Constrained MD

[Гесс]

Я понимаю что вопрос звучит идиотски, но "маэмо що маэмо":
нужно сделать поиск конформеров или молекулярную "дрыгалку" при условии что положение нескольких атомов будет жестко зафиксировано.
Самыми простыми словами: я хочу чтоб прога нашла оптимальную конформацию скажем цепочки (СН₂)₆ при условии что расстояние между первым и последним атомами цепочки ну скажем 4 ангстрема.

[eFo]

Нужно пример инпута или просто программу, которая сможет это сделать? Если второе, то точно знаю, что CP2K и NAMD могут фиксировать любое число атомов.

[Гесс]

CP2K и NAMD могут фиксировать любое число атомов.

Спасибо!
А у кого ниже барьер входа?

[amge]

хочу чтоб прога нашла оптимальную конформацию скажем цепочки (СН₂)₆ при условии что расстояние между первым и последним атомами цепочки ну скажем 4 ангстрема.

Подобные задачи обычны для биоЯМР: типа натянуть структуру на NOESY-спектр, т.е. задавая пределы расстояний между определенными протонами. Программа там, насколько я знаю - обычно amber (частично доступна бесплатно). Порог вхождения - высокий.

[Гесс]

По амберу я тут могу попинать коллег. Пока я начал было с NAMD, но счас в смятении... Амбер или NAMD...

[amge]

А можно еще в Avogadro поиграться. Там можно задать constrein и включить интерактивную оптимизацию молекулярной механикой. И изображать молекулярную динамику, вручную тягая разные атомы во все стороны. При этом Avogadro будет стараться держать constrein и подстраивать остальное к ближайшему локальному минимуму. По крайней мере, это весело

[Гесс]

А можно еще в Avogadro поиграться. Там можно задать constrein и включить интерактивную оптимизацию молекулярной механикой. И изображать молекулярную динамику, вручную тягая разные атомы во все стороны. При этом Avogadro будет стараться держать constrein и подстраивать остальное к ближайшему локальному минимуму. По крайней мере, это весело

Я чтото похожее реализовал в кембиоофисе, правда пришлось придумать жесткий линкер который бы удерживал два атома в более менее корректной ориентации/расстоянии. В оптимизации одновременно и плюс и минус. Скажем если в цепочке конформация которой меня интересует идет какой нибудь жесткий фрагмент, типа диацетилена, то в ряде конформаций его начинает весьма заметно гнуть. Это с одной стороны хорошо, но с другой стороны я все конформеры руцями не перетягаю, нужен таки програмный поиск (хотелось бы конформер без всяких вычурных искажений).

[amge]

Можно попробовать сделать конформационный поиск тинкером. Он весьма исчерпывающе ищет открыто-цепочечные конформеры. Затем их просто отсортировать по близости к нужному расстоянию.

Если хотите, могу попробовать, благо у меня все необходимое уже стоит.

[eFo]

Спасибо!
А у кого ниже барьер входа?

Я с NAMD только 1 раз работал, но очень много работаю с CP2K. Порог вхождения - высокий, но зато она бесплатная и умеет AIMD делать, если это нужно)

[Гесс]

Я с NAMD только 1 раз работал, но очень много работаю с CP2K. Порог вхождения - высокий, но зато она бесплатная и умеет AIMD делать, если это нужно)

AIMD я видел (без малого делал) в Теракеме (правда его у нас нет). Там все выглядит просто как для придурков. При высокой необходимости AIMD буду осваивать CPMK (по нему есть кому морочить голову).
Чисто случайно CP2K и CPMD не родственники?

Программа там, насколько я знаю - обычно amber (частично доступна бесплатно). Порог вхождения - высокий.

О да, сегодня мне коллега из моего pdb показывал как делать tleap... Заняло почти час (чтоб оно заработало) и закончилось чуть ли не посимвольным сравнением сделанного mol2 с рабочим mol2 файлом.

[eFo]

Чисто случайно CP2K и CPMD не родственники?

CP2K изначально была написана авторами CPMD, но Car-Parinello тут даже и не пахнет, хотя в имени буквы остались

[Enchanter]

По амберу я тут могу попинать коллег. Пока я начал было с NAMD, но счас в смятении... Амбер или NAMD...

Amber есть на Лиме (GPU и обычный).

[uchebnik fiziki]

В амбере, по-моему, это проще (можно через белли, можно (и якобы более кошерно) силовыми рестрейнтами) -- и на мой вкус амбер проще намда. Кстати, сандер сейчас входит в состав амбертулз, если кто не знает.