Определение вклада отдельного колебания в пик ИК спектра

[LVictor]

Доброго времени суток. При выполнении работы по квантово-химическому моделированию появилась задача: понять и объяснить принцип расчёта вклада отдельного колебания в пик ИК спектра. Пожалуйста, кто может,помогите это сделать по-простому, не вдаваясь глубоко в математику.

[amge]

Если разница частот группы колебаний меньше разрешения спектра, то эта группа даст один пик, и вклад каждого колебания будет пропорционален его интенсивности. Что тут понимать-объяснять? Или вы что-то другое имели в виду?

[LVictor]

Если можете, покажите на примере этого скрипта http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/freq4parts/ (как его запустить?). Такой принцип расчёта.

[amge]

Чтобы запустить скрипт, для начала нужен файл с колебаниями в формате молдена. Его создает молден из аутпута расчета гессиана квантово-химическими программи. Но можно и вручную сделать. Прикладываю пример для ацетальдегида.

Запускать скрипт нужно из командной строки. Если винда, то сначала поставить perl.
Пример строки запуска для приложенного файла:
freq4parts -n 1-3_4-7 CH3CHO.freq.txt

Обсуждение на кемпорте: viewtopic.php?f=11&t=49893. Там приведен аутпут скрипта и даны разъяснения.

[LVictor]

Может ли кто-нибудь сказать, можно ли использовать не Molden, а другую программу и если можно, то какую?

[LVictor]

Извините, этот вопрос снимается. Не заметил про вручную.

[Гесс]

Может ли кто-нибудь сказать, можно ли использовать не Molden, а другую программу и если можно, то какую?

А в чем сложность с молденом? На виндоус есть гмолден, интерфейс такой что хочется плакать, но функционал вроде на месте.

[LVictor]

Пожалуйста, подскажите, куда нужно закидывать файлы. ActivePerl установил.

[LVictor]

Извините, Гесс, а Вы не могли бы дать ссылку на этот гмолден?

[Гесс]

Извините, Гесс, а Вы не могли бы дать ссылку на этот гмолден?

Если мне память не изменяет (что возможно), то http://www.cmbi.ru.nl/molden/ - оттуда "How to get a copy of Molden" - и далее, думаю закончите вы где то ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/bin/Windows/, либо, что более вероятно - с первой ссылки в

Introducing a native windows executable of gmolden here (Apr, 2013)

что похоже выводит на ту же самую 4.9 MB версию.

[amge]

Пожалуйста, подскажите, куда нужно закидывать файлы. ActivePerl установил.

Предположим, создали на диске с: папку test и положили туда файл скрипта и CH3CHO.freq.txt. Открываете консоль (Пуск-Выполнить-cmd). Переходите в нужную папку (cd \test). Исполняете скрипт перлом
perl freq4parts -n 1-3_4-7 CH3CHO.freq.txt

Еще, нужно закомментировать в начале скрипта загрузку отладочного модуля (его нет в стандартном дистрибутиве perl):
# use Data::Dump 'pp';

[amge]

Может ли кто-нибудь сказать, можно ли использовать не Molden, а другую программу и если можно, то какую?

А какой программой считаете квантовую химию? Я уже думал добавить чтение скриптом других форматов, кроме Molden, будет повод начать с вашего.

[LVictor]

Firefly. А в скрипте вроде бы уже есть такая строка use Data::Dump 'pp'; (третья).

[amge]

А в скрипте вроде бы уже есть такая строка use Data::Dump 'pp'; (третья).

Вот ее как раз и закомментировать (поставить в начале строки решетку).

[LVictor]

Спасибо за ссылку на Molden.

[LVictor]

Так и думал.

[LVictor]

Не получается. Простите за глупый вопрос, но скрипт по ссылке просто Download-сохранить (Яндекс.Браузер) или что-то изменить. Ещё у меня что-то не то с кодировкой на сайте и в txt. Кто на форуме, подскажите, пожалуйста. Скрипт сохранил в формате .pl.

[amge]

Да, и правда с кодировкой беда. Это я завтра починю. Но по идее, на работоспособность скрипта это сказаться не должно. Не получается - что именно? Какие-нибудь сообщения об ошибках есть?

(Под виндой ни разу не запускал, а кроссплатфотменность скриптов - это только в теории, на практике приходится запинывать)

[LVictor]

Пишет " perl не является внутренней или внешней командой " и т.д

[LVictor]

А в тексте скрипта ничего не нужно удалять (описание, комментарии)? Кто-нибудь знает?