Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
8
24%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
3%
Белый фон, серые атомы углерода
10
29%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
4
12%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
9%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
18%
Всё равно
2
6%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 34

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 539
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс июн 07, 2015 9:30 pm

Здравствуйте,
Являясь автором программы Chemcraft, я хотел бы задать несколько вопросов:

1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ?

2) В последнюю версию Chemcraft добавлены графические схемы “2d style”, в которых рисунок молекулы выглядит как двумерный рисунок, созданный в Chemdraw. Как ещё можно усовершенствовать этот режим? Я, например, планирую сделать маленькие буквы для цифр (т.е. CH3 будет отображаться с маленькой цифрой 3) и плюсов/минусов. Нашей целью является рисование “publication-ready” картинок, подайте идеи какие возможности сюда можно добавить.

3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.

4) Нужен ли вам интерфейс (GUI) для создания входных файлов? Если да, для каких программ для расчётов (Gaussian/Gamess/…)?
У меня вообще создалось ощущение, что опытные квантовые химики пользуются не такими GUI, а базой входных файлов для разных расчётов, которые они правят для своих задач. В Chemcraft есть такая небольшая база (/Chemcraft/Jobsbase), мне бы очень хотелось её дополнить новыми файлами.

5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?

6) Нужна ли визуализация “нерелаксированного” сканирования ППЭ (обычно я имею дело с relaxed PES scan – когда один параметр зафиксирован и пошагово меняется, на каждом шаге все остальные параметры оптимизируется). У меня создалось ощущение, что non-relaxed PES scan вообще никогда не нужен, поэтому его визуализации пока в Chemcraft нет.

7) Раньше Chemcraft часто неправильно определял связи в молекулах; недавно мы доработали алгоритм, но если в каких-то молекулах по-прежнему остались проблемы, прошу показать мне эти молекулы (в виде xyz файлов).

8) В Chemcraft есть утилита для быстрого создания входных файлов Gamess (точнее, участков этих файлов) с нестандартными базисными наборами, взятыми с сайта PNNL. Нужна ли эта возможность для Gaussian и других программ?

9) Используете ли вы возможность перевести молекулярные орбитали из одного формата в другой? Нужно ли это развивать дальше?

10) В последней версии программы есть утилита для создания скриптов, например очереди Gaussian или Gamess-расчётов? Можно ли сделать аналогичную утилиту для Molpro, NWchem и т. д.?

11) Любые другие предложения, замечания, сообщения о багах.



Последнюю версию Chemcraft можно скачать по этой ссылке:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 29_win.exe

Список последних изменений:

http://www.chemcraftprog.com/news.html


За существенную помощь я готов предоставить бесплатную лицензию программы. Обычно я продаю Chemcraft пользователям из России за 1000-5000р.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение VTur » Вс июн 07, 2015 10:04 pm

Vit Nhoc писал(а):1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ?
GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость.
Vit Nhoc писал(а):3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.
Использую довольно часто, чтобы уменьшить/увеличить число оптимизируемых степеней свободы. Особенно полезно при анализе расчетов частот колебаний и высоко симметричных молекул.
Vit Nhoc писал(а):5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?
Мне нужен, но редко. Для таких расчетов у меня калькулятор слабоват. А так нужен. И больше опций при построении двумерного графика. Допустим, зависимость дипольного момента от двугранного угла.
Vit Nhoc писал(а):6) Нужна ли визуализация “нерелаксированного” сканирования ППЭ (обычно я имею дело с relaxed PES scan – когда один параметр зафиксирован и пошагово меняется, на каждом шаге все остальные параметры оптимизируется). У меня создалось ощущение, что non-relaxed PES scan вообще никогда не нужен, поэтому его визуализации пока в Chemcraft нет.
Не релаксированный ППЭ не имеет физического смысла. Это точно не путь реакции и не координата реакции.
Vit Nhoc писал(а):7) Раньше Chemcraft часто неправильно определял связи в молекулах; недавно мы доработали алгоритм, но если в каких-то молекулах по-прежнему остались проблемы, прошу показать мне эти молекулы (в виде xyz файлов).
При внутреннем вращении и в случае удлинения связей часто приходится делать Rebond, чтобы нарисовать связи. На следующем шаге снова Rebond. Можно от этого избавится?
Vit Nhoc писал(а):8) В Chemcraft есть утилита для быстрого создания входных файлов Gamess (точнее, участков этих файлов) с нестандартными базисными наборами, взятыми с сайта PNNL. Нужна ли эта возможность для Gaussian и других программ?
Я этим часто пользовался для GFMESS. Думаю, нужна.
Vit Nhoc писал(а):9) Используете ли вы возможность перевести молекулярные орбитали из одного формата в другой? Нужно ли это развивать дальше?
С моей точки зрения рисовать орбитали совершенно бессмысленная вещь. Они же определены до унитарного преобразования.
Vit Nhoc писал(а):11) Любые другие предложения, замечания, сообщения о багах.
Можно по-умолчанию задать в настройках изначально отображаться Type+number и подобные настройки? И выбор информации для Абстракта?
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс июн 07, 2015 10:14 pm

Vit Nhoc писал(а):1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ?
Gaussian, Molpro, Turbomole, ORCA, Priroda, PSI4, CFOUR, Molcas, ADF, VAMP, Empire.
Я счас использую триальник 375 билда. Часть из них насколько я знаю не поддерживается.
Из приятных фич хотелось бы.
1) не бояться 5 столбцовых xyz, которые кроме символа и координат содержат пятую колонку заряд (еще существуют 8 колоночные с тремя колонками векторов но лично мне они не нужны). На данный момент это единственный вывод геометрий из Empire и его постоянно приходится допиливать до "стандартного xyz" Если есть опасение что программа начнет путать такие xyz с другими форматами - хотя бы пусть выводит предупреждение или вопрос. Фича реализована в нескольких самописных программах.
2) возможность скармливать архивные блоки гауссиана в стиле "взять из памяти" (то есть сначала копируется архивный блок, потом открывается окно кемкрафта и клацается кнопка "съесть"). Фича реализована в Molecule.
3) Возможность делать анимацию из конкатенированных xyz и делать графики если вторыми строками (между числом атомов и началом координат) идет энергия.
4) [...]
5) Не идентифицировать связи короче скажем 0.5 или наоборот, идентифицировать их громким криком "Хрень!"
6) Иногда я накладываю две молекулы друг на друга (обычно для сравнения). Если результат сохранить (xyz) то повторное открытие плотно свяжет все атомы "все со всеми" и развязать структуру абсолютно нереально. Я незнаю подходящего формата но было бы очень вкусно если бы программа сохраняла несвязанные фрагменты таким образом чтобы потом их заново идентифицировать, несвязать и позволить их далее редактировать. Я понимаю что это требует connectivity, поэтому не особо прошу.
Vit Nhoc писал(а):3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.
Использую. Constrained optimisation. К сожалению автоматическая генерация никогда не идет тем путем который хочется.
Vit Nhoc писал(а):5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?
Если его можно будет крутить, масштабировать, менять окраску по уровням (типа продвинутого Экселя) - имхо приятное но не особо важное дополнение.
Последний раз редактировалось Гесс Пн июн 08, 2015 2:31 am, всего редактировалось 1 раз.
Причина: Редактировано ибо запрошенная фича реализована. Спасибо alxyppv

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс июн 07, 2015 10:56 pm

Так, я приготовил еды, и продолжу свои возжелания.
7) [...]
8 ) Adjust Hydrogens. Реализовано в материалстудии. Ориентируется по количеству связей которые уже есть у атома. Очевидно требует connectivity, хотя не факт.
9) Возможность визуализировать УФ спектры [...]. Чтоб два раз не вставать - и кругового дихроизма тоже. Хотя бы из орки, гауссиана и DFTMRCI (программа гримме идущая поверх Турбомоля).
10) Возможность есть файлы молдена содержания:
[Molden Format]
[FREQ]
143.15
[FR-COORD]
C -1.985486226 0.252214893 -1.885597306
C -0.629729044 -2.123559188 -1.150627324
...
[FR-NORM-COORD]
vibration 1
0.7623 0.0447 0.6942
-0.0100 -0.0204 0.0468
...
И визуализировать все колебания. Реализовано у меня через жопу с ДЖимолем, довольно уродливо (имхо) реализовано в wxMacMolPlt
11) Для DFT-D расчетов иметь возможность посмотреть на график сводимости как с так и без Д-коррекции. (или на оба чтоб видеть как плавала поправка Гримме). Некритично мне.
12) Из области очень грандиозного и амбициозного - предоптимизатор в стиле Кембиоофиса или АДФГуи (там есть SimpleMM, UFF и DFTB, чего угодно хватит).
13) генератор нанотрубок. Реализован в Nanotubemodeler, MaterialStudio
14) [...]
Последний раз редактировалось Гесс Пн июн 08, 2015 2:34 am, всего редактировалось 2 раза.
Причина: Отредактировано чтоб не загромождать. Спасибо alxyppv который ответил что запрошенные фичи уже есть.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alxyppv » Пн июн 08, 2015 1:34 am

Гесс,

я хоть и не разработчик, но на некоторые пункты отвечу, ибо это уже реализовано (пользуюсь 375 билдом):

"4) Возможность выводить в разные форматы (а не только xyz). И очень принципиально - возмоность создавать xyz формата "Символ, координаты" а не "Порядковый номер, координаты". Ряд программ не ест порядковые номера в роли инпутов."
Выбираете вкладку "Coords", в нем кнопку "show in format" - там, например, XMOL - как раз список с символами


"7) Весьма важно лично для меня: Возможность замены атома в пару кликов - выделил углерод, кликнул "заменить", назначил его бором (или азотом, на мой выбор). Фича реализована в Материалстудии. Желательно чтоб это было можно применять ко всем выделенным атомам."

дабл клик на атоме - и будет Вас счастье (можно менять формат)

"9) Возможность визуализировать УФ спектры (в качестве лучше чем гауссвью), с возможностью регулировать полуширину пика, тип кривых (Лоренц и Гауссиан), отображать сами вертикальные сигналы, сохранять в виде картинок и файлов "абсцисса-ордината", как это реализовано в Габедите (Могу предоставить файлы выводимые габедитом и внешний вид того о чем говорю)."

И это есть (там нет Гауссиана правда, но Лоренциан есть). При открытии аута из Орки с td-dft появляется "кнопка" View spectrum (так же как при открытии расчета гесссиана появлется возможность визуализации ИК спектра). При нажатии этой кнопки появляется новое окно со спектром - в нем можно уширять как угодно, и делать экспорт - и как картинку (что на мой взгляд не очень нужно), и как ASCII.

14) возможность сохранять координаты в борах

Вкладка Coords, затем - в левом нижнем углу можно выбрать Bohr, затем нажать Copy - и координаты в памяти.
А.П.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн июн 08, 2015 2:26 am

Гы, век живи, век учись. Большое спасибо за ваши ответы.
Вот о даблклике совершенно не подумал. И XMOL почему то обходил стороной.
Вот недостаток использования кучи отдельных визуализаторов - я ни в одном полностью не разбираюсь :235:

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 539
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 08, 2015 7:56 am

GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость.
Сделаю.


3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.
Использую довольно часто, чтобы уменьшить/увеличить число оптимизируемых степеней свободы. Особенно полезно при анализе расчетов частот колебаний и высоко симметричных молекул.
Мне это непонятно, зачем уменьшать число степеней свободы. Чтобы сделать молекулу симметричной, нужно просто выбрать Edit/Set point group, а у вас что-то другое?


5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?
Мне нужен, но редко. Для таких расчетов у меня калькулятор слабоват. А так нужен. И больше опций при построении двумерного графика. Допустим, зависимость дипольного момента от двугранного угла.
Дипольный момент сделаю, какие ещё параметры можно строить на двумерном графике?


Не релаксированный ППЭ не имеет физического смысла. Это точно не путь реакции и не координата реакции.
Я тоже так думаю, но пара пользователей попросили меня сделать визуализацию нерелаксированного сканирования.


При внутреннем вращении и в случае удлинения связей часто приходится делать Rebond, чтобы нарисовать связи. На следующем шаге снова Rebond. Можно от этого избавится?
Протестируйте билд 429, он вроде должен строить связи почти всегда.

С моей точки зрения рисовать орбитали совершенно бессмысленная вещь. Они же определены до унитарного преобразования.
Я тоже, сколько не занимался расчётами, так и не понял для чего нужны рисунки орбиталей. Но они приводятся в каждой третьей статье.

Можно по-умолчанию задать в настройках изначально отображаться Type+number и подобные настройки? И выбор информации для Абстракта?
В билде 429 есть опция в настройках графической схемы “Automatic labels on atoms”. Вам нужно именно с номерами?


Gaussian, Molpro, Turbomole, ORCA, Priroda, PSI4, CFOUR, Molcas, ADF, VAMP, Empire.
Про PSI4, VAMP (или это VASP?), Empire в первый раз слышу. Насколько это распространённые программы?


1) не бояться 5 столбцовых xyz, которые кроме символа и координат содержат пятую колонку заряд (еще существуют 8 колоночные с тремя колонками векторов но лично мне они не нужны). На данный момент это единственный вывод геометрий из Empire и его постоянно приходится допиливать до "стандартного xyz" Если есть опасение что программа начнет путать такие xyz с другими форматами - хотя бы пусть выводит предупреждение или вопрос. Фича реализована в нескольких самописных программах.
Вам нужно чтобы Chemcraft читала такие XYZ, или писала?

возможность скармливать архивные блоки гауссиана в стиле "взять из памяти" (то есть сначала копируется архивный блок, потом открывается окно кемкрафта и клацается кнопка "съесть"). Фича реализована в Molecule.
Не совсем понял, что такое архивный блок

Возможность делать анимацию из конкатенированных xyz и делать графики если вторыми строками (между числом атомов и началом координат) идет энергия.
Вы можете открыть xyz файл с множеством структур (пример в Chemcraft/samples/MultXYZ), и выбрать Tools/Create animation/Trajectory animation.
Про график подумаю.

6) Иногда я накладываю две молекулы друг на друга (обычно для сравнения). Если результат сохранить (xyz) то повторное открытие плотно свяжет все атомы "все со всеми" и развязать структуру абсолютно нереально. Я незнаю подходящего формата но было бы очень вкусно если бы программа сохраняла несвязанные фрагменты таким образом чтобы потом их заново идентифицировать, несвязать и позволить их далее редактировать. Я понимаю что это требует connectivity, поэтому не особо прошу.
Сейчас вы можете сделать так: когда молекулы наложены друг на друга, выбираете Edit/Select all, затем Edit/Copy selected fragment to clipboard, и вставляете текст из clipboard в текстовой файл. Потом переносите этот текст снова в clipboard и выбираете Edit/Paste fragment from clipboard.
Я могу добавить в режим Coord опцию “Print/import bonding information”, вы думаете это будет полезно?

Использую. Constrained optimisation. К сожалению автоматическая генерация никогда не идет тем путем который хочется.
Вы протестировали b429? Там можно сначала начать построение Z-матрицы вручную, выбрать параметры которые будут фиксироваться, а потом нажать “Complete automatically”.

Adjust Hydrogens. Реализовано в материалстудии. Ориентируется по количеству связей которые уже есть у атома. Очевидно требует connectivity, хотя не факт.
Вы имеете в виду спрятать водороды? Это есть в View/Hide certain atoms. Ещё есть 2d стиль, в котором например для фрагмента CH3 водороды прячутся, а на углероде появляется надпись CH3.

Возможность визуализировать УФ спектры [...]. Чтоб два раз не вставать - и кругового дихроизма тоже. Хотя бы из орки, гауссиана и DFTMRCI (программа гримме идущая поверх Турбомоля).
Если не сложно, пришлите на этот email файлы Gaussian, Orca, DFTMRCI с круговым дихроизмом, и я этим займусь.
10) Возможность есть файлы молдена содержания:
Странно, разве Chemcraft их сейчас не визуализирует? Пришлите пожалуйста такой файл.

Для DFT-D расчетов иметь возможность посмотреть на график сводимости как с так и без Д-коррекции. (или на оба чтоб видеть как плавала поправка Гримме). Некритично мне.
Пожалуйста пришлите файл с DFT-D расчётом, мне вообще интересно что это такое.

Из области очень грандиозного и амбициозного - предоптимизатор в стиле Кембиоофиса или АДФГуи (там есть SimpleMM, UFF и DFTB, чего угодно хватит).
Сомневаюсь, что будет какая-то польза от молекулярной механики. По-моему, было бы круто реализовать другое – полуэмпирический метод, параметры которого подгоняются для каждой конкретной молекулы. Насколько это было бы оправдано и насколько трудно реализовать полуэмпирику?


"7) Весьма важно лично для меня: Возможность замены атома в пару кликов - выделил углерод, кликнул "заменить", назначил его бором (или азотом, на мой выбор). Фича реализована в Материалстудии. Желательно чтоб это было можно применять ко всем выделенным атомам."

дабл клик на атоме - и будет Вас счастье (можно менять формат)
Кроме двойного клика, в b429 можно изменить тип всех выделенных атомов (Edit/Set the types and captions of all selected atoms).


"9) Возможность визуализировать УФ спектры (в качестве лучше чем гауссвью), с возможностью регулировать полуширину пика, тип кривых (Лоренц и Гауссиан), отображать сами вертикальные сигналы, сохранять в виде картинок и файлов "абсцисса-ордината", как это реализовано в Габедите (Могу предоставить файлы выводимые габедитом и внешний вид того о чем говорю)."

И это есть (там нет Гауссиана правда, но Лоренциан есть). При открытии аута из Орки с td-dft появляется "кнопка" View spectrum (так же как при открытии расчета гесссиана появлется возможность визуализации ИК спектра). При нажатии этой кнопки появляется новое окно со спектром - в нем можно уширять как угодно, и делать экспорт - и как картинку (что на мой взгляд не очень нужно), и как ASCII.
Гауссово уширение пиков есть, я назвал его “Doppler broadening” (скоро исправлю на Gaussian broadening).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1729
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пн июн 08, 2015 9:12 am

Гесс писал(а):
Vit Nhoc писал(а):3) Возможность делать анимацию из конкатенированных xyz и делать графики если вторыми строками (между числом атомов и началом координат) идет энергия.
Поддерживаю. Для совместимости с молденом за энергию во второй строке принимать первое попавшееся число (т.е. чтобы строки типа " Energy -15599.91168832" тоже распознавались). Для PCRE это будет регулярка (-?\d+(?:\.\d+)?)

Под впечатлением молдена предлагаю подумать над тем, чтобы сделать графики оптимизации геометрии / сканирования / IRC интерктивными, т.е. чтобы точка, соответствующая отображаемой структуре, подсвечивалась на графике, и наоборот, клик по точке на графике вызавал отображение соответствующей структуры. Аналогично - с таблицей частот и картинкой ИК-спектра.

Было бы здорово иметь возможность сохранять имиджи в каком-нибудь общеупотребимом векторном формате (svg, ps, pdf).

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15175
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Любитель_Манниха » Пн июн 08, 2015 10:35 am

drag-and-drop сделайте :D

[ Post made via Android ] Изображение
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн июн 08, 2015 11:03 am

Gaussian, Molpro, Turbomole, ORCA, Priroda, PSI4, CFOUR, Molcas, ADF, VAMP, Empire.
Про PSI4, VAMP (или это VASP?), Empire в первый раз слышу. Насколько это распространённые программы?
VAMP - подпакет Material Studio и самостоятельная прога. Непараллельная полуэмпирика.
Empire - активно пишущийся код сверхпараллельной полуэмпирики по мотивам VAMP. Пока не распространен от слова совсем но в виду отсутствия аналогов - имеет хорошие шансы.
PSI4 - http://www.psicode.org/ - бесплатный код, думаю даже его создатели незнают насколько он распространен.
1) не бояться 5 столбцовых xyz,
Вам нужно чтобы Chemcraft читала такие XYZ, или писала?
Читала.
возможность скармливать архивные блоки гауссиана в стиле "взять из памяти" (то есть сначала копируется архивный блок, потом открывается окно кемкрафта и клацается кнопка "съесть"). Фича реализована в Molecule.
Не совсем понял, что такое архивный блок
[cut]
1\1\GINC-I01R01C01S09\Mixed\G4MP2\G4MP2\C8(3)\LEGION\30-Nov-2013\0\\#
p G4MP2 Name=Legion\\Trimer\\0,3\C,0,0.7664608075,0.7664608075,-0.733
1311349\C,0,-0.7664608075,0.7664608075,-0.7331311349\C,0,-0.7664608075
,-0.7664608075,-0.7331311349\C,0,0.7664608075,-0.7664608075,-0.7331311
349\C,0,0.7664608075,-0.7664608075,0.7331311349\C,0,-0.7664608075,-0.7
664608075,0.7331311349\C,0,-0.7664608075,0.7664608075,0.7331311349\C,0
,0.7664608075,0.7664608075,0.7331311349\\Version=ES64L-G09RevD.01\MP2/
GTBas1=-303.3121852\CCSD(T)/GTBas1=-303.3435399\MP2/GTBas2=0.\MP2/GTBa
s3=0.\HF/GTMP2LargeXP=-302.2605586\MP2/GTMP2LargeXP=-303.6018956\HF/GF
HFB3=-302.264424\HF/GFHFB4=-302.281064\G4MP2=-303.7800336\FreqCoord=1.
4484010178,1.4484010178,-1.3854170644,-1.4484010178,1.4484010178,-1.38
54170644,-1.4484010178,-1.4484010178,-1.3854170644,1.4484010178,-1.448
4010178,-1.3854170644,1.4484010178,-1.4484010178,1.3854170644,-1.44840
10178,-1.4484010178,1.3854170644,-1.4484010178,1.4484010178,1.38541706
44,1.4484010178,1.4484010178,1.3854170644\PG=D04H [2SGV(C4)]\NImag=2\\
[/cut]
Я могу добавить в режим Coord опцию “Print/import bonding information”, вы думаете это будет полезно?
Звучит хорошо
Использую. Constrained optimisation. К сожалению автоматическая генерация никогда не идет тем путем который хочется.
Вы протестировали b429? Там можно сначала начать построение Z-матрицы вручную, выбрать параметры которые будут фиксироваться, а потом нажать “Complete automatically”.
Нет, руки не дошли.

Adjust Hydrogens. Реализовано в материалстудии. Ориентируется по количеству связей которые уже есть у атома. Очевидно требует connectivity, хотя не факт.
Вы имеете в виду спрятать водороды? Это есть в View/Hide certain atoms. Ещё есть 2d стиль, в котором например для фрагмента CH3 водороды прячутся, а на углероде появляется надпись CH3.
Нет, я имею ввиду "добавить водороды до заполнения всех мест где их нехватает. То есть если нарисован фрагмент С=С то он превратится с H2C=CH2
Кроме двойного клика, в b429 можно изменить тип всех выделенных атомов (Edit/Set the types and captions of all selected atoms).
Эх, пора надоедать руководству чтоб мне купили Кемкрафт.

Спасибо за ваши ответы. Файлы пришлю позже. на почту.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн июн 08, 2015 1:08 pm

Кстати а многопользовательские лицензии (на организацию) существуют?
Или одна лицензия работает на везде куда дотянутся руки админа?
Или одна лицензия - один комп?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 539
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 08, 2015 1:46 pm

Гесс писал(а):Кстати а многопользовательские лицензии (на организацию) существуют?
Или одна лицензия работает на везде куда дотянутся руки админа?
Или одна лицензия - один комп?
Согласно лиц. договору, одна лицензия может использоваться либо одним человеком на любом количестве компьютеров, либо несколькими людьми на одном компьютере, но не то и другое одновременно.

Покупать групповую лицензию, по-моему, лучше всего, это и удобнее и дешевле чем покупать отдельные лицензии. Стоимость групповой лицензии зависит от количества сотрудников в группе, надо договариваться со мной индивидуально.

Как я уже говорил, я предоставляю лицензию всем кто даёт мне полезные советы. На данный момент Ваши ответы на мои три темы - это примерно 1/2 полной лицензии (учитывая что часть Ваших предложений я пока не знаю как реализовать, или не уверен что эта работа будет оправдана). Прошу Вас выслать мне выходные файлы Vamp, Empire и Psi. Я могу прислать Вам временный ключ, а потом будет полный.

endlesslake
Сообщения: 152
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Пн июн 08, 2015 5:48 pm

Здравствуйте,

А можно сделать так, чтобы файлы открытые через командную строку тоже учитывались при предложении места куда сохранять файл (смена рабочей директории, или что то в этом роде)?

Enchanter
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Чт мар 21, 2013 10:41 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Enchanter » Пн июн 08, 2015 7:18 pm

Vit Nhoc писал(а):
11) Любые другие предложения, замечания, сообщения о багах.
Native MacOS версию :)

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 539
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 08, 2015 8:10 pm

endlesslake писал(а):Здравствуйте,

А можно сделать так, чтобы файлы открытые через командную строку тоже учитывались при предложении места куда сохранять файл (смена рабочей директории, или что то в этом роде)?
Какие именно файлы вы имеете в виду, XYZ? А то мне не очень понятно, обычно открываются выходные файлы с расчётами, и их Chemcraft не сохраняет.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15175
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Любитель_Манниха » Пн июн 08, 2015 8:50 pm

Я думаю, что хорошо было бы, если все поддерживаемые форматы, во всяком случае наиболее распространённые, и читались и сохранялись.
А то вон *.mol можно открыть, а записать низя.


Кстати, а с какой радости в последней версии дефолтная цветовая схема поменялась на какую-то вырвиглазную?
1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ?
Природа
4) Нужен ли вам интерфейс (GUI) для создания входных файлов?
Да.
11) Любые другие предложения, замечания, сообщения о багах.
Drag-and-drop
Вообще рисовалку можно сделать чуток поудобнее. Например, добавить возможность сохранять свои шаблонные радикалы/молекулы, вынести шаблоны в отдельную панель.
Последний раз редактировалось Любитель_Манниха Пн июн 08, 2015 9:32 pm, всего редактировалось 1 раз.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11021
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн июн 08, 2015 9:25 pm

Если мои письма не дошли - оповестите меня плиз. Могут быть проблемы с размером писем.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 539
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 08, 2015 9:39 pm

Я думаю, что хорошо было бы, если все поддерживаемые форматы, во всяком случае наиболее распространённые, и читались и сохранялись.
А то вон *.mol можно открыть, а записать низя.
Почему нельзя? File/Save as/Save structure/XMOL

Да. Вообще рисовалку можно сделать чуток поудобнее. Например, добавить возможность сохранять свои шаблонные радикалы/молекулы, вынести шаблоны в отдельную панель.
Выделяете атомы вашего фрагмента, выбираете Edit/Add selected fragment to database. Чтобы потом переместить этот фрагмент в другой каталог, выбираете Tools/Supporting/Edit fragments database


Если мои письма не дошли - оповестите меня плиз. Могут быть проблемы с размером писем.
Ответил.

endlesslake
Сообщения: 152
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Пн июн 08, 2015 10:01 pm

Vit Nhoc писал(а):
endlesslake писал(а):Здравствуйте,

А можно сделать так, чтобы файлы открытые через командную строку тоже учитывались при предложении места куда сохранять файл (смена рабочей директории, или что то в этом роде)?
Какие именно файлы вы имеете в виду, XYZ? А то мне не очень понятно, обычно открываются выходные файлы с расчётами, и их Chemcraft не сохраняет.
Да, xyz. Если я открываю выходной файл, что то в нем меняю, и сохраняю XYZ, то если открывать через меню, то предлагает сохранить в туже папку, а если через командную строку, то в папку куда было предидущее сохранение, что на мой взгляд, не совсем удобно.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение АлександрI » Пн июн 08, 2015 11:13 pm

Я использую С. уже ряд лет и для меня это незаменимый инструмент.

1. Визуализацию МО следует развивать и далее. Это пусть чисто технический приём, но удобный практически и с его помощью целый ряд вопросов (прогнозировать будет ли в TDDFT-спектрах СТ или LE, обнаружить n-орбитали, построить диаграммы векторов, определяющих дипольный момент перехода и многое другое). Дискуссировать на тему МО не буду - уже приелось...

2. Я работаю с моделями сольватации EFP и поэтому желательно, чтобы добавляемые фрагменты были стандартизированы. Например, в фрагментах воды в С. угол 103.74 , а откроешь Wiki, так 104.45...
А откуда бралась геометрия других фрагментов из С.? Насколько оптимизированы их геометрические параметры? От этого зависят величины мультипольных моментов и свойства получаемых нанокластеров.

3. Не знаю, имеют ли место какие-либо особенности в реализации С. на 32- и 64-битовых версиях Windows ? В мануале вроде бы этот вопрос не затронут...

P.S. Sorry, у меня всё ещё 422-я версия, до 429-ой ещё руки не дошли...

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя