переориентация молекулы

[surius]

Kоллеги, может кто поделится знанием, или готовым решением для этой задачи:
Нужно переориентировать молекулу так чтобы можно было указать одну ось руками. Т.е. есть бензол, например, я хочу чтоб ось Х проходила через атомы С1 и С3, для примера. А в другом случае через С1 и Н4, к примеру. Я бы без проблем сделал сфё ручками, но из (молекул) много, ну прям много.
SOS

Заранее спасибо

[Shorku]

Автоматически для серии? Или автоматически для каждой? Chemcraft умеет строить оси по указанным атомам.

[surius]

Автоматически для серии? Или автоматически для каждой? Chemcraft умеет строить оси по указанным атомам.

за наводку спасибо, и да было бы просто великолепно если бы можно было всю серию скормить.

[amge]

У меня есть самописный софт для переоринтации, предназначенный именно для серий. Ограничение - согласованность нумераций атомов. Скажем, если за основу берется бензольное кольца, то кольцевые атомы должны иметь одинаковые номера во всех молекулах серии. Если нужно переориентировать по оси (для ее задания используются фиктивные атомы, которые дописываются в конец), то все молекулы д.б. изомерными.

Например, переориентировать серию бензолов (конкатенированный xyz) по оси, перпендикулярной циклу:

Код: Выделить всё

addXX '1-6(0,1)'  mols.xyz | reorient -ijk=13,14,1 | xyz -a -XX > reor_mols.xyz

addXX: добавляем фиктивные атомы в центр цикла (атомы 1-6) и на 1 ангстрем над циклом
reorient: Переориентируем по тройке атомов 13,14,1 (два фиктивных и 1-й из цикла; у фиктивного, который в центре, будут координаты 0,0,0)
xyz: Удаляем фиктивные атомы.

Произвольную серию молекул можно переориентировать по осям тензора инерции, если молекулы однотипные, то их вид может оказаться похожим.

Программы

[alxyppv]

а молекулы одинаковые, или все разные? если одинаковые, то можно сделать фэйковую мол-дин траекторию, а потом скормить ее в VMD. Этот пакет умеет переориентировать все фреймы по какому-то заданному (скажем, по первому фрейму). Это нужно, например, если во время траектории молекула вращалась, а Вам надо "устранить" это вращение. Далее, если нужны какая-то определенная ориетация, то для ориентации молекулы в первом фрейме можно воспользоваться Кемкрафтом, а дальше сориентировать все отсальные под первый

[surius]

У меня есть самописный софт для переоринтации, предназначенный именно для серий. Ограничение - согласованность нумераций атомов.

Черт побери это практически то что я искал, кроме шуток. Я помнил про ваш сайт, но почему-то, мимо меня прошла вкладка с программами. К сожалению, в конкретном случае, нумерация у атомов немного меняется, примерно у каждой пятой структуры. Так что не знаю что было бы быстрее менять нумерацию или...

а молекулы одинаковые, или все разные? если одинаковые, то можно сделать фэйковую мол-дин траекторию, а потом скормить ее в VMD.

Интересная идея. молекулы одинаковые с точностью до заместителя, но к сожадению я с МД совсем "не очень" (я ее даже побаиваюсь, чуть)
Я так понимаю что для такого подхода практически нет ограничения, так? Ну тоесть если бы у меня было 10к структур, он(VMD)/она(МД) бы все это прожевал(a)?

В любом случае, у меня из было чуть меньше сотни, так что я их ручками и кемкрафтом (благо только 3 клика) за несколько часов того...

Всем огромное спасибо за идеи