.416 1.218
C 3.534 -2.590 1.168
C 6.640 4.145 2.449
C 6.776 4.098 3.834
C 5.883 5.155 1.858
C 6.177 5.077 4.628
C 5.282 6.133 2.651
C 5.436 6.110 4.042
C 4.761 7.141 4.897
H 4.473 1.925 1.892
H 2.950 -0.015 1.869
H 6.186 -2.523 0.517
H 7.697 -0.572 0.540
H 4.071 -3.523 1.371
H 3.068 -2.657 0.181
H 2.748 -2.497 1.925
H 5.755 5.180 0.780
H 4.691 6.912 2.176
H 6.289 5.027 5.709
H 7.344 3.297 4.300
H 4.682 8.096 4.368
H 5.333 7.324 5.813
H 3.757 6.802 5.169
C 7.645 3.287 -0.889
C 6.647 2.951 -1.801
C 8.676 4.143 -1.269
C 6.693 3.451 -3.103
C 8.724 4.643 -2.571
C 7.740 4.290 -3.503
C 7.771 4.855 -4.891
H 9.441 4.428 -0.552
H 9.532 5.312 -2.855
H 5.905 3.183 -3.803
H 5.829 2.302 -1.500
H 8.801 5.032 -5.218
H 7.222 5.801 -4.922
H 7.319 4.160 -5.607[/cut]

[VTur]

Собрал .inp (с заголовком еще работать и работать) в Avogadro. Знакомый утверждал, что предварительная оптимизация никак не нужна, мол "firefly производит оптимизацию несколько часов, неужели ты думаешь, что двухминутная оптимизация в Avogadro сделает разницу?"

Заблуждение.
Подобные структуры всегда начинайте оптимизировать в полуэмпирике. Она обычно сходится. А тут может либо не сойтись SCF, либо оптимизация. Либо сойтись совсем не к тому минимуму.
К тому же в полуэмпирике проще делать конформационный анализ, хотя это ничего не гарантирует.

[Darvin56]

(INTTYP=HONDO, ICUT=11, ITOL=20 в $CONTRL)

Зачем так много интегралов, он все это будет хранить на диске. На практике было установлено что больше числа 6 не требуется, для моих систем, до 80 атомов. ИМХО
А вот с Хондо встречался, но никогда не включал. Как он влияет вообще на ССП?

[Fanfate]

Зачем так много интегралов, он все это будет хранить на диске. На практике было установлено что больше числа 6 не требуется, для моих систем, до 80 атомов. ИМХО

DIRSCF=.TRUE. - отключает запись интегралов на диск. По поводу числа может быть тут дело каждого? Так уж получилось никогда меньше 9 не ставил.

А вот с Хондо встречался, но никогда не включал. Как он влияет вообще на ССП?

Как написано на сайте Грановского HONDO integral packages требуется, если используется диффузные функции или присутствует квазилинейная зависимость. Зависимости вроде не видел, но кажется было какое-то обсуждение про диффузные функции (извините, если вру, ночь уже ).
Такой подход позволяет улучшить точность. В GAMESS'е подключение этих пакетов автоматическое для диффузных s,p оболочек, а вот в FireFly - нет.